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- PDB-4yok: Crystal structure of a DUF3823 family protein (PARMER_04126) from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yok
タイトルCrystal structure of a DUF3823 family protein (PARMER_04126) from Parabacteroides merdae ATCC 43184 at 1.80 A resolution
要素Putative flagellar protein FliS
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Prealbumin-like fold / DUF3823 / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


DUF3823, N-terminal / Domain of unknown function DUF3823_C / Protein of unknown function (DUF3823) N-terminal domain / Domain of unknown function (DUF3823_C) / Immunoglobulin-like - #2060 / Carboxypeptidase-like, regulatory domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative flagellar protein FliS
類似検索 - 構成要素
生物種Parabacteroides merdae ATCC 43184 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a DUF3823 family protein (PARMER_04126) from Parabacteroides merdae ATCC 43184 at 1.80 A resolution
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2015年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32024年10月16日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative flagellar protein FliS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,6915
ポリマ－22,5041
非ポリマー1874
水3,135174
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.866, 66.212, 68.593
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Putative flagellar protein FliS


分子量: 22503.545 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Parabacteroides merdae ATCC 43184 (バクテリア)
遺伝子: PARMER_04126 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: A7AL02
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 174 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.77 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.33
詳細: 0.2M magnesium chloride, 32.0% polyethylene glycol 1000, 0.01M GSH (L-Glutathione reduced), GSSG (L-Glutathione oxidized), 0.1M sodium cacodylate pH 6.33

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.97947 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月7日
詳細: Vertical focusing mirror; double crystal Si(111) monochromator
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→26.531 Å / Num. obs: 18276 / % possible obs: 99 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.58 % / Biso Wilson estimate: 22.698 Å2 / Rmerge F obs: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 11.04 / Num. measured all: 87402
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) allDiffraction-ID% possible all
1.8-1.860.5650.6491.57957321631610.821198.3
1.86-1.940.7570.4582.29272364236240.57899.5
1.94-2.030.8690.2913.58848346034450.36799.6
2.03-2.130.9310.2034.98299322632140.25699.6
2.13-2.270.9610.156.59240359435830.18999.7
2.27-2.440.9740.1198.38619333533120.1599.3
2.44-2.690.9870.08311.48874344934150.10599
2.69-3.070.9940.05615.88591334433100.07199
3.07-3.870.9970.034258937347734170.04398.3
3.870.9980.02631.38765345233610.03397.4

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX位相決定
SHARP位相決定
XDSNovember 3, 2014 BUILT=20141118データスケーリング
XSCALEデータスケーリング
BUSTER-TNT2.10.2精密化
SHELXD位相決定
BUSTER2.10.2精密化
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→26.531 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9504 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9404 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. THE MAD PHASES WERE USED AS RESTRAINTS DURING REFINEMENT. 3. MG, CL, AND GOL ARE PRESENT IN CRYSTALLIZATION/CRYO CONDITIONS. 4. ELECTRON DENSITY FOR LOOP 61-65 IS WEAK.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2141 925 5.08 %RANDOM
Rwork0.1733 ---
obs0.1753 18214 99.78 %-
原子変位パラメータBiso max: 94.69 Å2 / Biso mean: 29.4735 Å2 / Biso min: 13.95 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.0591 Å20 Å20 Å2
2---4.7125 Å20 Å2
3---4.7716 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.188 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→26.531 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1514 0 9 174 1697
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d734SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes46HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes234HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1575HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion207SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact1853SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d1575HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg2146HARMONIC21.05
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.08
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.54
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / Total num. of bins used: 9
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2541 165 5.71 %
Rwork0.2035 2727 -
all0.2064 2892 -
obs--99.78 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 37.5799 Å / Origin y: 65.1055 Å / Origin z: 8.1515 Å
111213212223313233
T-0.0506 Å20.0041 Å20.0136 Å2--0.047 Å20.0034 Å2---0.0292 Å2
L0.7917 °20.0157 °20.5062 °2-0.4181 °20.1161 °2--1.8339 °2
S0.0369 Å °-0.0513 Å °-0.0168 Å °0.0269 Å °0.0431 Å °-0.0169 Å °0.0109 Å °0.1021 Å °-0.0799 Å °
精密化 TLSグループSelection details: {A|28 - 226}

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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