PDB-4xuh: PPARgamma ligand binding domain in complex with sulindac sulfide

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xuh

タイトル

PPARgamma ligand binding domain in complex with sulindac sulfide

要素

Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

キーワード

TRANSLATION / Nuclear receptor / PPARgamma / sulindac sulfide / NSAIDs

機能・相同性

機能・相同性情報

prostaglandin receptor activity / : / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / arachidonate binding ...prostaglandin receptor activity / : / negative regulation of receptor signaling pathway via STAT / MECP2 regulates transcription factors / negative regulation of vascular endothelial cell proliferation / negative regulation of extracellular matrix assembly / negative regulation of connective tissue replacement involved in inflammatory response wound healing / positive regulation of cholesterol transport / negative regulation of cellular response to transforming growth factor beta stimulus / arachidonate binding / positive regulation of adiponectin secretion / lipoprotein transport / DNA binding domain binding / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell apoptotic process / WW domain binding / positive regulation of fatty acid metabolic process / STAT family protein binding / response to lipid / negative regulation of SMAD protein signal transduction / negative regulation of type II interferon-mediated signaling pathway / LBD domain binding / negative regulation of cholesterol storage / lipid homeostasis / E-box binding / alpha-actinin binding / R-SMAD binding / negative regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / monocyte differentiation / negative regulation of blood vessel endothelial cell migration / white fat cell differentiation / negative regulation of macrophage derived foam cell differentiation / negative regulation of lipid storage / cellular response to low-density lipoprotein particle stimulus / positive regulation of cholesterol efflux / negative regulation of BMP signaling pathway / cell fate commitment / negative regulation of osteoblast differentiation / negative regulation of mitochondrial fission / positive regulation of fat cell differentiation / BMP signaling pathway / long-chain fatty acid transport / nuclear retinoid X receptor binding / Transcriptional regulation of brown and beige adipocyte differentiation by EBF2 / retinoic acid receptor signaling pathway / cell maturation / negative regulation of MAPK cascade / intracellular receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / positive regulation of adipose tissue development / response to nutrient / peroxisome proliferator activated receptor signaling pathway / epithelial cell differentiation / regulation of cellular response to insulin stimulus / peptide binding / negative regulation of miRNA transcription / negative regulation of angiogenesis / placenta development / Regulation of PTEN gene transcription / positive regulation of apoptotic signaling pathway / transcription coregulator binding / negative regulation of smooth muscle cell proliferation / SUMOylation of intracellular receptors / negative regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / mRNA transcription by RNA polymerase II / fatty acid metabolic process / PPARA activates gene expression / regulation of circadian rhythm / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Nuclear Receptor transcription pathway / lipid metabolic process / regulation of blood pressure / positive regulation of miRNA transcription / negative regulation of inflammatory response / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II transcription regulator complex / cellular response to insulin stimulus / nuclear receptor activity / rhythmic process / glucose homeostasis / MLL4 and MLL3 complexes regulate expression of PPARG target genes in adipogenesis and hepatic steatosis / double-stranded DNA binding / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cellular response to hypoxia / DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / nucleic acid binding / cell differentiation / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / receptor complex / transcription cis-regulatory region binding / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of gene expression / innate immune response / negative regulation of DNA-templated transcription / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.22 Å

データ登録者

Puhl, A.C. / Polikaporv, I. / Webb, P.

引用

ジャーナル: Nucl Recept Signal / 年: 2015
タイトル: Mechanisms of peroxisome proliferator activated receptor gamma regulation by non-steroidal anti-inflammatory drugs.
著者: Puhl, A.C. / Milton, F.A. / Cvoro, A. / Sieglaff, D.H. / Campos, J.C. / Bernardes, A. / Filgueira, C.S. / Lindemann, J.L. / Deng, T. / Neves, F.A. / Polikarpov, I. / Webb, P.

履歴

登録	2015年1月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年7月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xuh.cif.gz	226 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xuh.ent.gz	182.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xuh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xuh_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xuh_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	4xuh_validation.xml.gz	23.5 KB	表示
CIF形式データ	4xuh_validation.cif.gz	32.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/4xuh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xu/4xuh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xtaC 4xumC 3sz1S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6no8-d 6dgl-1 4xh6-d 1xr1-d 4alv-d 6r7k-d 4ema-1 1yxu-1 3f2a-d 2xix-d 6vzn-1 6dgq-1 5kgg-d 6o67-1 4n6z-d 5o13-d 5kgi-d 5v82-d 1yi3-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

ヘテロ分子

64.8 kDa, 2 ポリマー
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1

A: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Peroxisome proliferator-activated receptor gamma

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
32.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	91.770, 63.630, 119.650
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 102.38, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

#1: タンパク質	Peroxisome proliferator-activated receptor gamma / PPAR-gamma / Nuclear receptor subfamily 1 group C member 3 分子量: 31734.863 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 232-505 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PPARG, NR1C3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P37231
#2: 化合物	ChemComp-SFI / 2-[(3Z)-6-fluoranyl-2-methyl-3-[(4-methylsulfanylphenyl)methylidene]inden-1-yl]ethanoic acid / sulindac sulfide 分子量: 340.411 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₀H₁₇FO₂S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 184 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.24 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 25% (w/v) PEG 6000 and 0.1 M Tris-HCl pH 8.5.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.999 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.19→44.82 Å / Num. obs: 34907 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / B_iso Wilson estimate: 38.94 Å² / R_sym value: 0.066 / Net I/σ(I): 16.1
反射シェル	解像度: 2.19→2.31 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.53 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / R_sym value: 0.53 / % possible all: 100

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
SCALA		データスケーリング
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3SZ1

