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- PDB-4yf2: Crystal structure of mouse sperm C-type lysozyme-like protein 1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4yf2
タイトルCrystal structure of mouse sperm C-type lysozyme-like protein 1
要素Sperm acrosome membrane-associated protein 3
キーワードCELL ADHESION / SUGAR BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


acrosomal matrix / sperm-egg recognition / fusion of sperm to egg plasma membrane involved in single fertilization / acrosomal membrane / acrosomal vesicle / secretory granule / lysozyme activity / defense response to Gram-negative bacterium / membrane => GO:0016020 / defense response to Gram-positive bacterium / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Lysozyme-like protein 3 / Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme ...Lysozyme-like protein 3 / Lysozyme - #10 / Glycoside hydrolase, family 22, lysozyme / Glycoside hydrolase family 22 domain / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain signature. / Glycoside hydrolase, family 22 / C-type lysozyme/alpha-lactalbumin family / Glycosyl hydrolases family 22 (GH22) domain profile. / Alpha-lactalbumin / lysozyme C / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Sperm acrosome membrane-associated protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Zheng, H. / Mandal, A. / Shumilin, I.A. / Shabalin, I.G. / Herr, J.C. / Minor, W.
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM53163 米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM62414 米国
引用ジャーナル: Andrology / 年: 2015
タイトル: Sperm Lysozyme-Like Protein 1 (SLLP1), an intra-acrosomal oolemmal-binding sperm protein, reveals filamentous organization in protein crystal form.
著者: Zheng, H. / Mandal, A. / Shumilin, I.A. / Chordia, M.D. / Panneerdoss, S. / Herr, J.C. / Minor, W.
履歴
登録2015年2月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2015年3月11日ID: 2GOI
改定 1.02015年3月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references
改定 1.22015年8月12日Group: Database references
改定 1.32017年9月6日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52022年4月13日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author / database_2
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.62023年9月27日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Sperm acrosome membrane-associated protein 3
B: Sperm acrosome membrane-associated protein 3
C: Sperm acrosome membrane-associated protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,7023
ポリマ－47,7023
非ポリマー00
水2,378132
1
A: Sperm acrosome membrane-associated protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9011
ポリマ－15,9011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Sperm acrosome membrane-associated protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9011
ポリマ－15,9011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Sperm acrosome membrane-associated protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9011
ポリマ－15,9011
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)136.592, 136.592, 33.315
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ALA / Beg label comp-ID: ALA / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPAA0 - 1272 - 129
21ASPASPBB0 - 1272 - 129
12GLYGLYAA0 - 1252 - 127
22GLYGLYCC0 - 1252 - 127
13GLYGLYBB0 - 1252 - 127
23GLYGLYCC0 - 1252 - 127

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 Sperm acrosome membrane-associated protein 3 / Lysozyme-like protein 3 / Sperm lysozyme-like protein 1 / mSLLP1


分子量: 15900.758 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 93-221 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Spaca3, Lyc3, Lyzl3, Sllp1 / プラスミド: pET28b+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9D9X8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 132 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.68 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 100 mM Bis-Tris, 20% w/v PEG5000 MME, 20% ethanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2005年10月21日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50.01 Å / Num. all: 19824 / Num. obs: 19790 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.918 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0107精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1LSG

1lsg


解像度: 2.15→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 13.557 / SU ML: 0.166 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.299 / ESU R Free: 0.196 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21747 1030 5.2 %RANDOM
Rwork0.18821 ---
obs0.18978 18760 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.063 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.4 Å20.2 Å20 Å2
2--0.4 Å2-0 Å2
3----1.31 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3046 0 0 132 3178
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0193135
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0070.022777
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7071.9114260
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.23836341
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2745383
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.59423.602161
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.02215480
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.0351522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1080.2438
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023653
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02817
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9032.7621541
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9042.7611540
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2274.1341921
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2264.1351922
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1652.921594
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1652.921594
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.4784.3022340
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.11622.3123757
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.11322.33755
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A144900.03
12B144900.03
21A143080.03
22C143080.03
31B143300.04
32C143300.04
LS精密化 シェル解像度: 2.151→2.207 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.273 56 -
Rwork0.255 1395 -
obs--99.45 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.50470.42620.51612.84011.23752.55930.0480.058-0.4245-0.04860.0073-0.06550.11830.0871-0.05540.06450.0130.02490.0244-0.01840.0699-0.907-25.534-5.974
21.5667-0.5673-0.21373.29891.41244.4376-0.0784-0.01840.0084-0.08570.05820.0195-0.0801-0.23290.02020.10220.0085-0.02850.0271-0.0190.0417-6.707-54.2795.268
36.30371.63830.43284.09110.50294.11470.1717-0.36040.399-0.0055-0.17970.35110.0411-0.56860.0080.0894-0.04520.04270.1055-0.03610.0576-24.548-72.307-0.67
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A0 - 129
2X-RAY DIFFRACTION2B0 - 128
3X-RAY DIFFRACTION3C0 - 126

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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