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- PDB-4xw3: Crystal structure of the SPRY domain of the human DEAD-box protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xw3
タイトルCrystal structure of the SPRY domain of the human DEAD-box protein DDX1
要素ATP-dependent RNA helicase DDX1
キーワードHYDROLASE / beta-sandwich / insertion domain / DEAD-box protein / SPRY domain
機能・相同性
機能・相同性情報


cleavage body / tRNA-splicing ligase complex / DNA/RNA helicase activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / protein localization to cytoplasmic stress granule / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / nuclease activity / poly(A) binding / tRNA processing in the nucleus / regulation of translational initiation ...cleavage body / tRNA-splicing ligase complex / DNA/RNA helicase activity / tRNA splicing, via endonucleolytic cleavage and ligation / protein localization to cytoplasmic stress granule / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / nuclease activity / poly(A) binding / tRNA processing in the nucleus / regulation of translational initiation / exonuclease activity / tRNA processing / spliceosomal complex assembly / response to exogenous dsRNA / transcription coregulator activity / response to virus / mRNA processing / cytoplasmic stress granule / double-strand break repair / double-stranded RNA binding / defense response to virus / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / RNA helicase activity / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / innate immune response / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / DNA binding / RNA binding / nucleoplasm / ATP binding / nucleus / membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SPRY domain / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / DEAD/DEAH box helicase domain ...SPRY domain / RNA helicase, DEAD-box type, Q motif / DEAD-box RNA helicase Q motif profile. / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / Jelly Rolls / Sandwich / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ATP-dependent RNA helicase / ATP-dependent RNA helicase DDX1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Kellner, J.N. / Meinhart, A.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationME 3135/1-2 ドイツ
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2015
タイトル: Structure of the SPRY domain of the human RNA helicase DDX1, a putative interaction platform within a DEAD-box protein.
著者: Kellner, J.N. / Meinhart, A.
履歴
登録2015年1月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年9月6日Group: Atomic model / Author supporting evidence / カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 2.12024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ATP-dependent RNA helicase DDX1
B: ATP-dependent RNA helicase DDX1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,2902
ポリマ－49,2902
非ポリマー00
水2,558142
1
A: ATP-dependent RNA helicase DDX1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6451
ポリマ－24,6451
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: ATP-dependent RNA helicase DDX1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6451
ポリマ－24,6451
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)45.060, 76.140, 122.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 ATP-dependent RNA helicase DDX1 / DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 1 / isoform CRA_d / DEAD box polypeptide 1 / cDNA / FLJ94573 ...DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 1 / isoform CRA_d / DEAD box polypeptide 1 / cDNA / FLJ94573 / Homo sapiens DEAD (Asp-Glu-Ala-Asp) box polypeptide 1 (DDX1) / mRNA


分子量: 24644.887 Da / 分子数: 2 / 断片: unp residues 72-283 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: cDNA / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDX1, hCG_15914 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): CodonPlus- RIL / 参照: UniProt: A3RJH1, UniProt: Q92499*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.45 % / 解説: spheroid crystals
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 35 % (v/v) PEG 600, 0.1 M tri-Sodium-citrate pH 5.5 - crystals appeared after 3 days and grew as single crystals
PH範囲: 5 - 6

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.06998 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月10日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.06998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→47.78 Å / Num. obs: 28891 / % possible obs: 98.6 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.71 % / Biso Wilson estimate: 32.683 Å2 / Rmerge F obs: 0.074 / Rmerge(I) obs: 0.076 / Rrim(I) all: 0.079 / Χ2: 0.996 / Net I/σ(I): 23.63 / Num. measured all: 367329
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
2-2.112.690.3030.5636.5248403391038150.58697.6
2.1-2.20.210.418.942646324531700.42697.7
2.2-2.40.1510.28511.7665065500549070.29698
2.4-2.60.1230.19514.9643466356335120.20498.6
2.6-2.70.0830.13819.3918075142414040.14398.6
2.7-2.80.0650.11622.316593124412300.12198.9
2.8-30.0490.08627.0226100198319560.0998.6
3-40.0290.04837.0361154506250330.0599.4
4-60.0150.02957.0432537266326550.0399.7
6-100.0140.02559.21103049299260.02799.7
100.0110.02267.6129862852830.02399.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation2.5 Å47.76 Å
Translation2.5 Å47.76 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0019精密化
XDSVERSION December 29, 2011データ削減
PHASER1.3.3位相決定
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEVERSION December 29, 2011データスケーリング
Coot0.7.2モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3toj

3toj


解像度: 2→47.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 8.107 / SU ML: 0.113 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.187 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2368 1445 5 %RANDOM
Rwork0.1997 27446 --
obs0.2015 28891 98.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 62.28 Å2 / Biso mean: 28.267 Å2 / Biso min: 12.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.25 Å20 Å20 Å2
2--0.25 Å20 Å2
3----1.5 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2→47.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3002 0 0 142 3144
Biso mean---33.98 -
残基数----384
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0213082
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1391.9334134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9135382
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.90224.73148
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.98915530
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.326158
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0850.2404
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.022384
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1850.21179
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.22020
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1130.2182
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1730.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1440.219
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6291.51938
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.06522988
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.63931302
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.4574.51146
LS精密化 シェル解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.26 104 -
Rwork0.212 1983 -
all-2087 -
obs--100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.9068-0.0821-0.12672.17230.05064.06530.04140.02950.02730.0119-0.03890.05750.005-0.0094-0.0025-0.1603-0.00690.0053-0.15260.0056-0.1254-2.1144-1.766510.58
22.2751-0.1164-0.15252.307-0.11523.76420.0217-0.0404-0.0265-0.0318-0.02280.0640.045-0.04040.0011-0.16060.0033-0.0079-0.15520.0011-0.131320.19111.9971-15.7642
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A86 - 275
2X-RAY DIFFRACTION2B86 - 279

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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