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- PDB-4yw1: Crystal Structure of Streptococcus pneumoniae NanC, complex with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yw1
タイトルCrystal Structure of Streptococcus pneumoniae NanC, complex with Neu5Ac and Neu5Ac2en following soaking with 3'SL
要素Neuraminidase C
キーワードHYDROLASE / Sialidase / CBM40
機能・相同性
機能・相同性情報


: / : / : / exo-alpha-sialidase / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
BNR repeat / BNR/Asp-box repeat / Intramolecular trans-sialidase; domain 3 / Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 / Glycoside hydrolase, family 33, N-terminal / Trans-sialidase, domain 3 / Sialidase, N-terminal domain / BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase ...BNR repeat / BNR/Asp-box repeat / Intramolecular trans-sialidase; domain 3 / Intramolecular Trans-sialidase; Domain 3 / Glycoside hydrolase, family 33, N-terminal / Trans-sialidase, domain 3 / Sialidase, N-terminal domain / BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Jelly Rolls - #200 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Beta Barrel / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / Putative neuraminidase
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae serotype 4 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Owen, C.D. / Lukacik, P. / Potter, J.A. / Walsh, M. / Taylor, G.L.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/F016778/1 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Streptococcus pneumoniae NanC: STRUCTURAL INSIGHTS INTO THE SPECIFICITY AND MECHANISM OF A SIALIDASE THAT PRODUCES A SIALIDASE INHIBITOR.
著者: Owen, C.D. / Lukacik, P. / Potter, J.A. / Sleator, O. / Taylor, G.L. / Walsh, M.A.
履歴
登録2015年3月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年11月25日Group: Database references
改定 2.02017年8月30日Group: Atomic model / Author supporting evidence / カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.22021年6月30日Group: Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / entity_name_com / entity_src_gen / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_fragment ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _entity.pdbx_fragment / _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 2.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Neuraminidase C
B: Neuraminidase C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)149,2669
ポリマ－147,9572
非ポリマー1,3097
水15,439857
1
A: Neuraminidase C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,4894
ポリマ－73,9791
非ポリマー5103
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Neuraminidase C
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,7775
ポリマ－73,9791
非ポリマー7994
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.834, 74.945, 113.302
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.350, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLU / Beg label comp-ID: GLU / End auth comp-ID: LEU / End label comp-ID: LEU / Refine code: _ / Auth seq-ID: 83 - 741 / Label seq-ID: 1 - 659

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Neuraminidase C / Putative neuraminidase


分子量: 73978.609 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 83-740 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae serotype 4 (strain ATCC BAA-334 / TIGR4) (肺炎レンサ球菌)
株: ATCC BAA-334 / TIGR4 / 遺伝子: SP_1326,nanC / プラスミド: pET21b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0H2UQE4, exo-alpha-sialidase

-
糖 , 2種, 3分子

#2: 糖 ChemComp-SIA / N-acetyl-alpha-neuraminic acid / N-acetylneuraminic acid / sialic acid / alpha-sialic acid / O-SIALIC ACID / N-アセチル-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 309.270 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C11H19NO9
識別子タイププログラム
DNeup5AcaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-a-D-neuraminic acidCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-Neup5AcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
Neu5AcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 糖 ChemComp-DAN / 2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / Neu5Ac2en / N-アセチル-2,3-ジデヒドロ-2-デオキシ-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 291.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17NO8

