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- PDB-4y15: SdiA in complex with 3-oxo-C6-homoserine lactone -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4y15
タイトルSdiA in complex with 3-oxo-C6-homoserine lactone
要素Transcriptional regulator of ftsQAZ gene cluster
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Quorum sensor
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain superfamily / Autoinducer binding domain / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector ...Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain / Transcription factor LuxR-like, autoinducer-binding domain superfamily / Autoinducer binding domain / LuxR-type HTH domain signature. / LuxR-type HTH domain profile. / Transcription regulator LuxR, C-terminal / Bacterial regulatory proteins, luxR family / helix_turn_helix, Lux Regulon / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Beta-Lactamase / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-482 / Quorum-sensing transcriptional activator
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.835 Å
データ登録者Nguyen, N.X. / Nguyen, Y. / Sperandio, V. / Jiang, Y.
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2015
タイトル: Structural and Mechanistic Roles of Novel Chemical Ligands on the SdiA Quorum-Sensing Transcription Regulator.
著者: Nguyen, Y. / Nguyen, N.X. / Rogers, J.L. / Liao, J. / MacMillan, J.B. / Jiang, Y. / Sperandio, V.
履歴
登録2015年2月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月15日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator of ftsQAZ gene cluster
B: Transcriptional regulator of ftsQAZ gene cluster
C: Transcriptional regulator of ftsQAZ gene cluster
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,7638
ポリマ－86,9323
非ポリマー8325
水1267
1
A: Transcriptional regulator of ftsQAZ gene cluster
C: Transcriptional regulator of ftsQAZ gene cluster
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4775
ポリマ－57,9542
非ポリマー5233
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4950 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area22750 Å2
手法PISA
2
B: Transcriptional regulator of ftsQAZ gene cluster
ヘテロ分子

B: Transcriptional regulator of ftsQAZ gene cluster
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,5736
ポリマ－57,9542
非ポリマー6194
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
Buried area4850 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area22310 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.620, 92.694, 119.698
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator of ftsQAZ gene cluster


分子量: 28977.174 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 株: O157:H7 / 遺伝子: sdiA, ECs2654, Z3004 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q8XBD0
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-482 / 3-oxo-N-[(3S)-2-oxotetrahydrofuran-3-yl]hexanamide / N-(3-オキソヘキサノイル)-L-ホモセリンラクトン


分子量: 213.230 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15NO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 18% (w/v) PEG 3350, 0.1M sodium acetate pH5.4, 0.3M ammonium sulfate
PH範囲: 5.2-5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.835→41.554 Å / Num. obs: 23699 / % possible obs: 98.61 % / 冗長度: 5 % / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 20.2
反射 シェル最高解像度: 2.835 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 97.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Y13

4y13


解像度: 2.835→41.554 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2532 1187 5.01 %
Rwork0.2293 --
obs0.2305 23699 98.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.835→41.554 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5844 0 55 7 5906
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0046040
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9728178
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.3232258
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041873
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041058
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8355-2.96450.35831420.32172601X-RAY DIFFRACTION93
2.9645-3.12070.35151440.29692783X-RAY DIFFRACTION99
3.1207-3.31620.2871470.29362816X-RAY DIFFRACTION100
3.3162-3.57210.3321500.25322810X-RAY DIFFRACTION100
3.5721-3.93130.251500.23372817X-RAY DIFFRACTION100
3.9313-4.49960.22051480.20462839X-RAY DIFFRACTION99
4.4996-5.66670.23431540.20452868X-RAY DIFFRACTION100
5.6667-41.55860.2161520.20362978X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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