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- PDB-4xt8: Crystal structure of Rv2671 from Mycobacterium tuberculosis in co... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xt8
タイトルCrystal structure of Rv2671 from Mycobacterium tuberculosis in complex with NADP+ and trimetrexate
要素Rv2671
キーワードOXIDOREDUCTASE / trimetrexate / reductase / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC
機能・相同性
機能・相同性情報


5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase activity / riboflavin biosynthetic process / nucleotide binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Bacterial bifunctional deaminase-reductase, C-terminal / RibD C-terminal domain / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIMETREXATE / Bacterial bifunctional deaminase-reductase C-terminal domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Sacchettini, J.C. / Cheng, Y.S. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC)
資金援助 米国, 2件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)U19AI107774 米国
R. J. Wolfe-Welch FoundationA-0015 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2016
タイトル: Structural Insights into Mycobacterium tuberculosis Rv2671 Protein as a Dihydrofolate Reductase Functional Analogue Contributing to para-Aminosalicylic Acid Resistance.
著者: Cheng, Y.S. / Sacchettini, J.C.
履歴
登録2015年1月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年2月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年3月9日Group: Database references
改定 1.22017年9月27日Group: Author supporting evidence / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Rv2671
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2648
ポリマ－27,7211
非ポリマー1,5427
水1,51384
1
A: Rv2671
ヘテロ分子

A: Rv2671
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,52816
ポリマ－55,4432
非ポリマー3,08514
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z+1/21
Buried area12430 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area17790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)69.391, 93.612, 74.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-419-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Rv2671


分子量: 27721.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: ribD, Rv2671, RVBD_2671, LH57_14640, P425_02787 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P71968

-
非ポリマー , 6種, 91分子

#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-TMQ / TRIMETREXATE


分子量: 370.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H24N5O3 / コメント: 阻害剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M sodium chloride, 25% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.98011 Å
検出器タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年10月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98011 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 18001 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 25.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 2.972 / Net I/av σ(I): 54.129 / Net I/σ(I): 15.3 / