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- PDB-4xwl: Catalytic domain of Clostridium Cellulovorans Exgs -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xwl
タイトルCatalytic domain of Clostridium Cellulovorans Exgs
要素Exoglucanase S
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end) / cellulose 1,4-beta-cellobiosidase activity / cellulase activity / cellulose catabolic process / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Endo-1,4-beta-glucanase f; domain 3 / Endo-1,4-beta-glucanase f. Domain 3 / Endo-1,4-beta-glucanase f; domain 2 / Endo-1,4-beta-glucanase f. Domain 2 / Endoglucanase F, domain 2 / Endoglucanase F, domain 3 / Glycoside hydrolase, 48F / Glycosyl hydrolase family 48 / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Dockerin domain ...Endo-1,4-beta-glucanase f; domain 3 / Endo-1,4-beta-glucanase f. Domain 3 / Endo-1,4-beta-glucanase f; domain 2 / Endo-1,4-beta-glucanase f. Domain 2 / Endoglucanase F, domain 2 / Endoglucanase F, domain 3 / Glycoside hydrolase, 48F / Glycosyl hydrolase family 48 / Clostridium cellulosome enzymes repeated domain signature. / Dockerin domain / Dockerin domain profile. / Dockerin type I domain / Dockerin type I repeat / Dockerin domain superfamily / Glycosyltransferase - #10 / Six-hairpin glycosidase-like superfamily / Six-hairpin glycosidase superfamily / Glycosyltransferase / Alpha/alpha barrel / Beta Complex / Few Secondary Structures / Irregular / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIETHYLENE GLYCOL / Exoglucanase S
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium cellulovorans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.051 Å
データ登録者liaw, Y.-C.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Structures of exoglucanase from Clostridium cellulovorans: cellotetraose binding and cleavage
著者: Tsai, L.-C. / Amiraslanov, I. / Chen, H.R. / Chen, Y.W. / Lee, H.L. / Liang, P.H. / Liaw, Y.-C.
履歴
登録2015年1月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2015年10月28日ID: 4KIH
改定 1.02015年10月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Exoglucanase S
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,61124
ポリマ－75,8931
非ポリマー2,71723
水8,449469
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5760 Å2
ΔGint30 kcal/mol
Surface area22700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)108.243, 108.243, 182.989
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-884-

HOH

21A-907-

HOH

31A-908-

HOH

41A-925-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Exoglucanase S


分子量: 75893.453 Da / 分子数: 1 / 断片: CATALYTIC DOMAIN, UNP RESIDUES 32-674 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium cellulovorans (バクテリア)
遺伝子: exgS / プラスミド: PHTPP13 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM109
参照: UniProt: O65986, cellulose 1,4-beta-cellobiosidase (non-reducing end)

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非ポリマー , 9種, 492分子

#2: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-P33 / 3,6,9,12,15,18-HEXAOXAICOSANE-1,20-DIOL / HEPTAETHYLENE GLYCOL / PEG330 / ヘプタエチレングリコ-ル


分子量: 326.383 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H30O8 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物
ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#9: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 469 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.9 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG400, AMMONIUM SULFATE, HEPES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2008年11月9日 / 詳細: MONOCHROMATOR
放射モノクロメーター: LN2-COOLED DOUBLE CRYSTAL SI(111) MONOCHROMATOR
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→30 Å / Num. obs: 68817 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 23.58 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Χ2: 0.931 / Net I/av σ(I): 28.793 / Net I/σ(I): 10.6 / Num. measured all: 588718
反射 シェル解像度: 2.05→2.09 Å / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.401 / Num. unique all: 3755 / Χ2: 0.65 / Rejects: 0 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER2.5.0位相決定
HKLデータ削減
HKLデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1F9O

1f9o


解像度: 2.051→28.332 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 15.64 / 立体化学のターゲット値: ML / 詳細: TLS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1737 1999 2.92 %
Rwork0.1419 66475 -
obs0.1429 68474 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 113.35 Å2 / Biso mean: 26.2521 Å2 / Biso min: 12.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.051→28.332 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5009 0 177 472 5658
Biso mean--50.3 35.27 -
残基数----634
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0085447
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0557380
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045721
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005946
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.9681945
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0506-2.10180.17841360.14734493462996
2.1018-2.15860.18611400.14314667480799
2.1586-2.22210.19161410.144646714812100
2.2221-2.29380.17821390.146546934832100
2.2938-2.37580.18881420.14347064848100
2.3758-2.47080.19881420.141747314873100
2.4708-2.58320.18261420.14447024844100
2.5832-2.71930.17941420.147147544896100
2.7193-2.88950.18791430.150647364879100
2.8895-3.11240.19561430.15447554898100
3.1124-3.42510.17071440.153947814925100
3.4251-3.91960.15731450.129648174962100
3.9196-4.9340.14261460.121448745020100
4.934-28.33450.17881540.14950955249100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.64710.14180.3331.42260.35661.36650.02720.0837-0.0609-0.0370.0218-0.1497-0.00540.1209-0.05120.0774-0.00130.00090.18830.00250.169514.580520.174-31.2998
20.61010.37080.15461.14420.15580.58990.0187-0.16440.0160.1133-0.00730.00240.0284-0.0419-0.00950.17020.0016-0.01660.2450.00850.172.451122.9105-6.3949
30.6078-0.19760.13310.4446-0.07610.7324-0.0037-0.0309-0.01180.0203-0.00950.0234-0.0255-0.04420.0160.1272-0.0168-0.01740.1785-0.00190.1699-8.192220.511-24.7214
47.04441.6823-4.24431.4576-1.20324.03160.18350.13880.3621-0.0456-0.00050.0874-0.2984-0.138-0.16740.14070.0212-0.04310.14090.00630.1656-8.679337.6122-36.9242
55.11852.49152.50932.39160.7661.976-0.13480.1468-0.0229-0.11880.0496-0.1126-0.19570.14040.08520.14580.02560.0350.13350.00820.12283.16529.5415-44.7495
65.83990.3434-3.29464.2638-0.22994.95140.0385-0.19170.53320.10690.0682-0.0022-0.3616-0.0796-0.09730.1427-0.0172-0.02270.1474-0.06220.202310.72541.6256-5.6789
72.97532.17312.72912.58232.3112.9754-0.21040.0210.237-0.36070.07360.02-0.5320.08180.09790.1986-0.0170.01760.18040.01830.211614.036334.9877-30.3882
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -3 through 82 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 83 through 220 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 221 through 440 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 441 through 485 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 486 through 547 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 548 through 581 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 582 through 629 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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