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- PDB-4xzd: Crystal Structure of Wild-type HasA from Yersinia pseudotuberculosis -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xzd
タイトルCrystal Structure of Wild-type HasA from Yersinia pseudotuberculosis
要素Extracellular heme acquisition hemophore HasA
キーワードHEME BINDING PROTEIN / heme acquisition system / hemophore
機能・相同性
機能・相同性情報


Heme-binding Protein A; Chain: A; / Haem-binding HasA / Haem-binding HasA / Haem-binding HasA superfamily / Heme-binding protein A (HasA) / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Extracellular heme acquisition hemophore HasA
類似検索 - 構成要素
生物種Yersinia pseudotuberculosis IP 32953 (仮性結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Kanadani, M. / Hino, T. / Nagano, S. / Sato, T. / Ozaki, S.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
MEXT25291015 日本
MEXT25410176 日本
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2015
タイトル: The crystal structure of heme acquisition system A from Yersinia pseudotuberculosis (HasAypt): Roles of the axial ligand Tyr75 and two distal arginines in heme binding
著者: Kanadani, M. / Sato, T. / Hino, T. / Nagano, S. / Ozaki, S.
履歴
登録2015年2月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年8月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年1月6日Group: Database references
改定 1.22020年2月5日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracellular heme acquisition hemophore HasA
D: Extracellular heme acquisition hemophore HasA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5314
ポリマ－47,2982
非ポリマー1,2332
水9,926551
1
A: Extracellular heme acquisition hemophore HasA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2662
ポリマ－23,6491
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1060 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area8480 Å2
手法PISA
2
D: Extracellular heme acquisition hemophore HasA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,2662
ポリマ－23,6491
非ポリマー6161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1070 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area8460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.740, 53.250, 82.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.95, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Extracellular heme acquisition hemophore HasA


分子量: 23649.027 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia pseudotuberculosis IP 32953 (仮性結核菌)
株: IP32953 / 遺伝子: HasA, YPTB0114 / プラスミド: pQE30 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15 / 参照: UniProt: Q66G68
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 551 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.88 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris HCl, 1.1 M Na-citrate, 1.5% 1,6-hexandiol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 0.93 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.93 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→81.338 Å / Num. all: 45941 / Num. obs: 45941 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 13.88 Å2 / Rpim(I) all: 0.068 / Rrim(I) all: 0.129 / Rsym value: 0.109 / Net I/av σ(I): 4.929 / Net I/σ(I): 8.1 / Num. measured all: 162443
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRpim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
1.7-1.793.60.5551.32389166710.3410.5552.599.7
1.79-1.93.60.391.92265063380.240.393.499.7
1.9-2.033.60.252.92115259050.1540.255.199.7
2.03-2.193.60.1744.11980355540.1070.1746.999.9
2.19-2.43.60.1295.51819451070.080.1298.599.9
2.4-2.693.50.1066.41624946040.0660.1069.999.7
2.69-3.13.50.0877.11421640740.0540.08712.499.7
3.1-3.83.30.0717.71137834820.0460.07115.299.5
3.8-5.383.50.0559.2945626760.0340.05518.199.4
5.38-35.6563.60.0528.6545415300.0320.05217.399.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
SCALA3.3.21データ削減
MOLREP11.0.05位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DK0

1dk0


解像度: 1.7→35.656 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.7 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2212 2386 5.2 %Random selection
Rwork0.1747 ---
obs0.1772 45923 99.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→35.656 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2742 0 86 551 3379
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0142902
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.6483942
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.5861036
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.092392
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009518
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.73470.31311140.26362564X-RAY DIFFRACTION100
1.7347-1.77240.28431400.24872555X-RAY DIFFRACTION100
1.7724-1.81370.29871320.24262542X-RAY DIFFRACTION100
1.8137-1.8590.27351530.2432518X-RAY DIFFRACTION99
1.859-1.90930.26351440.22172554X-RAY DIFFRACTION100
1.9093-1.96540.25951510.20552540X-RAY DIFFRACTION100
1.9654-2.02890.25731320.18682563X-RAY DIFFRACTION100
2.0289-2.10140.22641340.18352575X-RAY DIFFRACTION100
2.1014-2.18550.20111300.1732554X-RAY DIFFRACTION100
2.1855-2.2850.26191600.17412528X-RAY DIFFRACTION100
2.285-2.40540.24131410.17032568X-RAY DIFFRACTION100
2.4054-2.55610.21791600.17082529X-RAY DIFFRACTION100
2.5561-2.75340.22051440.17082551X-RAY DIFFRACTION99
2.7534-3.03030.21821310.16352593X-RAY DIFFRACTION100
3.0303-3.46850.18321390.14792569X-RAY DIFFRACTION99
3.4685-4.36870.15941250.13282585X-RAY DIFFRACTION99
4.3687-35.66380.19941560.16042649X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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