[日本語] English
万見
- PDB-4xyn: X-ray structure of Ca(2+)-S100B with human RAGE-derived W61 peptide -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xyn
タイトルX-ray structure of Ca(2+)-S100B with human RAGE-derived W61 peptide
要素
  • Protein S100-B
  • Receptor for advanced glycation endproducts-derived peptide (W61)
キーワードMembrane protein / metal binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of blood circulation / advanced glycation end-product receptor activity / positive regulation of endothelin production / regulation of T cell mediated cytotoxicity / glucose mediated signaling pathway / negative regulation of long-term synaptic depression / positive regulation of monocyte extravasation / positive regulation of aspartic-type endopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / positive regulation of dendritic cell differentiation ...regulation of CD4-positive, alpha-beta T cell activation / negative regulation of blood circulation / advanced glycation end-product receptor activity / positive regulation of endothelin production / regulation of T cell mediated cytotoxicity / glucose mediated signaling pathway / negative regulation of long-term synaptic depression / positive regulation of monocyte extravasation / positive regulation of aspartic-type endopeptidase activity involved in amyloid precursor protein catabolic process / positive regulation of dendritic cell differentiation / adaptive thermogenesis / regulation of p38MAPK cascade / regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / sympathetic neuron projection extension / RAGE receptor binding / scavenger receptor activity / induction of positive chemotaxis / ion binding / transcytosis / protein localization to membrane / positive regulation of monocyte chemotactic protein-1 production / positive regulation of heterotypic cell-cell adhesion / S100 protein binding / regulation of long-term synaptic potentiation / regulation of spontaneous synaptic transmission / laminin receptor activity / positive regulation of p38MAPK cascade / negative regulation of interleukin-10 production / positive regulation of activated T cell proliferation / regulation of neuronal synaptic plasticity / response to amyloid-beta / TRAF6 mediated NF-kB activation / Advanced glycosylation endproduct receptor signaling / transport across blood-brain barrier / negative regulation of long-term synaptic potentiation / positive regulation of chemokine production / Nuclear signaling by ERBB4 / ruffle / positive regulation of interleukin-12 production / positive regulation of neuron differentiation / axonogenesis / positive regulation of interleukin-1 beta production / sarcoplasmic reticulum / central nervous system development / astrocyte activation / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / regulation of synaptic plasticity / tau protein binding / memory / fibrillar center / response to wounding / positive regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / cellular response to amyloid-beta / transmembrane signaling receptor activity / calcium-dependent protein binding / positive regulation of interleukin-6 production / neuron projection development / positive regulation of tumor necrosis factor production / cell junction / signaling receptor activity / positive regulation of NF-kappaB transcription factor activity / amyloid-beta binding / regulation of inflammatory response / postsynapse / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / molecular adaptor activity / learning or memory / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / cell surface receptor signaling pathway / cell adhesion / response to hypoxia / inflammatory response / positive regulation of protein phosphorylation / apical plasma membrane / intracellular membrane-bounded organelle / neuronal cell body / calcium ion binding / positive regulation of cell population proliferation / protein-containing complex binding / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / protein homodimerization activity / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Protein S100-B / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / EF hand / Immunoglobulin ...Protein S100-B / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / CD80-like, immunoglobulin C2-set / CD80-like C2-set immunoglobulin domain / EF hand / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / EF-hand / Recoverin; domain 1 / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Protein S100-B / Advanced glycosylation end product-specific receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Jensen, J.L. / Indurthi, V.S.K. / Neau, D. / Vetter, S.W. / Colbert, C.L.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Structural insights into the binding of the human receptor for advanced glycation end products (RAGE) by S100B, as revealed by an S100B-RAGE-derived peptide complex.
著者: Jensen, J.L. / Indurthi, V.S. / Neau, D.B. / Vetter, S.W. / Colbert, C.L.
履歴
登録2015年2月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2015年5月13日ID: 4N6I
改定 1.02015年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月20日Group: Database references
改定 1.22015年5月27日Group: Data collection
改定 1.32017年11月22日Group: Advisory / Derived calculations ...Advisory / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn ...entity_src_gen / pdbx_entity_src_syn / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_entity_src_syn.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification / _software.name
改定 1.42024年2月28日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _software.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
P: Receptor for advanced glycation endproducts-derived peptide (W61)
A: Protein S100-B
B: Protein S100-B
C: Protein S100-B
D: Protein S100-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,87513
ポリマ－44,5545
非ポリマー3218
水63135
1
P: Receptor for advanced glycation endproducts-derived peptide (W61)
A: Protein S100-B
B: Protein S100-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,2607
ポリマ－23,1003
非ポリマー1604
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4260 Å2
ΔGint-92 kcal/mol
Surface area10000 Å2
手法PISA
2
C: Protein S100-B
D: Protein S100-B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6146
ポリマ－21,4542
非ポリマー1604
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3060 Å2
ΔGint-70 kcal/mol
Surface area9550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.785, 86.684, 66.534
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質・ペプチド Receptor for advanced glycation endproducts-derived peptide (W61)


分子量: 1645.814 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) / 参照: UniProt: Q15109*PLUS
#2: タンパク質
Protein S100-B / S-100 protein beta chain / S-100 protein subunit beta / S100 calcium-binding protein B


分子量: 10727.037 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: S100B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P04271
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: 0.1M Na cacodylate, pH 6.8, 25% w/v PEG 3350, 9mM CaCl2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月5日
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→53.882 Å / Num. all: 35655 / Num. obs: 12927 / % possible obs: 95.7 % / 冗長度: 2.8 % / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル解像度: 2.55→2.64 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 98.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
ADSCデータ収集
XDSデータスケーリング
autoPROCデータスケーリング
Aimlessデータスケーリング
Cootモデル構築
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.55→53.882 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.87 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2537 639 4.94 %
Rwork0.2026 --
obs0.2053 12927 95.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→53.882 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2992 0 8 35 3035
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0153051
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.54081
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.1321148
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.066442
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008534
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.55-2.74580.36511240.27792492X-RAY DIFFRACTION98
2.7458-3.02210.32821300.24952428X-RAY DIFFRACTION97
3.0221-3.45940.28971260.23512468X-RAY DIFFRACTION97
3.4594-4.35820.21971370.17422456X-RAY DIFFRACTION96
4.3582-53.89410.22441220.17962444X-RAY DIFFRACTION90

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る