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万見
- PDB-4yzu: Rapid development of two Factor IXa inhibitors from Hit to Lead -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yzu
タイトルRapid development of two Factor IXa inhibitors from Hit to Lead
要素(Coagulation factor ...) x 2
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / SERINE PROTEINASE / BLOOD COAGULATION / COAGULATION FACTOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Defective F9 secretion / Defective gamma-carboxylation of F9 / coagulation factor IXa / Defective F9 activation / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / zymogen activation / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Protein hydroxylation ...Defective F9 secretion / Defective gamma-carboxylation of F9 / coagulation factor IXa / Defective F9 activation / Defective factor IX causes thrombophilia / Defective cofactor function of FVIIIa variant / Defective F9 variant does not activate FX / zymogen activation / Extrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Protein hydroxylation / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Golgi lumen / blood coagulation / collagen-containing extracellular matrix / endopeptidase activity / endoplasmic reticulum lumen / serine-type endopeptidase activity / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. ...Peptidase S1A, coagulation factor VII/IX/X/C/Z / : / Coagulation factor-like, Gla domain superfamily / Laminin / Laminin / Coagulation Factor Xa inhibitory site / EGF-like domain / EGF-type aspartate/asparagine hydroxylation site / EGF-like calcium-binding, conserved site / Calcium-binding EGF-like domain signature. / Aspartic acid and asparagine hydroxylation site. / EGF-like calcium-binding domain / Calcium-binding EGF-like domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / EGF-like domain / Ribbon / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-4K6 / Coagulation factor IX
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Hruza, A. / Reichert, P.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Rapid development of two factor IXa inhibitors from hit to lead.
著者: Parker, D.L. / Walsh, S. / Li, B. / Kim, E. / Sharipour, A. / Smith, C. / Chen, Y.H. / Berger, R. / Harper, B. / Zhang, T. / Park, M. / Shu, M. / Wu, J. / Xu, J. / Dewnani, S. / Sherer, E.C. ...著者: Parker, D.L. / Walsh, S. / Li, B. / Kim, E. / Sharipour, A. / Smith, C. / Chen, Y.H. / Berger, R. / Harper, B. / Zhang, T. / Park, M. / Shu, M. / Wu, J. / Xu, J. / Dewnani, S. / Sherer, E.C. / Hruza, A. / Reichert, P. / Geissler, W. / Sonatore, L. / Ellsworth, K. / Balkovec, J. / Greenlee, W. / Wood, H.B.
履歴
登録2015年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Coagulation factor IX
B: Coagulation factor IX
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,5736
ポリマ－32,9472
非ポリマー6264
水6,035335
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1570 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area13940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.911, 98.911, 94.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

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Coagulation factor ... , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Coagulation factor IX / Christmas factor / Plasma thromboplastin component / PTC


分子量: 26104.703 Da / 分子数: 1 / 断片: Peptidase S1 domain (UNP residue 227-461) / 変異: R150A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00740, coagulation factor IXa
#2: タンパク質 Coagulation factor IX / Christmas factor / Plasma thromboplastin component / PTC


分子量: 6841.809 Da / 分子数: 1 / 断片: EGF-like 2 domain (UNP residues 131-191) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F9 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00740, coagulation factor IXa

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非ポリマー , 5種, 339分子

#3: 化合物 ChemComp-4K6 / N-[2-(5,6-dimethyl-1H-benzimidazol-2-yl)ethyl]-4-(4H-1,2,4-triazol-4-yl)benzamide


分子量: 360.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H20N6O
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-NHE / 2-[N-CYCLOHEXYLAMINO]ETHANE SULFONIC ACID / N-CYCLOHEXYLTAURINE / CHES / 2-(シクロヘキシルアミノ)エタンスルホン酸


分子量: 207.290 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H17NO3S / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.31 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9.5
詳細: 0.05 M Tris, pH 7.2, 1.2 M ammonium sulfate, 2.0 M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.407→41.41 Å / Num. obs: 66410 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 5.1 % / Biso Wilson estimate: 20.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 1.407→1.412 Å / 冗長度: 5.1 % / Rmerge(I) obs: 0.593 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 97.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.5精密化
MOLREP位相決定
XDS(VERSION December 6データ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RFN

1rfn


解像度: 1.41→20.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU R Cruickshank DPI: 0.049 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.045 / SU Rfree Blow DPI: 0.046 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.046
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.161 3271 4.96 %RANDOM
Rwork0.145 ---
obs0.146 65993 99.2 %-
原子変位パラメータBiso mean: 26.65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1127 Å20 Å20 Å2
2--0.1127 Å20 Å2
3----0.2254 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.147 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.41→20.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2267 0 42 335 2644
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.014692HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.118463HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1023SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes58HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes741HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4692HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd1SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.61
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.85
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion309SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5305SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.41→1.45 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1916 252 5.21 %
Rwork0.1862 4585 -
all0.1865 4837 -
obs--99.2 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.98970.3519-0.0291.2764-0.41991.0777-0.04610.0528-0.1011-0.19410.06150.03680.153-0.0109-0.0154-0.0146-0.00030.0021-0.08370.0034-0.051-3.253-33.5525-3.1384
20.4661-0.34640.2730.6276-0.32881.8557-0.0467-0.11420.04540.0561-0.0525-0.034-0.20470.16160.0991-0.0223-0.01-0.01770.00410.0082-0.01755.2559-28.193120.4195
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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