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- PDB-4yo1: Structure of Legionella pneumophila DegQ (delta PDZ2 variant) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yo1
タイトルStructure of Legionella pneumophila DegQ (delta PDZ2 variant)
要素DegQ
キーワードHYDROLASE / Bacterial Proteins / Legionella / Models / Molecular / Peptide Hydrolases / Protein Conformation / chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ / periplasmic space / serine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Peptidase S1C, Do / PDZ domain / PDZ domain 6 / PDZ domain / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. ...Peptidase S1C, Do / PDZ domain / PDZ domain 6 / PDZ domain / Peptidase S1C / Trypsin-like peptidase domain / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Roll / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Wrase, R. / Hilgenfeld, R. / Hansen, G.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationEXC 306 ドイツ
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Structures of DegQ from Legionella pneumophila Define Distinct ON and OFF States.
著者: Schubert, A. / Wrase, R. / Hilgenfeld, R. / Hansen, G.
履歴
登録2015年3月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年6月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references
改定 1.22015年8月26日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Author supporting evidence / Data collection ...Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_audit_support / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DegQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7466
ポリマ－37,1841
非ポリマー5625
水00
1
A: DegQ
ヘテロ分子

A: DegQ
ヘテロ分子

A: DegQ
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,23918
ポリマ－111,5523
非ポリマー1,68615
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-y,x-y,z1
crystal symmetry operation3_555-x+y,-x,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-94 kcal/mol
Surface area39200 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.870, 110.870, 68.210
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number146
Space group name H-MH3

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要素

#1: タンパク質 DegQ


分子量: 37184.148 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 31-369 / 変異: S190A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: htrA, lpg1331 / プラスミド: pQE-31 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KU98
参照: UniProt: Q5ZVV9, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; セリンエンドペプチターゼ
#2: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 100 mM sodium acetate (pH 4.5), 50 mM CdCl2, 28% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年1月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→32.04 Å / Num. obs: 7696 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 8.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.51 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3PV2

3pv2


解像度: 2.8→32.038 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 32.22 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2754 352 4.61 %
Rwork0.2187 --
obs0.2216 7635 99.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→32.038 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2038 0 5 0 2043
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082064
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0442784
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.431753
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074346
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003358
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8-3.20490.32541140.28552431X-RAY DIFFRACTION100
3.2049-4.03660.28111280.21412429X-RAY DIFFRACTION100
4.0366-32.04040.26331100.20822423X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.5619-0.70781.39812.65951.5513.1699-0.0838-0.00290.8068-0.19710.0861.4713-0.4413-0.0717-0.16670.34460.0879-0.34870.38590.05210.9108-7.433324.7671-24.8569
23.92950.7615-0.01644.6273-0.61752.28620.01910.05260.42790.1376-0.03680.2555-0.0148-0.0990.00010.31930.0064-0.06960.28440.04130.42052.673418.0618-20.1145
31.5627-1.0916-1.11631.9273-0.15512.8535-0.07580.02830.4979-0.3634-0.3129-0.44420.16860.5147-0.00320.7873-0.0824-0.15320.73170.1710.523424.629536.8402-25.2635
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 8:105)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 106:236)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 237:337)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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