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- PDB-4yik: Crystal structure of human cytosolic 5'(3')-deoxyribonucleotidase... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yik
タイトルCrystal structure of human cytosolic 5'(3')-deoxyribonucleotidase in complex with the inhibitor PB-PVU
要素5'(3')-deoxyribonucleotidase, mitochondrial
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / 5'-nucleotidase / dephosphorylation / phosphorylation / HAD-like / mitochondria / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pyrimidine deoxyribonucleotide catabolic process / nucleotidase activity / dUMP catabolic process / Pyrimidine catabolism / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素 / 5'-nucleotidase activity / DNA replication / mitochondrial matrix / nucleotide binding / mitochondrion / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
5'(3')-deoxyribonucleotidase / 5' nucleotidase, deoxy (Pyrimidine), cytosolic type C protein (NT5C) / Deoxyribonucleotidase; domain 2 / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich ...5'(3')-deoxyribonucleotidase / 5' nucleotidase, deoxy (Pyrimidine), cytosolic type C protein (NT5C) / Deoxyribonucleotidase; domain 2 / Ribonucleotide Reductase Protein R1; domain 1 / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-2O2 / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / 5'(3')-deoxyribonucleotidase, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.483 Å
データ登録者Pachl, P. / Rezacova, P. / Brynda, J.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Grant Agency of the Czech Republic チェコ
引用ジャーナル: Medchemcomm / 年: 2015
タイトル: Structure-based design of a bisphosphonate 5'(3')-deoxyribonucleotidase inhibitor
著者: Pachl, P. / Simak, O. / Rezacova, P. / Fabry, M. / Budesinsky, M. / Rosenberg, I. / Brynda, J.
履歴
登録2015年3月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年9月6日Group: Atomic model / Author supporting evidence / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.occupancy / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_site_gen.auth_seq_id
改定 2.12019年2月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 2.22024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 5'(3')-deoxyribonucleotidase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,81114
ポリマ－23,1681
非ポリマー1,64313
水4,738263
1
A: 5'(3')-deoxyribonucleotidase, mitochondrial
ヘテロ分子

A: 5'(3')-deoxyribonucleotidase, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,62228
ポリマ－46,3372
非ポリマー3,28526
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z+1/21
Buried area7460 Å2
ΔGint-0 kcal/mol
Surface area18230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.870, 73.870, 106.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-607-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 5'(3')-deoxyribonucleotidase, mitochondrial / 5' / 3'-nucleotidase / mitochondrial / Deoxy-5'-nucleotidase 2 / dNT-2


分子量: 23168.391 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 32-227 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: NT5M, DNT2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NPB1, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 1価のリン酸エステル加水分解酵素

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非ポリマー , 7種, 276分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-2O2 / 1-{2-deoxy-3,5-O-[phenyl(phosphono)methylidene]-beta-D-threo-pentofuranosyl}-5-[(E)-2-phosphonoethenyl]pyrimidine-2,4(1H,3H)-dione


分子量: 502.306 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H20N2O11P2
#5: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 263 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 20 mM potassium phosphate monobasic, 8% PEG8000, 10% gycerol, pH 4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.915 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年6月1日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.483→60.641 Å / Num. all: 49438 / Num. obs: 49438 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8 % / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym valueDiffraction-ID% possible all
1.483-1.567.60.74515421971080.7451100
1.56-1.6680.4571.75406467250.457100
1.66-1.778.10.2842.75114363420.284100
1.77-1.918.10.1684.64769659020.168100
1.91-2.18.10.0977.64419154660.097100
2.1-2.348.10.06411.34012149600.064100
2.34-2.718.10.058113569744250.058100
2.71-3.3280.078.13018837760.07100
3.32-4.697.90.03516.72340429800.035100
4.69-28.0497.30.02422.21276517540.02499.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
SCALA3.3.16データスケーリング
REFMAC5.8.0049精密化
MOSFLMデータ削減
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 4L6A

4l6a


解像度: 1.483→60.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.967 / WRfactor Rfree: 0.1775 / WRfactor Rwork: 0.1519 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.2 / FOM work R set: 0.8952 / SU B: 2.001 / SU ML: 0.037 / SU R Cruickshank DPI: 0.053 / SU Rfree: 0.0554 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.053 / ESU R Free: 0.055 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1758 2497 5.1 %RANDOM
Rwork0.1528 ---
obs0.154 49321 99.89 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 79.12 Å2 / Biso mean: 22.5767 Å2 / Biso min: 9.82 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.39 Å20 Å2-0 Å2
2---0.39 Å2-0 Å2
3---0.77 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.483→60.64 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1636 0 92 263 1991
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.021818
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021721
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9352.0052462
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8853.0013948
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1555213
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.69122.82485
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.11715297
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7071516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2251
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211980
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02426
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.5391.628824
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.5381.627825
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3772.4321033
LS精密化 シェル解像度: 1.483→1.522 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.297 181 -
Rwork0.264 3425 -
all-3606 -
obs--99.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5141-0.1767-0.20080.49040.02440.16720.0511-0.02710.0934-0.0632-0.0114-0.0758-0.05860.0313-0.03970.0344-0.01250.02180.0259-0.00710.0293-3.976631.757422.7743
20.42090.1119-0.17490.1621-0.03180.19910.0130.0047-0.0439-0.0116-0.013-0.0443-0.0177-0.002400.01510.00120.01020.0275-0.00280.019-4.555415.587319.3032
30.35510.05550.19250.75170.09771.3732-0.07730.0943-0.0979-0.09110.0819-0.1412-0.02830.1596-0.00460.034-0.01170.04370.0622-0.01940.0597.319911.96511.5474
41.29260.1463-1.92411.77171.27354.13130.03030.0331-0.06590.0703-0.0085-0.14550.0076-0.0575-0.02180.01920.00670.00140.0357-0.00940.0229-3.649624.725628.1179
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A35 - 106
2X-RAY DIFFRACTION2A107 - 204
3X-RAY DIFFRACTION3A205 - 227
4X-RAY DIFFRACTION4A306

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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