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- PDB-4yme: Crystal structure of a sensory box/GGDEF family protein (CC_0091)... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yme
タイトルCrystal structure of a sensory box/GGDEF family protein (CC_0091) from Caulobacter crescentus CB15 at 1.40 A resolution (PSI Community Target, Shapiro)
要素sensory box/GGDEF family protein
キーワードLYASE / GGDEF domain / PF00990 family / ferredoxin-like fold / Structural Genomics / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane => GO:0016020 / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
MHYT domain / Bacterial signalling protein N terminal repeat / MHYT domain profile. / PAS domain / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain / EAL domain profile. / Diguanylate cyclase, GGDEF domain ...MHYT domain / Bacterial signalling protein N terminal repeat / MHYT domain profile. / PAS domain / Putative diguanylate phosphodiesterase / EAL domain / EAL domain superfamily / EAL domain / EAL domain profile. / Diguanylate cyclase, GGDEF domain / diguanylate cyclase / GGDEF domain profile. / GGDEF domain / Nucleotide cyclase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / PAS domain / PAS domain / PAS domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized signaling protein CC_0091
類似検索 - 構成要素
生物種Caulobacter crescentus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Joint Center for Structural Genomics (JCSG) / Shapiro, L.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a sensory box/GGDEF family protein (CC_0091) from Caulobacter crescentus CB15 at 1.40 A resolution (PSI Community Target, Shapiro)
著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG)
履歴
登録2015年3月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_assembly ...entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.22018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.32023年2月1日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: sensory box/GGDEF family protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7741
ポリマ－16,7741
非ポリマー00
水3,351186
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.429, 49.416, 82.905
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 sensory box/GGDEF family protein


分子量: 16774.033 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 372-528 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Caulobacter crescentus (バクテリア)
株: ATCC 19089 / CB15 / 遺伝子: CC_0091 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: Escherichia Coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): PB1 / 参照: UniProt: Q9ABX9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 186 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE CONSTRUCT (372-528) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...THE CONSTRUCT (372-528) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS REMOVED WITH TEV PROTEASE LEAVING ONLY A GLYCINE (0) FOLLOWED BY THE TARGET SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.67 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2M magnesium formate, 20% polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 0.97952 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月6日
詳細: Vertical focusing mirror; double crystal Si(111) monochromator
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97952 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→23.679 Å / Num. obs: 30788 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.17 % / Biso Wilson estimate: 19.725 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.03 / Rrim(I) all: 0.038 / Net I/σ(I): 15.62 / Num. measured all: 145154
反射 シェル
解像度 (Å)最高解像度 (Å)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) allDiffraction-ID% possible all
1.4-1.450.5630.9461.414061584956501.187196.6
1.45-1.510.7940.5682.314933604960070.71699.3
1.51-1.580.9210.3383.714614588358580.42599.6
1.58-1.660.9590.2235.314096563556120.2899.6
1.66-1.760.9780.1557.414190566056250.19499.4
1.76-1.90.9930.08711.615090602859710.1199.1
1.9-2.090.9970.04818.814503581957290.0698.5
2.09-2.390.9980.0327.914742586357850.03998.7
2.39-3.010.9990.02235.414676585857430.02898
3.010.9990.01843.514249593155810.02394.1

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.1データ抽出
SHELX位相決定
SHARP位相決定
XDSNovember 3, 2014 BUILT=20141118データスケーリング
REFMAC5.8.0103精密化
XSCALEデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.4→23.679 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.23 / SU B: 2.939 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.064
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. A MET- ...詳細: 1. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2. ATOM RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. 3. ANISOU RECORDS CONTAIN SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 4. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 5. THE SAD PHASES WERE USED AS RESTRAINTS DURING REFINEMENT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2048 1546 5 %RANDOM
Rwork0.1827 29187 --
obs0.1839 30733 99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.79 Å2 / Biso mean: 26.8077 Å2 / Biso min: 13.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.27 Å20 Å2-0 Å2
2---1.55 Å20 Å2
3----0.73 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.4→23.679 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1142 0 0 186 1328
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0221256
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021215
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7851.9691720
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.01532806
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.8835186
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.80324.83962
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.98215217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7521511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1130.2196
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.021509
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02282
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6732.091655
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6652.086654
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.7353.13825
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.378 117 -
Rwork0.356 2045 -
all-2162 -
obs--95.83 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 21.9336 Å / Origin y: 17.3673 Å / Origin z: 9.2369 Å
111213212223313233
T0.0114 Å2-0.0028 Å20.0108 Å2-0.0073 Å2-0.0016 Å2--0.0138 Å2
L0.2404 °2-0.2939 °20.0214 °2-0.7286 °20.157 °2--0.4256 °2
S-0.0191 Å °0.0128 Å °-0.0133 Å °-0.0159 Å °-0.0102 Å °-0.0034 Å °-0.0078 Å °0.0223 Å °0.0293 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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