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万見
- PDB-4xxs: Crystal structure of BACE1 with a pyrazole-substituted tetrahydro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xxs
タイトルCrystal structure of BACE1 with a pyrazole-substituted tetrahydropyran thioamidine
要素Beta-secretase 1
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / Amyloid Precursor Protein Secretases / Aspartic Acid Endopeptidases / Drug Design / Structure-Activity Relationship / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid-beta formation / amyloid precursor protein catabolic process / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain ...memapsin 2 / Golgi-associated vesicle lumen / beta-aspartyl-peptidase activity / signaling receptor ligand precursor processing / amyloid-beta formation / amyloid precursor protein catabolic process / membrane protein ectodomain proteolysis / amyloid-beta metabolic process / prepulse inhibition / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of pain / response to insulin-like growth factor stimulus / cellular response to manganese ion / multivesicular body / swimming behavior / presynaptic modulation of chemical synaptic transmission / cellular response to copper ion / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / protein serine/threonine kinase binding / trans-Golgi network / protein processing / recycling endosome / response to lead ion / cellular response to amyloid-beta / synaptic vesicle / late endosome / peptidase activity / positive regulation of neuron apoptotic process / amyloid-beta binding / endopeptidase activity / amyloid fibril formation / aspartic-type endopeptidase activity / early endosome / lysosome / endosome membrane / endosome / membrane raft / endoplasmic reticulum lumen / Amyloid fiber formation / axon / neuronal cell body / dendrite / enzyme binding / cell surface / Golgi apparatus / proteolysis / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site ...Beta-secretase BACE1 / Beta-secretase BACE / Memapsin-like / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
IODIDE ION / Chem-SI5 / Beta-secretase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.86 Å
データ登録者Parris, K.D. / Pandit, J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Utilizing Structures of CYP2D6 and BACE1 Complexes To Reduce Risk of Drug-Drug Interactions with a Novel Series of Centrally Efficacious BACE1 Inhibitors.
著者: Brodney, M.A. / Beck, E.M. / Butler, C.R. / Barreiro, G. / Johnson, E.F. / Riddell, D. / Parris, K. / Nolan, C.E. / Fan, Y. / Atchison, K. / Gonzales, C. / Robshaw, A.E. / Doran, S.D. / ...著者: Brodney, M.A. / Beck, E.M. / Butler, C.R. / Barreiro, G. / Johnson, E.F. / Riddell, D. / Parris, K. / Nolan, C.E. / Fan, Y. / Atchison, K. / Gonzales, C. / Robshaw, A.E. / Doran, S.D. / Bundesmann, M.W. / Buzon, L. / Dutra, J. / Henegar, K. / LaChapelle, E. / Hou, X. / Rogers, B.N. / Pandit, J. / Lira, R. / Martinez-Alsina, L. / Mikochik, P. / Murray, J.C. / Ogilvie, K. / Price, L. / Sakya, S.M. / Yu, A. / Zhang, Y. / O'Neill, B.T.
履歴
登録2015年1月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月8日Group: Database references
改定 1.22015年4月22日Group: Database references
改定 1.32024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / entity_src_gen / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / struct_keywords
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI ..._citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-secretase 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,4789
ポリマ－46,4411
非ポリマー1,0378
水5,386299
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)102.350, 102.350, 170.550
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Beta-secretase 1 / Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP ...Aspartyl protease 2 / Asp 2 / Beta-site amyloid precursor protein cleaving enzyme 1 / Beta-site APP cleaving enzyme 1 / Memapsin-2 / Membrane-associated aspartic protease 2


分子量: 46440.980 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 46-454 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BACE1, BACE, KIAA1149 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56817, memapsin 2

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非ポリマー , 5種, 307分子

#2: 化合物 ChemComp-SI5 / (4aR,6R,8aS)-8a-(2,4-difluorophenyl)-6-(1-methyl-1H-pyrazol-4-yl)-4,4a,5,6,8,8a-hexahydropyrano[3,4-d][1,3]thiazin-2-amine


分子量: 364.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H18F2N4OS
#3: 化合物 ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物 ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 299 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.7 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: BACE1 lacking the pro-segment was concentrated to ~14 mg/mL in 20 mM Tris pH 7.4 and 250 mM NaCl. Crystallization was carried out by the vapor diffusion method against 200 mM sodium citrate ...詳細: BACE1 lacking the pro-segment was concentrated to ~14 mg/mL in 20 mM Tris pH 7.4 and 250 mM NaCl. Crystallization was carried out by the vapor diffusion method against 200 mM sodium citrate tribasic dihydrate, 22% PEG 5K monomethyl ether and 200 mM ammonium iodide.

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データ収集

回折平均測定温度: 83 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年3月29日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→50 Å / Num. obs: 44909 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 17.2 % / Biso Wilson estimate: 44.2 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Χ2: 0.937 / Net I/av σ(I): 29.417 / Net I/σ(I): 4.9 / Num. measured all: 770525
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2% possible allRmerge(I) obs
1.86-1.897.521320.61196.6
1.89-1.9310.221930.60499.8
1.93-1.9612.821900.61999.9
1.96-21522070.64199.9
2-2.0516.322160.6471000.964
2.05-2.0917.822040.6631000.81
2.09-2.1518.221950.681000.667
2.15-2.2119.422090.6981000.542
2.21-2.2719.522280.72499.90.46
2.27-2.3419.122310.7481000.38
2.34-2.4318.922280.7751000.336
2.43-2.5218.222130.8231000.275
2.52-2.6418.422550.8811000.212
2.64-2.7819.622410.9561000.179
2.78-2.9519.422500.9491000.146
2.95-3.1818.622641.0731000.122
3.18-3.518.622791.2341000.108
3.5-4.0119.523041.3341000.1
4.01-5.0518.123461.5771000.102
5.05-5017.325241.80999.80.108

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.2精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データスケーリング
BUSTER-TNT位相決定
精密化解像度: 1.86→27.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9576 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9494 / SU R Cruickshank DPI: 0.109 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.115 / SU Rfree Blow DPI: 0.108 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.104
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2076 2255 5.03 %RANDOM
Rwork0.1818 ---
obs0.1831 44821 99.68 %-
原子変位パラメータBiso max: 299.87 Å2 / Biso mean: 50.02 Å2 / Biso min: 31.99 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-4.5971 Å20 Å20 Å2
2--4.5971 Å20 Å2
3----9.1941 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.215 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.86→27.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2941 0 51 299 3291
Biso mean--60.99 63.26 -
残基数----376
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1014SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes68HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes461HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3066HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion392SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3748SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3066HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4169HARMONIC21.08
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion4.01
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion16.47
LS精密化 シェル解像度: 1.86→1.91 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2539 150 4.81 %
Rwork0.238 2967 -
all0.2388 3117 -
obs--99.68 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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