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- PDB-4yzh: Structure of the Arabidopsis TAP38/PPH1 in complex with pLhcb1 ph... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yzh
タイトルStructure of the Arabidopsis TAP38/PPH1 in complex with pLhcb1 phosphopeptide substrate
要素
  • Chlorophyll a-b binding protein 2, chloroplastic
  • Protein phosphatase 2C 57
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE SUBSTRATE / State transition / photosynthesis / PP2C phosphatase / phosphopeptide / HYDROLASE-HYDROLASE SUBSTRATE complex
機能・相同性
機能・相同性情報


photosystem stoichiometry adjustment / photosynthesis, light harvesting / response to fructose / thylakoid / apoplast / photosystem I / photosynthetic electron transport chain / photosystem II / chloroplast stroma / myosin phosphatase activity ...photosystem stoichiometry adjustment / photosynthesis, light harvesting / response to fructose / thylakoid / apoplast / photosystem I / photosynthetic electron transport chain / photosystem II / chloroplast stroma / myosin phosphatase activity / chlorophyll binding / protein-serine/threonine phosphatase / dephosphorylation / phosphatase activity / chloroplast thylakoid membrane / protein dephosphorylation / chloroplast / manganese ion binding / mRNA binding / nucleolus / magnesium ion binding / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily ...PPM-type phosphatase, divalent cation binding / PPM-type phosphatase domain signature. / PPM-type phosphatase domain / Phosphatase 2c; domain 1 / Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Chlorophyll A-B binding protein, plant and chromista / Chlorophyll A-B binding protein / Chlorophyll A-B binding protein / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chlorophyll a-b binding protein 2, chloroplastic / Protein phosphatase 2C 57
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Wei, X.P. / Guo, J.T. / Li, M. / Liu, Z.F.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
973 project of Chinese Ministry of Science and Technology2011CBA00903 中国
Strategic Priority Research Program of CASXDB08020302 中国
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2015
タイトル: Structural Mechanism Underlying the Specific Recognition between the Arabidopsis State-Transition Phosphatase TAP38/PPH1 and Phosphorylated Light-Harvesting Complex Protein Lhcb1
著者: Wei, X. / Guo, J. / Li, M. / Liu, Z.
履歴
登録2015年3月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月20日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein phosphatase 2C 57
B: Chlorophyll a-b binding protein 2, chloroplastic
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,5144
ポリマ－35,4042
非ポリマー1102
水4,143230
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1770 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area13400 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.291, 64.079, 100.079
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質 Protein phosphatase 2C 57 / AtPP2C57 / Protein phosphatase 2C PPH1 / PP2C PPH1


分子量: 33723.887 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 59-351 / 変異: D180E / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: PPH1, At4g27800, T27E11.40 / プラスミド: pET24a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: P49599, protein-serine/threonine phosphatase
#2: タンパク質・ペプチド Chlorophyll a-b binding protein 2, chloroplastic / Chlorophyll a-b protein 165 / CAB-165 / LHCII type I CAB-2


分子量: 1679.854 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 36-50 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
参照: UniProt: P0CJ48
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 230 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.95 % / 解説: Thin plates with size of 0.2 mm x 0.1 mm x 0.02 mm
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M sodium malonate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. all: 27032 / Num. obs: 27032 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.4 % / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 14.3
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.482 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YZG

4yzg


解像度: 2→38.505 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.217 1358 5.06 %Random selection
Rwork0.1929 ---
obs0.1941 26832 99.8 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→38.505 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2371 0 2 230 2603
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012408
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3213242
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.342892
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.112356
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005421
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.07150.24411210.21192508X-RAY DIFFRACTION100
2.0715-2.15440.2211460.19462508X-RAY DIFFRACTION100
2.1544-2.25250.21171320.1942517X-RAY DIFFRACTION100
2.2525-2.37120.26251320.19332520X-RAY DIFFRACTION100
2.3712-2.51970.22771290.19572530X-RAY DIFFRACTION100
2.5197-2.71420.20761200.19642532X-RAY DIFFRACTION100
2.7142-2.98730.25761420.20212538X-RAY DIFFRACTION100
2.9873-3.41930.19451450.20042553X-RAY DIFFRACTION100
3.4193-4.30710.19761340.17672578X-RAY DIFFRACTION99
4.3071-38.51220.20671570.18982690X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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