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- PDB-4yk9: Complex structure of BCL-XL and mutated BIM BH3 domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yk9
タイトルComplex structure of BCL-XL and mutated BIM BH3 domain
要素
  • BH3BIM
  • Bcl-2-like protein 1
キーワードAPOPTOSIS / BCL-XL / BIM / BH3 / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


The NLRP1 inflammasome / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / RAS processing / apoptotic process in bone marrow cell / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway ...The NLRP1 inflammasome / BH3-only proteins associate with and inactivate anti-apoptotic BCL-2 members / RAS processing / apoptotic process in bone marrow cell / dendritic cell apoptotic process / dendritic cell proliferation / positive regulation of mononuclear cell proliferation / negative regulation of dendritic cell apoptotic process / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / negative regulation of mitochondrial outer membrane permeabilization involved in apoptotic signaling pathway / negative regulation of execution phase of apoptosis / fertilization / regulation of growth / regulation of mitochondrial membrane permeability / Bcl-2 family protein complex / response to cycloheximide / cellular response to alkaloid / hepatocyte apoptotic process / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / negative regulation of reproductive process / negative regulation of developmental process / germ cell development / BH3 domain binding / ectopic germ cell programmed cell death / negative regulation of protein localization to plasma membrane / negative regulation of extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / negative regulation of endoplasmic reticulum stress-induced intrinsic apoptotic signaling pathway / ovarian follicle development / extrinsic apoptotic signaling pathway in absence of ligand / response to cytokine / release of cytochrome c from mitochondria / regulation of mitochondrial membrane potential / epithelial cell proliferation / regulation of cytokinesis / mitochondrion organization / cellular response to amino acid stimulus / response to radiation / mitochondrial membrane / cellular response to gamma radiation / response to virus / male gonad development / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage / synaptic vesicle membrane / spermatogenesis / neuron apoptotic process / nuclear membrane / defense response to virus / negative regulation of neuron apoptotic process / in utero embryonic development / mitochondrial outer membrane / mitochondrial inner membrane / mitochondrial matrix / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / centrosome / negative regulation of apoptotic process / protein kinase binding / endoplasmic reticulum / mitochondrion / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x ...Apoptosis regulator, Bcl-X / Apoptosis regulator, Bcl-2/ BclX / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH4 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2 protein, BH4 / Bcl-2 homology region 4 / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH4 motif profile. / BH4 Bcl-2 homology region 4 / Blc2-like / Apoptosis Regulator Bcl-x / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH3 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH3 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH1 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH1 motif signature. / Apoptosis regulator, Bcl-2, BH2 motif, conserved site / Apoptosis regulator, Bcl-2 family BH2 motif signature. / Bcl-2 family / BCL (B-Cell lymphoma); contains BH1, BH2 regions / Bcl2-like / Bcl-2, Bcl-2 homology region 1-3 / Apoptosis regulator proteins, Bcl-2 family / BCL2-like apoptosis inhibitors family profile. / Bcl-2-like superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / Bcl-2-like protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Ha, N.C. / Kim, J.S.
引用
ジャーナル: To be published
タイトル: Complex structure of BCL-XL and mutated BIM BH3 domain
著者: Ha, N.C. / Kim, J.S.
#1: ジャーナル: Immunity / 年: 2003
タイトル: The structure of a Bcl-xL/Bim fragment complex: implications for Bim function.
著者: Liu, X. / Dai, S. / Zhu, Y. / Marrack, P. / Kappler, J.W.
履歴
登録2015年3月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年4月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12025年4月9日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Bcl-2-like protein 1
B: BH3BIM
F: Bcl-2-like protein 1
G: BH3BIM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,47310
ポリマ－49,1904
非ポリマー2836
水2,108117
1
A: Bcl-2-like protein 1
B: BH3BIM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,7846
ポリマ－24,5952
非ポリマー1894
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area8040 Å2
手法PISA
2
F: Bcl-2-like protein 1
G: BH3BIM
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6894
ポリマ－24,5952
非ポリマー942
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2940 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area7940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.738, 81.738, 42.568
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number143
Space group name H-MP3

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要素

#1: タンパク質 Bcl-2-like protein 1 / Bcl2-L-1 / Apoptosis regulator Bcl-X


分子量: 21925.014 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 2-196 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Bcl2l1, Bcl2l, Bclx / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q64373
#2: タンパク質・ペプチド BH3BIM


分子量: 2669.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 26.3 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M sodium acetate (pH 4.6), 0.01 M calcium chloride and 15% v/v 2-methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 37932 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 6.4 % / Net I/σ(I): 2.08

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000data processing
Cootモデル構築
MOLREP位相決定
精密化解像度: 1.7→19.633 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.05 / 位相誤差: 24.26 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2275 1745 5.01 %
Rwork0.1923 --
obs0.1941 34825 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→19.633 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2680 0 15 117 2812
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072767
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1773747
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.797998
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072376
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004489
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.750.37891460.34672674X-RAY DIFFRACTION98
1.75-1.80640.33851350.3092806X-RAY DIFFRACTION99
1.8064-1.8710.29031370.28162743X-RAY DIFFRACTION99
1.871-1.94580.29331360.24152768X-RAY DIFFRACTION99
1.9458-2.03430.28231540.22142750X-RAY DIFFRACTION100
2.0343-2.14140.26741510.20322775X-RAY DIFFRACTION100
2.1414-2.27540.21161610.16622722X-RAY DIFFRACTION100
2.2754-2.45080.19851250.1712772X-RAY DIFFRACTION100
2.4508-2.69680.22641410.17362784X-RAY DIFFRACTION100
2.6968-3.08580.22871530.17032762X-RAY DIFFRACTION100
3.0858-3.88280.18311650.15762767X-RAY DIFFRACTION100
3.8828-19.63410.17741410.16432757X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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