PDB-4xts: Salmonella typhimurium AhpC T43A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xts

タイトル

Salmonella typhimurium AhpC T43A mutant

要素

Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

キーワード

OXIDOREDUCTASE / peroxiredoxin / FF / PrxI / conformation

機能・相同性

機能・相同性情報

NADH-dependent peroxiredoxin / NADH-dependent peroxiredoxin activity / cellular response to stress / thioredoxin peroxidase activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / response to oxidative stress / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.704 Å

データ登録者

Perkins, A. / Nelson, K. / Parsonage, D. / Poole, L. / Karplus, P.A.

引用

ジャーナル: Antioxid.Redox Signal. / 年: 2018
タイトル: Experimentally Dissecting the Origins of Peroxiredoxin Catalysis.
著者: Nelson, K.J. / Perkins, A. / Van Swearingen, A.E.D. / Hartman, S. / Brereton, A.E. / Parsonage, D. / Salsbury Jr., F.R. / Karplus, P.A. / Poole, L.B.

履歴

登録	2015年1月24日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年1月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年8月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.2	2023年9月27日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xts.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xts.ent.gz	1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xts.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xts_validation.pdf.gz	586.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xts_full_validation.pdf.gz	613.8 KB	表示
XML形式データ	4xts_validation.xml.gz	109.6 KB	表示
CIF形式データ	4xts_validation.cif.gz	149.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/4xts ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xt/4xts	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xraC 4xrdC 4xs1C 4xs4C 4xs6C 5ukaC 4ma9S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3emp-1 4xs1-1 5b8b-d 4xs6-1 5b8a-d 1yf1-3 1yf1-1 4l0u-d 4ql7-1 1we0-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

B: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

C: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

D: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

E: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

F: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

G: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

H: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

I: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

J: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

K: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

L: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

M: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

N: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

O: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

P: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

Q: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

R: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

S: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

T: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

ヘテロ分子

413 kDa, 20 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

B: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

C: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

D: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

E: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

F: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

G: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

H: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

I: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

J: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
207 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

K: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

L: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

M: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

N: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

O: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

P: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

Q: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

R: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

S: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

T: Alkyl hydroperoxide reductase subunit C

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
207 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.651, 109.454, 119.037
Angle α, β, γ (deg.)	93.33, 110.02, 114.00
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Alkyl hydroperoxide reductase subunit C / Alkyl hydroperoxide reductase protein C22 / Peroxiredoxin / Thioredoxin peroxidase 分子量: 20611.162 Da / 分子数: 20 / 変異: T43A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A251, peroxiredoxin
#2: 化合物	... ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 420 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.73 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M ammonium acetate, 25% polyethylene glycol 3350, and 0.1 M BIS-TRIS pH 6.5.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 5.0.1 / 波長: 0.97 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.7→89.5 Å / Num. obs: 118972 / % possible obs: 96.3 % / 冗長度: 3.6 % / Net I/σ(I): 5.2
反射シェル	解像度: 2.7→2.85 Å / 冗長度: 3.3 % / Mean I/σ(I) obs: 1 / % possible all: 92.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.9_1692)	精密化
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4MA9

4ma9

解像度: 2.704→63.511 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 27.25 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2446	11879	5 %	imported from 4ma9
R_work	0.1899	-	-	-
obs	0.1927	237767	95.75 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.704→63.511 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25377	0	27	420	25824

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.012	26026
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.655	35271
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.65	9322
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.084	3860
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.01	4605

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7037-2.7345	0.3765	327	0.3123	6000	X-RAY DIFFRACTION	76
2.7345-2.7666	0.3557	352	0.3154	7350	X-RAY DIFFRACTION	93
2.7666-2.8004	0.4118	386	0.3166	7296	X-RAY DIFFRACTION	93
2.8004-2.8358	0.3312	370	0.2969	7418	X-RAY DIFFRACTION	94
2.8358-2.8731	0.3417	390	0.295	7269	X-RAY DIFFRACTION	93
2.8731-2.9125	0.3613	368	0.3076	7416	X-RAY DIFFRACTION	94
2.9125-2.9541	0.3645	381	0.3053	7501	X-RAY DIFFRACTION	94
2.9541-2.9982	0.3734	422	0.2852	7339	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9982-3.0451	0.3447	392	0.2736	7609	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0451-3.095	0.3298	430	0.2606	7365	X-RAY DIFFRACTION	95
3.095-3.1483	0.3016	400	0.2554	7553	X-RAY DIFFRACTION	96
3.1483-3.2056	0.306	374	0.2552	7624	X-RAY DIFFRACTION	96
3.2056-3.2672	0.3214	406	0.254	7594	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2672-3.3339	0.3224	408	0.2477	7630	X-RAY DIFFRACTION	97
3.3339-3.4064	0.2859	422	0.2276	7602	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4064-3.4856	0.2851	403	0.2212	7664	X-RAY DIFFRACTION	97
3.4856-3.5728	0.2802	420	0.2042	7688	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5728-3.6694	0.2426	414	0.1986	7598	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6694-3.7774	0.2507	356	0.195	7796	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7774-3.8993	0.2369	458	0.1772	7616	X-RAY DIFFRACTION	98
3.8993-4.0386	0.2203	386	0.1633	7795	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0386-4.2003	0.1974	404	0.1471	7710	X-RAY DIFFRACTION	98
4.2003-4.3914	0.1826	410	0.1333	7683	X-RAY DIFFRACTION	98
4.3914-4.6229	0.1786	448	0.124	7636	X-RAY DIFFRACTION	98
4.6229-4.9124	0.1802	416	0.1172	7714	X-RAY DIFFRACTION	98
4.9124-5.2915	0.1732	402	0.124	7638	X-RAY DIFFRACTION	98
5.2915-5.8237	0.1855	406	0.1323	7714	X-RAY DIFFRACTION	98
5.8237-6.6656	0.1806	348	0.1397	7762	X-RAY DIFFRACTION	98
6.6656-8.3949	0.166	366	0.1238	7756	X-RAY DIFFRACTION	98
8.3949-63.5283	0.1577	414	0.1331	7552	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 116.9394 Å / Origin y: 6.7638 Å / Origin z: 59.3817 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2539 Å²	0.0004 Å²	-0.0156 Å²	-	0.2396 Å²	-0.0082 Å²	-	-	0.2871 Å²
L	0.1179 °²	-0.0375 °²	0.0136 °²	-	0.0346 °²	-0.0048 °²	-	-	0.0655 °²
S	0.0191 Å °	0.039 Å °	0.0005 Å °	-0.0081 Å °	-0.0285 Å °	0.0075 Å °	0.0038 Å °	0.0066 Å °	0.0071 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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