[日本語] English
万見
- PDB-4y60: Structure of SOX18-HMG/PROX1-DNA -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y60
タイトルStructure of SOX18-HMG/PROX1-DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*CP*TP*GP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*TP*AP*GP*T)-3')
  • Transcription factor SOX-18
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Transcription factor / SOX / protein-DNA / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


stem cell fate specification / endocardium formation / lymphatic endothelial cell differentiation / endocardial cell differentiation / blood vessel endothelial cell migration / lymphangiogenesis / lymph vessel development / regulation of stem cell proliferation / vasculature development / embryonic heart tube development ...stem cell fate specification / endocardium formation / lymphatic endothelial cell differentiation / endocardial cell differentiation / blood vessel endothelial cell migration / lymphangiogenesis / lymph vessel development / regulation of stem cell proliferation / vasculature development / embryonic heart tube development / establishment of endothelial barrier / blood vessel development / hair follicle development / vasculogenesis / cell maturation / heart development / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / angiogenesis / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / in utero embryonic development / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus
類似検索 - 分子機能
Sox, C-terminal / Sox 7/17/18, central domain / Sox 17/18 central domain / Sox C-terminal domain profile. / : / High mobility group box domain / DNA Binding (I), subunit A / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group ...Sox, C-terminal / Sox 7/17/18, central domain / Sox 17/18 central domain / Sox C-terminal domain profile. / : / High mobility group box domain / DNA Binding (I), subunit A / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcription factor SOX-18
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Narasimhan, K. / Prokoph, N. / Kolatkar, P. / Robinson, H. / Jauch, R.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Structure and decoy-mediated inhibition of the SOX18/Prox1-DNA interaction.
著者: Klaus, M. / Prokoph, N. / Girbig, M. / Wang, X. / Huang, Y.H. / Srivastava, Y. / Hou, L. / Narasimhan, K. / Kolatkar, P.R. / Francois, M. / Jauch, R.
履歴
登録2015年2月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年4月6日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
C: Transcription factor SOX-18
A: DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*CP*TP*GP*GP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*GP*CP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*TP*AP*GP*T)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,1863
ポリマ－20,1863
非ポリマー00
水3,495194
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area10440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.942, 111.942, 32.417
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number172
Space group name H-MP64

-
要素

#1: タンパク質 Transcription factor SOX-18


分子量: 9771.423 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 77-155 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sox18, Sox-18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P43680
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*AP*CP*TP*AP*GP*CP*AP*TP*TP*GP*TP*CP*TP*GP*GP*G)-3')


分子量: 5218.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*CP*CP*AP*GP*AP*CP*AP*AP*TP*GP*CP*TP*AP*GP*T)-3')


分子量: 5196.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 194 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.65 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1M MMT buffer pH 5.0, 25% (w/v) PEG 1500

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 1.075 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 1 / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.075 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 23871 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 24 % / Net I/σ(I): 19.94

