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- PDB-4ycz: Y-COMPLEX HUB (NUP85-NUP120-NUP145C-SEC13 COMPLEX) FROM M. THERMO... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ycz
タイトルY-COMPLEX HUB (NUP85-NUP120-NUP145C-SEC13 COMPLEX) FROM M. THERMOPHILA (A.K.A. T. HETEROTHALLICA)
要素
  • Fusion Protein of Sec13 and Nup145C
  • Nup120
  • Nup85
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / Structural Protein Complex / Nuclear Pore Complex / Macromolecular Assemblies
機能・相同性
機能・相同性情報


macromolecule localization / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / nuclear pore outer ring / COPII vesicle coat / structural constituent of nuclear pore / positive regulation of TOR signaling / mRNA transport / nuclear pore / mRNA export from nucleus ...macromolecule localization / protein exit from endoplasmic reticulum / COPII-coated vesicle budding / nuclear pore outer ring / COPII vesicle coat / structural constituent of nuclear pore / positive regulation of TOR signaling / mRNA transport / nuclear pore / mRNA export from nucleus / protein import into nucleus / nuclear membrane / positive regulation of DNA-templated transcription / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Nucleoporin Nup120/160, beta-propeller domain / Nucleoporin Nup85-like / Nucleoporin Nup120/160 / Nup85 Nucleoporin / Nuclear pore complex protein NUP96, C-terminal domain / Nuclear protein 96 / Sec13/Seh1 family / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. ...Nucleoporin Nup120/160, beta-propeller domain / Nucleoporin Nup85-like / Nucleoporin Nup120/160 / Nup85 Nucleoporin / Nuclear pore complex protein NUP96, C-terminal domain / Nuclear protein 96 / Sec13/Seh1 family / Quinoprotein alcohol dehydrogenase-like superfamily / WD domain, G-beta repeat / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Uncharacterized protein / Nuclear pore complex protein Nup85 / Protein transport protein SEC13 / Nuclear pore complex protein NUP96 C-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Thielavia heterothallica (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 4.1 Å
データ登録者Kelley, K. / Knockenhauer, K.E. / Schwartz, T.U.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM077537 米国
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2015
タイトル: Atomic structure of the Y complex of the nuclear pore.
著者: Kelley, K. / Knockenhauer, K.E. / Kabachinski, G. / Schwartz, T.U.
履歴
登録2015年2月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22015年5月27日Group: Database references
改定 1.32017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.42019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fusion Protein of Sec13 and Nup145C
B: Nup85
C: Nup120


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)234,4833
ポリマ－234,4833
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4800 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area77250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.984, 212.022, 170.643
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.21, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Fusion Protein of Sec13 and Nup145C


分子量: 96425.062 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thielavia heterothallica (菌類) / 株: ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799 / 遺伝子: MYCTH_2306744, MYCTH_2306912 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-LOBSTR / 参照: UniProt: G2QES5, UniProt: G2QEZ2
#2: タンパク質 Nup85


分子量: 103380.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thielavia heterothallica (菌類) / 株: ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799 / 遺伝子: MYCTH_2059413 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-LOBSTR / 参照: UniProt: G2Q7J4
#3: タンパク質 Nup120


分子量: 34677.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thielavia heterothallica (菌類) / 株: ATCC 42464 / BCRC 31852 / DSM 1799 / 遺伝子: MYCTH_2296711 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-LOBSTR / 参照: UniProt: G2Q2S2
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.23
詳細: 50mM Tris-HCL pH 8.23, 0.7M Ammonium Sulfate, 20mM EDTA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9789 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9789 Å / 相対比: 1
反射解像度: 4.1→163 Å / Num. obs: 53692 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 6.1 % / Rsym value: 0.19 / Net I/σ(I): 8.9
反射 シェル解像度: 4.1→4.25 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 1 / Mean I/σ(I) obs: 0.9 / % possible all: 93.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: dev_1951)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 4.1→163 Å / SU ML: 0.81 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 42.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3583 1975 7.24 %Random selection
Rwork0.3189 ---
obs0.3218 53648 97.41 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.1→163 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10051 0 0 0 10051
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00210226
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6414023
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.0033054
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0271757
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041756

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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