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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4yld | ||||||
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タイトル | The crystal structure of Sclerotium Rolfsii lectin variant 1 (SSR1) | ||||||
要素 | Sclerotium Rolfsii lectin variant 1 (SSR1) | ||||||
キーワード | SUGAR BINDING PROTEIN / Lectin / carbohydrate-binding specificity | ||||||
機能・相同性 | Fungal fruit body lectin / Fungal fruit body lectin / Cytolysin/lectin / Cytolysin/lectin / Mutm (Fpg) Protein; Chain: A, domain 2 / Sandwich / Mainly Beta / Lectin 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Athelia rolfsii (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Kantsadi, A.L. / Peppa, V.I. / Leonidas, D.D. | ||||||
引用 | ジャーナル: Molecules / 年: 2015 タイトル: Molecular Cloning, Carbohydrate Specificity and the Crystal Structure of Two Sclerotium rolfsii Lectin Variants. 著者: Peppa, V.I. / Venkat, H. / Kantsadi, A.L. / Inamdar, S.R. / Bhat, G.G. / Eligar, S. / Shivanand, A. / Chachadi, V.B. / Satisha, G.J. / Swamy, B.M. / Skamnaki, V.T. / Zographos, S.E. / Leonidas, D.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4yld.cif.gz | 78.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4yld.ent.gz | 57.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4yld.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4yld_validation.pdf.gz | 439.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4yld_full_validation.pdf.gz | 439.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4yld_validation.xml.gz | 16.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4yld_validation.cif.gz | 24.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/4yld ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/yl/4yld | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 16062.690 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Athelia rolfsii (菌類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M3KL30*PLUS #2: 化合物 | ChemComp-MPD / ( | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.61 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 20% v/v MPD |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: SEALED TUBE / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.54178 Å |
検出器 | タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月25日 |
放射 | モノクロメーター: crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→13.84 Å / Num. all: 36020 / Num. obs: 36020 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.4 % / Rsym value: 0.044 / Net I/σ(I): 24.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / % possible all: 99.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→13.84 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.18 / 位相誤差: 15.77 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→13.84 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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