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8_1069)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化解像度: 1.75→36.642 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1989 1222 5.12 %
Rwork0.1737 --
obs0.175 23869 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→36.642 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数648 675 0 194 1517
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.011419
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.9042053
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.873593
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.163219
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007150
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7495-1.81950.26811190.22632516X-RAY DIFFRACTION100
1.8195-1.90230.23811450.21062490X-RAY DIFFRACTION100
1.9023-2.00260.22251240.2072481X-RAY DIFFRACTION100
2.0026-2.12810.23031550.20322468X-RAY DIFFRACTION100
2.1281-2.29240.21191170.19112530X-RAY DIFFRACTION100
2.2924-2.5230.23181340.18862506X-RAY DIFFRACTION100
2.523-2.8880.21341360.19782509X-RAY DIFFRACTION100
2.888-3.6380.17511370.1562550X-RAY DIFFRACTION100
3.638-36.64960.18431550.1552597X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.60070.0689-0.61564.49142.88992.3345-0.26350.4416-0.4959-0.91030.38550.06180.6430.7896-0.23760.4115-0.02410.0020.367-0.10160.328343.7358-53.5221-8.5248
29.13184.45910.6812.5151-0.70673.18690.305-0.4019-0.40010.0141-0.3935-0.35290.309-0.12050.10210.1882-0.0052-0.01960.2425-0.02680.22846.9666-42.17010.7304
32.21421.68851.35147.4392-1.60588.43880.50970.29490.7611-0.2843-0.55590.0127-0.80950.0751-0.06990.33930.04270.05610.27210.02580.366456.8974-36.9179-1.0854
47.02576.7111-1.92356.5008-2.35627.05420.0960.0517-0.3484-0.1695-0.1599-0.468-0.03440.59780.08570.24690.02470.01060.34760.00490.332763.4311-41.65632.8042
59.6784-5.18970.74527.02161.0353.574-0.337-0.7734-0.28420.75070.16160.09790.1796-0.09810.12440.2798-0.02360.0130.2619-0.00450.203452.3525-41.17219.0612
64.5841-3.7796-1.22684.5995-1.11393.37460.0075-1.20890.97010.7502-0.145-0.3643-0.20860.24450.2940.2995-0.04810.0070.375-0.11930.318643.8997-32.75159.6205
72.52982.82192.21774.91434.96137.2477-0.14010.0190.1294-0.5558-0.29290.847-0.0681-0.63140.47150.2425-0.0131-0.04080.3491-0.02890.336635.5592-43.44-4.3259
86.6185-6.80885.34047.5208-6.18845.23560.85160.4083-2.16840.05370.46161.0351.7943-0.1539-1.31990.6741-0.11830.00220.403-0.08160.552238.5565-61.2848-3.6421
98.0968-0.0921-3.1982.8489-1.20593.0672-0.1480.6882.7291-0.92150.32110.52191.2278-1.2954-0.15370.45430.0963-0.05810.88750.05240.516464.4751-60.3535-13.5233
105.1386-5.3261-5.24435.57315.58535.7754-0.27690.6582-0.70130.872-0.1012-0.47361.8328-0.72570.44470.52970.04760.09210.45970.040.507259.2438-56.39791.8433
114.26342.5825-1.56299.94431.1755.84450.2893-0.4281-0.26350.414-0.63850.35210.2495-0.1770.30290.217-0.04860.03430.3093-0.01820.249743.999-50.00726.4153
125.11061.9826-3.22055.5875-5.76156.7929-0.5192-0.0466-0.677-1.14970.45970.60681.97230.321-0.09720.6065-0.13840.1240.4839-0.01150.493936.0281-66.07087.8025
137.76331.0531-2.24993.95343.13683.8142-1.03770.11360.0159-0.75570.64580.02170.09920.57570.32620.4052-0.05060.09040.56410.02190.495133.2235-60.739214.9938
147.74312.3717-5.99922.9687-2.29694.7086-0.2031-0.90180.12040.1308-0.0470.20310.69691.20590.29980.30880.04310.07440.39160.02590.40145.7169-60.25866.7221
152.0662-0.21851.74072.62080.8062.71750.08311.0614-0.0988-0.3591-0.0525-0.12110.33080.2819-0.10710.2374-0.00260.02780.31080.02320.235552.7785-49.0363-3.8176
163.131-3.00111.26844.79050.76762.58670.06350.7850.02990.98810.0161-1.05560.54120.6418-0.30770.30640.17360.00770.5094-0.01210.457967.615-55.1307-3.2853
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain C and resid 0:7)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain C and resid 8:15)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain C and resid 16:23)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain C and resid 24:33)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain C and resid 34:42)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain C and resid 43:48)
7X-RAY DIFFRACTION7(chain C and resid 49:68)
8X-RAY DIFFRACTION8(chain C and resid 69:75)
9X-RAY DIFFRACTION9(chain A and resid 0:3)
10X-RAY DIFFRACTION10(chain A and resid 4:7)
11X-RAY DIFFRACTION11(chain A and resid 8:12)
12X-RAY DIFFRACTION12(chain A and resid 13:16)
13X-RAY DIFFRACTION13(chain B and resid 0:3)
14X-RAY DIFFRACTION14(chain B and resid 4:7)
15X-RAY DIFFRACTION15(chain B and resid 8:11)
16X-RAY DIFFRACTION16(chain B and resid 12:15)

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る