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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4y8x | ||||||
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タイトル | Factor XIa in complex with the inhibitor methyl (4-{4-chloro-2-[(1S)-1-({(2E)-3-[5-chloro-2-(1H-tetrazol-1-yl)phenyl]prop-2-enoyl}amino)-2-phenylethyl]-1H-imidazol-5-yl}phenyl)carbamate | ||||||
要素 | Coagulation factor XIa | ||||||
キーワード | HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / hydrolase / serine protease / blood coagulation factor / protein inhibitor complex / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 coagulation factor XIa / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / blood coagulation / heparin binding / serine-type endopeptidase activity / extracellular space ...coagulation factor XIa / serine-type aminopeptidase activity / Defective F9 activation / positive regulation of fibrinolysis / plasminogen activation / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / blood coagulation / heparin binding / serine-type endopeptidase activity / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å | ||||||
データ登録者 | Sheriff, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: ACS Med Chem Lett / 年: 2015 タイトル: Discovery of a Potent Parenterally Administered Factor XIa Inhibitor with Hydroxyquinolin-2(1H)-one as the P2' Moiety. 著者: Hu, Z. / Wong, P.C. / Gilligan, P.J. / Han, W. / Pabbisetty, K.B. / Bozarth, J.M. / Crain, E.J. / Harper, T. / Luettgen, J.M. / Myers, J.E. / Ramamurthy, V. / Rossi, K.A. / Sheriff, S. / ...著者: Hu, Z. / Wong, P.C. / Gilligan, P.J. / Han, W. / Pabbisetty, K.B. / Bozarth, J.M. / Crain, E.J. / Harper, T. / Luettgen, J.M. / Myers, J.E. / Ramamurthy, V. / Rossi, K.A. / Sheriff, S. / Watson, C.A. / Wei, A. / Zheng, J.J. / Seiffert, D.A. / Wexler, R.R. / Quan, M.L. #1: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014 タイトル: Tetrahydroquinoline Derivatives as Potent and Selective Factor XIa Inhibitors 著者: Quan, M.L. / Wong, P.C. / Wang, C. / Woerner, F. / Smallheer, J.M. / Barbera, F.A. / Bozarth, J.M. / Brown, R.L. / Harpel, M.R. / Luettgen, J.M. / Morin, P.E. / Peterson, T. / Ramamurthy, V. ...著者: Quan, M.L. / Wong, P.C. / Wang, C. / Woerner, F. / Smallheer, J.M. / Barbera, F.A. / Bozarth, J.M. / Brown, R.L. / Harpel, M.R. / Luettgen, J.M. / Morin, P.E. / Peterson, T. / Ramamurthy, V. / Rendina, A.R. / Rossi, K.A. / Watson, C.A. / Wei, A. / Zhang, G. / Seiffert, D. / Wexler, R.R. #2: ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2014 タイトル: Phenylimidazoles as Potent and Selective Inhibitors of Coagulation Factor XIa with In Vivo Antithrombotic Activity 著者: Hangeland, J.J. / Friends, T.J. / Rossi, K.A. / Smallheer, J.M. / Wang, C. / Sun, Z. / Corte, J.R. / Fang, T. / Wong, P.C. / Rendina, A.R. / Barbera, F.A. / Bozarth, J.M. / Luettgen, J.M. / ...著者: Hangeland, J.J. / Friends, T.J. / Rossi, K.A. / Smallheer, J.M. / Wang, C. / Sun, Z. / Corte, J.R. / Fang, T. / Wong, P.C. / Rendina, A.R. / Barbera, F.A. / Bozarth, J.M. / Luettgen, J.M. / Watson, C.A. / Zhang, G. / Wei, A. / Ramamurthy, V. / Morin, P.E. / Bisacchi, G.S. / Subramaniam, S. / Arunachalam, P. / Mathur, A. / Seiffert, D.A. / Wexler, R.R. / Quan, M.L. #3: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2015 タイトル: Pyridine and Pyridinone-Based Factor XIa Inhibitors 著者: Corte, J.R. / Fang, T. / Hangeland, J.J. / Friends, T.J. / Rendina, A.R. / Luettgen, J.M. / Bozarth, J.M. / Barbera, F.A. / Rossi, K.A. / Wei, A. / Ramamurthy, V. / Morin, P.E. / Seiffert, D. ...著者: Corte, J.R. / Fang, T. / Hangeland, J.J. / Friends, T.J. / Rendina, A.R. / Luettgen, J.M. / Bozarth, J.M. / Barbera, F.A. / Rossi, K.A. / Wei, A. / Ramamurthy, V. / Morin, P.E. / Seiffert, D.A. / Wexler, R.R. / Quan, M.L. #4: ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2015 タイトル: Structure-based design of inhibitors of coagulation factor XIa with novel P1 moieties. 著者: Pinto, D.J. / Smallheer, J.M. / Corte, J.R. / Austin, E.J. / Wang, C. / Fang, T. / Smith, L.M. / Rossi, K.A. / Rendina, A.R. / Bozarth, J.M. / Zhang, G. / Wei, A. / Ramamurthy, V. / Sheriff, ...著者: Pinto, D.J. / Smallheer, J.M. / Corte, J.R. / Austin, E.J. / Wang, C. / Fang, T. / Smith, L.M. / Rossi, K.A. / Rendina, A.R. / Bozarth, J.M. / Zhang, G. / Wei, A. / Ramamurthy, V. / Sheriff, S. / Myers, J.E. / Morin, P.E. / Luettgen, J.M. / Seiffert, D.A. / Quan, M.L. / Wexler, R.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4y8x.cif.gz | 72.7 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4y8x.ent.gz | 52.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4y8x.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/4y8x ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/4y8x | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27600.342 Da / 分子数: 1 / 断片: light chain (UNP residues 388-625) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: F11 / プラスミド: PET14b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03951, coagulation factor XIa | ||||
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#2: 化合物 | ChemComp-4GR / | ||||
#3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.73 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 100 mM sodium acetate, pH 4.6, 26% w/v MEPEG2000, 200 mM ammonium sulfate (crystals were grown at pH4.6 and transferred to pH 7 prior to soaking with compound) |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2010年10月18日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→106.32 Å / Num. obs: 30451 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 23.83 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 27.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→2.01 Å / 冗長度: 12.7 % / Rmerge(I) obs: 0.399 / Mean I/σ(I) obs: 8.3 / Rejects: 0 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: PDB entry 4TY7 解像度: 1.9→57.42 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9498 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9497 / SU R Cruickshank DPI: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.1 / SU Rfree Blow DPI: 0.086 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.083
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原子変位パラメータ | Biso max: 96.49 Å2 / Biso mean: 27.12 Å2 / Biso min: 11.22 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.157 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.9→57.42 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / Total num. of bins used: 15
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