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- PDB-4yof: DosS GAFA Domain Reduced Nitric Oxide Bound Crystal Structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yof
タイトルDosS GAFA Domain Reduced Nitric Oxide Bound Crystal Structure
要素Redox sensor histidine kinase response regulator DevS
キーワードOXIDOREDUCTASE / DosS / Tuberculosis / Heme / Gas sensor
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of redox state / carbon monoxide binding / nitric oxide binding / oxygen sensor activity / response to redox state / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / peptidoglycan-based cell wall / oxygen binding / protein autophosphorylation ...detection of redox state / carbon monoxide binding / nitric oxide binding / oxygen sensor activity / response to redox state / histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / peptidoglycan-based cell wall / oxygen binding / protein autophosphorylation / protein dimerization activity / protein kinase activity / heme binding / magnesium ion binding / ATP binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Signal transduction histidine kinase, subgroup 3, dimerisation and phosphoacceptor domain / : / Histidine kinase / GAF domain / GAF domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain ...Signal transduction histidine kinase, subgroup 3, dimerisation and phosphoacceptor domain / : / Histidine kinase / GAF domain / GAF domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / GAF domain / Domain present in phytochromes and cGMP-specific phosphodiesterases. / GAF domain / GAF-like domain superfamily / Beta-Lactamase / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / NITRIC OXIDE / Oxygen sensor histidine kinase response regulator DevS/DosS / Oxygen sensor histidine kinase response regulator DevS/DosS
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Madrona, Y.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID) 米国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2015
タイトル: Analysis of cytochrome P450 CYP119 ligand-dependent conformational dynamics by two-dimensional NMR and X-ray crystallography.
著者: Basudhar, D. / Madrona, Y. / Kandel, S. / Lampe, J.N. / Nishida, C.R. / de Montellano, P.R.
履歴
登録2015年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年6月15日Group: Database references
改定 1.22016年8月10日Group: Database references
改定 1.32017年11月22日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_audit_support
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年11月29日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_related / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_related.db_name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Redox sensor histidine kinase response regulator DevS
B: Redox sensor histidine kinase response regulator DevS
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,9796
ポリマ－33,6862
非ポリマー1,2934
水2,216123
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4110 Å2
ΔGint-67 kcal/mol
Surface area13410 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.593, 78.847, 110.645
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Redox sensor histidine kinase response regulator DevS


分子量: 16843.070 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 63-210 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain CDC 1551 / Oshkosh) (結核菌)
株: CDC 1551 / Oshkosh / 遺伝子: devS, dosS, MT3218 / プラスミド: pET22b
詳細 (発現宿主): pET22 modified with TEV cleavage site
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3)
参照: UniProt: P9WGK2, UniProt: P9WGK3*PLUS, histidine kinase
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 化合物 ChemComp-NO / NITRIC OXIDE / Nitrogen monoxide / ニトロキシル


分子量: 30.006 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 123 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 16-20% (wt/vol) PEG 4000, 0.2M calcium acetate, 0.1M Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.97855 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月4日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97855 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 23788 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.053 / Net I/σ(I): 16.7
反射 シェル解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.62 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 98.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
XDSデータスケーリング
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.9→37.137 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 22.74 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2243 1216 5.11 %Random
Rwork0.1848 ---
obs0.1868 22572 99.07 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→37.137 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2161 0 90 123 2374
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082347
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1933229
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.572843
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052351
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006419
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8995-1.97550.28831270.24672473X-RAY DIFFRACTION98
1.9755-2.06540.27671260.21742458X-RAY DIFFRACTION100
2.0654-2.17430.23441250.20812499X-RAY DIFFRACTION100
2.1743-2.31050.27251370.19982485X-RAY DIFFRACTION100
2.3105-2.48890.23461400.20112490X-RAY DIFFRACTION100
2.4889-2.73930.24151290.20492526X-RAY DIFFRACTION100
2.7393-3.13550.24571550.19722518X-RAY DIFFRACTION100
3.1355-3.94960.19511350.17082559X-RAY DIFFRACTION100
3.9496-37.14370.20281420.162563X-RAY DIFFRACTION95
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7051-0.0194-0.16710.18650.27640.4065-0.00980.2255-0.0398-0.1733-0.02210.066-0.421-0.0914-0.00120.36220.0298-0.10630.2441-0.00580.26075.031779.1467-1.1415
20.4857-0.2224-0.20720.7002-0.34711.2173-0.2439-0.02340.3981-0.2934-0.3714-0.0382-0.474-0.2635-1.1180.55780.1509-0.2410.23390.04180.43784.67790.3425-1.7515
30.49670.23750.14711.13240.1920.8322-0.1384-0.02010.2417-0.20250.06460.054-0.12590.0158-0.00010.1861-0.018-0.04960.22490.02940.257412.002386.49077.2935
40.40170.66050.46350.94940.26641.0236-0.07420.1397-0.1352-0.36830.157-0.17130.10890.37150.04110.3618-0.0064-0.00730.2613-0.01630.202414.093476.9272-2.232
50.3835-0.0646-0.60350.57550.17090.9116-0.04670.25960.2116-0.0667-0.0514-0.1012-0.1917-0.0066-0.00010.301-0.0347-0.08520.31960.07920.33469.175270.0949-20.4697
60.1776-0.40120.32170.9569-0.59330.9979-0.05710.21310.0403-0.11760.05230.09440.237-0.208-0.00020.2786-0.0554-0.00290.28150.05940.2546.751159.3899-24.9832
70.05230.0584-0.03570.0706-0.07550.10640.0920.1534-0.18880.3167-0.27690.14050.1262-0.25510.00170.2247-0.0088-0.00050.3651-0.00220.20420.97566.4136-14.0068
80.20640.3790.09830.71250.50180.7009-0.1103-0.1464-0.04090.3375-0.09070.0313-0.1028-0.1724-0.0230.32690.0039-0.06880.2290.01750.23846.425166.9974-13.1992
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 61:90 )A61 - 90
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 91:101 )A91 - 101
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 102:173 )A102 - 173
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 174:204 )A174 - 204
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN B AND RESID 63:92 )B63 - 92
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 93:153 )B93 - 153
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN B AND RESID 154:163 )B154 - 163
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN B AND RESID 164:203 )B164 - 203

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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