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- PDB-4xzs: Crystal Structure of TRIAP1-MBP fusion -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xzs
タイトルCrystal Structure of TRIAP1-MBP fusion
要素Maltose-binding periplasmic protein,TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1
キーワードAPOPTOSIS / lipid / cX9cX motif / cancer / mitochondria / chaperone
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of membrane lipid distribution / positive regulation of phospholipid transport / intermembrane lipid transfer / phospholipid transport / phospholipid translocation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / detection of maltose stimulus / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / maltose transport complex / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release ...regulation of membrane lipid distribution / positive regulation of phospholipid transport / intermembrane lipid transfer / phospholipid transport / phospholipid translocation / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / detection of maltose stimulus / negative regulation of release of cytochrome c from mitochondria / maltose transport complex / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / mitotic G1 DNA damage checkpoint signaling / Mitochondrial protein degradation / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / cell chemotaxis / mitochondrial intermembrane space / cellular response to UV / p53 binding / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / apoptotic process / DNA damage response / negative regulation of apoptotic process / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / membrane
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial distribution/morphology family 35/apoptosis / Uncharacterised protein family (UPF0203) / Coiled coil-helix-coiled coil-helix (CHCH) domain profile. / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1 / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Miliara, X. / Garnett, J.A. / Abid-Ali, F. / Perez-Dorado, I. / Matthews, S.J.
引用ジャーナル: Embo Rep. / 年: 2015
タイトル: Structural insight into the TRIAP1/PRELI-like domain family of mitochondrial phospholipid transfer complexes.
著者: Miliara, X. / Garnett, J.A. / Tatsuta, T. / Abid Ali, F. / Baldie, H. / Perez-Dorado, I. / Simpson, P. / Yague, E. / Langer, T. / Matthews, S.
履歴
登録2015年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02016年1月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 2.22024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Maltose-binding periplasmic protein,TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1
B: Maltose-binding periplasmic protein,TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,5634
ポリマ－97,8792
非ポリマー6852
水4,792266
1
A: Maltose-binding periplasmic protein,TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2822
ポリマ－48,9391
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Maltose-binding periplasmic protein,TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2822
ポリマ－48,9391
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.390, 56.010, 100.280
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.35, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LYS / Beg label comp-ID: LYS / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 1 - 419 / Label seq-ID: 2 - 420

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Maltose-binding periplasmic protein,TP53-regulated inhibitor of apoptosis 1 / MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Protein 15E1.1 / WF-1 / p53-inducible cell-survival ...MBP / MMBP / Maltodextrin-binding protein / Protein 15E1.1 / WF-1 / p53-inducible cell-survival factor / p53CSV


分子量: 48939.320 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌), (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
遺伝子: malE, b4034, JW3994, TRIAP1, 15E1.1, HSPC132 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9, UniProt: O43715
#2: 多糖 alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 266 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.74 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 100 mM sodium acetate, 25% (w/v) PEG 4000, 18% (w/v) MPD, 200 mM ammonium sulphate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年5月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→48.41 Å / Num. obs: 45307 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 3.6 % / Biso Wilson estimate: 35.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 2.12→2.18 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.585 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 94

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1hsj

1hsj


解像度: 2.12→48.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.939 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.278 / ESU R Free: 0.208 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24163 2246 5 %RANDOM
Rwork0.19585 ---
obs0.19813 43048 98.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.257 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.56 Å20 Å2-2.01 Å2
2---1.01 Å20 Å2
3---0.54 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.12→48.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6446 0 46 266 6758
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.026696
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.026238
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.471.9619120
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.863314392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6645851
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.06725.705298
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.037151061
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.4021516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2998
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0217696
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.021476
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3973.0663377
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.3973.0653376
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2494.5914222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.2494.5924223
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1643.3243319
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1643.3253320
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.5684.8614894
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.02325.0017873
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.99324.9687819
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2582 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.08 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.12→2.175 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.353 157 -
Rwork0.332 3010 -
obs--93.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.32770.02620.13240.9762-0.33020.9939-0.01310.00180.02850.0652-0.0179-0.0569-0.06310.01310.03090.09620.0139-0.0210.0425-0.00140.0089-41.230.42522.291
20.3025-0.06390.12181.0197-0.39420.7914-0.01290.03020.01540.0514-0.021-0.0032-0.00180.03550.0340.14550.0165-0.05150.0632-0.01140.0219-2.9030.51522.874
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 421
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 420

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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