3sz1

解像度: 2.22→44.818 Å / SU ML: 0.3 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.93 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2304	1695	5.07 %
R_work	0.1865	-	-
obs	0.1888	33459	99.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.22→44.818 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4090	0	96	184	4370

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4301
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.872	5828
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.555	2592
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.04	671
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	732

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.22-2.2854	0.3689	146	0.3063	2598	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2854-2.3591	0.3058	126	0.2351	2667	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3591-2.4434	0.3113	135	0.2206	2636	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4434-2.5413	0.3067	144	0.2186	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5413-2.6569	0.2823	133	0.2201	2655	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6569-2.797	0.2727	135	0.2163	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
2.797-2.9722	0.2633	150	0.2176	2604	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9722-3.2016	0.2813	169	0.217	2615	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2016-3.5237	0.2526	137	0.1923	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5237-4.0332	0.1866	123	0.1627	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0332-5.0803	0.1904	124	0.1442	2693	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0803-44.8272	0.1812	173	0.1691	2700	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.3159	3.0411	-6.4207	2.5999	-0.2433	9.1097	-0.0457	0.0198	-0.3522	-0.068	-0.0599	-0.0347	0.232	-0.3943	0.0636	0.2642	0.0978	-0.0658	0.3377	0.0346	0.2862	0.723	-6.3652	13.9928
2	8.5946	2.8472	1.7486	4.0494	0.0642	6.4486	-0.5832	1.8042	-0.0539	-0.381	0.508	0.1923	-0.5234	0.4813	0.1034	0.7156	-0.0517	-0.0021	0.6908	-0.0737	0.3413	11.8099	4.749	-3.7481
3	8.8382	3.0523	1.4462	5.671	4.0723	7.5698	-0.2938	0.1692	0.6547	-1.2548	0.2696	-0.2461	-2.5205	1.2018	-0.0651	1.4065	-0.3317	0.0319	0.8022	0.0345	0.6366	18.7138	16.8817	1.7078
4	6.4563	7.5922	-6.522	8.7843	-6.8415	6.9621	-0.3439	0.5961	0.1893	-0.2191	0.4804	0.0427	-0.1869	-0.1061	-0.1877	0.4321	0.0364	-0.0374	0.4519	-0	0.2822	11.6637	8.8136	17.8212
5	2.309	1.0317	-1.1544	1.2129	-0.529	6.6824	-0.0524	0.0139	-0.1117	-0.0364	0.0336	-0.1804	-0.2251	0.7473	0.0346	0.368	0.1087	-0.017	0.4284	0.0032	0.3461	14.76	-1.3337	18.0646
6	4.0393	0.428	1.5293	5.0911	0.0676	0.4991	0.2114	-0.1947	-0.6514	0.7027	0.0926	-0.1652	1.9524	0.1947	-0.3342	0.6067	0.1655	0.0077	0.3714	0.0949	0.4365	5.1412	-16.8259	23.7837
7	8.2302	8.6161	1.1591	9.4987	1.7381	1.0592	0.1268	-0.371	-0.3687	0.1762	-0.1562	-0.6889	0.2091	0.5726	0.0401	0.4994	0.1965	-0.0398	0.6545	0.0371	0.4335	22.8033	-3.0051	21.4491
8	5.9805	6.0716	-0.3718	9.4218	0.5505	6.9007	0.3828	-0.2669	-0.2333	0.7158	-0.2129	-0.6335	-0.1324	0.5079	-0.1205	0.5576	0.0463	-0.0287	0.5607	-0.0353	0.4631	20.6667	12.0861	26.1491
9	3.7969	2.9763	2.4678	7.476	7.2347	9.0376	0.1425	-0.3141	-0.1742	0.6821	-0.2144	-0.0451	1.0551	-0.3594	-0.0328	0.4419	0.0009	0.0043	0.2874	0.079	0.3862	22.3879	-36.0404	34.3951
10	4.3105	-2.733	1.878	8.0996	4.1685	8.0493	-0.1297	-0.7843	0.1238	0.202	0.6579	-0.5188	0.1003	1.4025	-0.5375	0.6723	0.0271	-0.0071	0.8711	0.0791	0.3553	42.4848	-23.9004	52.0877
11	2.3076	0.3782	0.4638	1.7874	1.1782	4.522	-0.033	0.14	-0.1001	0.0345	0.0705	-0.0444	-0.1681	0.3702	-0.0485	0.3656	0.0774	0.0169	0.3427	0.0192	0.3334	34.6838	-26.2742	28.866
12	3.9778	1.3568	-0.4276	2.5656	0.5272	3.6028	0.0359	-0.846	0.1872	0.3071	-0.1543	0.0615	-0.3753	0.3054	0.0893	0.6415	0.0778	-0.0105	0.5152	0.0263	0.3269	33.721	-18.0616	47.8243
13	2.1881	0.281	-0.2603	2.1368	0.0934	3.0363	0.0303	0.0746	0.1562	-0.031	-0.1023	0.2857	-0.4219	-0.3003	0.0785	0.3419	0.1321	-0.01	0.3334	0.0307	0.3292	22.4143	-21.5309	28.9701
14	4.6181	-6.4269	2.9596	8.9845	-4.1091	2.8538	0.1956	0.933	0.5638	-0.0467	-0.5514	0.0982	0.1155	0.4701	0.2914	0.6567	-0.0524	0.1156	0.671	0.0306	0.6078	48.2949	-18.4047	30.1505

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 207 through 238 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 239 through 251 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 252 through 276 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 277 through 302 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 303 through 402 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 403 through 430 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 431 through 459 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 460 through 477 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 207 through 238 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 239 through 276 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 277 through 333 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 334 through 360 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 361 through 459 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 460 through 477 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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