PDB-4y8f: Crystal structure of Triosephosphate Isomerase from Clostridium p...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4y8f

タイトル

Crystal structure of Triosephosphate Isomerase from Clostridium perfringens

要素

Triosephosphate Isomerase

キーワード

ISOMERASE / TIM barrel / TPI

機能・相同性

機能・相同性情報

triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / gluconeogenesis / glycolytic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.54 Å

データ登録者

Romero-Romero, S. / Rodriguez-Romero, A. / Fernandez-Velasco, D.A.

資金援助

メキシコ, 2件

引用

ジャーナル: Phys Chem Chem Phys / 年: 2015
タイトル: Reversibility and two state behaviour in the thermal unfolding of oligomeric TIM barrel proteins.
著者: Romero-Romero, S. / Costas, M. / Rodriguez-Romero, A. / Alejandro Fernandez-Velasco, D.

履歴

登録	2015年2月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2015年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年8月5日	Group: Data collection
改定 1.2	2015年8月12日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4y8f.cif.gz	121 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4y8f.ent.gz	92.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4y8f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4y8f_validation.pdf.gz	441.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4y8f_full_validation.pdf.gz	441.8 KB	表示
XML形式データ	4y8f_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	4y8f_validation.cif.gz	23 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/4y8f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/y8/4y8f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4y90C 4y96C 4y9aC 1btmS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ibx-2 4ymz-d 4y9a-1 4bi5-9 6nxy-1 6r8h-2 3uwy-d 1tpf-d 4bi5-1 5msa-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (8)

登録構造単位

A: Triosephosphate Isomerase

ヘテロ分子

27.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Triosephosphate Isomerase

ヘテロ分子

A: Triosephosphate Isomerase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
55.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.255, 49.555, 71.502
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 119.11, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-504- HOH
2	1	A-515- HOH
3	1	A-532- HOH

#1: タンパク質	Triosephosphate Isomerase / TIM / Triose-phosphate isomerase 分子量: 27370.254 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) 株: 13 / Type A / 遺伝子: tpiA, CPE1302 / プラスミド: pET-28b(+) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q8XKU1, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.13 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.2 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 0.2 M ammonium acetate, 0.1 M sodium acetate pH 4.6, 30% w/v polyethylene glycol (PEG) 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年2月29日
放射	モノクロメーター: VariMax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.54→37.589 Å / Num. obs: 33930 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.2 % / B_iso Wilson estimate: 11.45 Å² / R_merge(I) obs: 0.062 / Net I/σ(I): 14.6
反射シェル	解像度: 1.54→1.62 Å / 冗長度: 3.7 % / R_merge(I) obs: 0.448 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / % possible all: 94.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: dev_1313)	精密化
CrystalClear		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1BTM

1btm

解像度: 1.54→37.589 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 17.16 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1813	1660	5.11 %	Random selection
R_work	0.1466	-	-	-
obs	0.1484	32488	94.96 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 16.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.54→37.589 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1913	0	11	372	2296

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2023
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.239	2753
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.565	771
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.083	321
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	361

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.54-1.585	0.2839	114	0.2255	2124	X-RAY DIFFRACTION	79
1.585-1.6361	0.22	145	0.19	2445	X-RAY DIFFRACTION	91
1.6361-1.6946	0.2116	127	0.164	2478	X-RAY DIFFRACTION	92
1.6946-1.7625	0.2118	146	0.1533	2520	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7625-1.8427	0.1617	137	0.1467	2556	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8427-1.9398	0.1939	120	0.1489	2575	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9398-2.0613	0.1996	136	0.1422	2646	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0613-2.2205	0.1849	143	0.1452	2639	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2205-2.4439	0.1639	154	0.14	2651	X-RAY DIFFRACTION	98
2.4439-2.7974	0.1824	152	0.1443	2704	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7974-3.5241	0.1687	131	0.1371	2720	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5241-37.5997	0.1599	155	0.1375	2770	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8726	-0.2318	-0.4504	0.7429	-0.0664	0.7956	0.0019	-0.0418	0.0061	0.0697	-0.0129	-0.0305	-0.0328	0.1265	0.0055	0.0891	0.002	-0.0104	0.0774	0.013	0.0819	48.2353	41.8097	80.9675
2	0.3011	-0.2604	1.0309	0.293	-1.0707	4.0027	0.1021	0.1396	-0.1659	-0.2512	-0.1275	0.0741	0.3412	0.2148	0.0371	0.1883	0.0517	-0.0031	0.1012	-0.0066	0.132	53.0482	29.4577	71.7872
3	0.3832	-0.0281	0.3255	0.2426	-0.1618	0.9008	0.056	-0.0319	-0.0844	-0.0574	0.0228	0.0237	0.2922	-0.0743	-0.0683	0.1442	-0.0041	-0.0054	0.0896	0.0097	0.0994	45.1113	34.2985	75.7915
4	0.2764	-0.1497	0.0408	0.4589	0.3374	1.2208	0.0278	-0.024	0.0334	-0.0192	-0.0494	-0.0263	-0.0201	-0.1048	0.0186	0.0572	-0.0067	0.0031	0.0851	0.0038	0.0792	38.4715	50.8456	72.6306
5	1.1042	0.0685	0.4131	1.2999	0.1343	1.0154	0.0011	0.0723	0.075	0.0545	0.0111	-0.1294	-0.0394	0.1004	0.0122	0.0736	0.0028	-0.0046	0.0895	-0.0092	0.094	43.5643	55.9775	82.555
6	3.8029	-0.673	-0.9876	1.0008	-0.2113	1.1464	-0.002	-0.088	0.2985	0.2678	-0.0325	-0.163	-0.1419	0.0479	0.035	0.1547	-0.01	-0.0292	0.0805	-0.0072	0.102	45.0412	57.0444	90.3563
7	0.5858	-0.6294	0.0649	1.0186	0.2976	0.6623	-0.0321	-0.0469	0.0891	0.1044	0.0241	-0.1687	0.0101	0.1628	0.0197	0.0924	-0.0004	-0.0155	0.1038	0.0093	0.1087	52.3587	45.0129	85.7915

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 18 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 19 through 33 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 34 through 68 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 69 through 140 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 141 through 181 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 182 through 200 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 201 through 251 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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