-
非ポリマー , 4種, 861分子

#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#6: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 857 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.23 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 16% PEG8000, 20% glycerol, 40mM monopotassium phosphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→40 Å / Num. obs: 75606 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Χ2: 2.369 / Net I/av σ(I): 11.641 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 197232
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
2.25-2.292.50.48239001.87397.8
2.29-2.332.50.46438822.00297.7
2.33-2.382.50.44638671.97997.2
2.38-2.422.50.41938482.04396.9
2.42-2.482.50.39238431.99897.2
2.48-2.532.50.39138552.01296.7
2.53-2.62.50.36838332.08896.5
2.6-2.672.50.31938212.195.9
2.67-2.752.50.29438062.11495.7
2.75-2.832.50.27437922.24295.2
2.83-2.942.50.23837752.2894.6
2.94-3.052.50.18737702.45994.3
3.05-3.192.60.14737402.48394.5
3.19-3.362.70.10738082.63894.7
3.36-3.572.70.08537672.94193.9
3.57-3.852.80.07637403.03593.4
3.85-4.232.70.07337062.88992.5
4.23-4.842.70.05936532.80390.6
4.84-6.12.80.06336322.689.9
6.1-402.80.05135682.48485.8

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.5 Å22.77 Å
Translation3.5 Å22.77 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
REFMAC5.8.0103精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2vw2

2vw2


解像度: 2.25→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.914 / WRfactor Rfree: 0.2076 / WRfactor Rwork: 0.1756 / FOM work R set: 0.7904 / SU B: 13.023 / SU ML: 0.167 / SU R Cruickshank DPI: 0.3217 / SU Rfree: 0.2315 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.322 / ESU R Free: 0.232 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2488 3803 5 %RANDOM
Rwork0.2087 ---
obs0.2107 71657 94.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 140.99 Å2 / Biso mean: 32.918 Å2 / Biso min: 11.31 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.45 Å20 Å20.72 Å2
2--1.47 Å20 Å2
3----1.15 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10444 0 84 857 11385
Biso mean--32.08 33.82 -
残基数----1318
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0210764
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.0210012
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3961.95314590
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.056323080
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.26851316
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.09824.741502
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.159151814
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.0111546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21590
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0212272
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022522
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4951.1315270
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4941.1315269
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3161.696584
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 82932 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.07 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.249→2.307 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.314 273 -
Rwork0.258 5369 -
all-5642 -
obs--95.58 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.609-0.96680.13631.73530.16630.25940.0257-0.0018-0.14680.0190.00190.06410.07580.0245-0.02750.2156-0.0086-0.16950.01380.00950.22236.688-2.99146.899
21.0394-0.280.64141.44860.04222.5912-0.0086-0.02440.00490.03590.03310.1807-0.1389-0.0221-0.02460.1779-0.0063-0.16460.00220.00480.271420.51725.38655
34.7427-1.3730.55871.80290.35752.5451-0.1525-0.43360.24580.09870.05840.1716-0.3604-0.2440.0940.30440.0084-0.11640.1005-0.01880.224414.47537.25474.222
40.7288-0.17830.42720.85750.15621.23070.0230.03770.0027-0.1317-0.040.1519-0.1133-0.16960.01690.20680.0074-0.18740.04150.01850.26887.87123.09243.919
50.99810.5259-0.41061.9317-0.51920.9485-0.01860.0317-0.08190.0121-0.00650.06870.2339-0.11930.0250.346-0.0172-0.13290.0306-0.00650.26311.722-29.1137.542
60.90970.5317-0.02891.33-0.67611.9460.07350.05240.01340.11070.0220.0342-0.0667-0.0078-0.09560.22330.0177-0.15180.00860.01740.273821.7310.828-6.086
72.2791.4857-1.78574.1536-2.54182.61510.07730.13070.19780.08310.04340.1224-0.2731-0.0648-0.12080.26350.0427-0.13350.09430.02750.225621.49316.808-27.215
80.71220.01330.14440.7691-0.45621.58270.039-0.03690.01350.1101-0.0884-0.1232-0.13790.25050.04930.2515-0.024-0.17050.04520.01110.269533.5090.67-0.029
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A83 - 273
2X-RAY DIFFRACTION2A274 - 389
3X-RAY DIFFRACTION3A390 - 483
4X-RAY DIFFRACTION4A484 - 741
5X-RAY DIFFRACTION5B83 - 276
6X-RAY DIFFRACTION6B277 - 395
7X-RAY DIFFRACTION7B396 - 455
8X-RAY DIFFRACTION8B456 - 741

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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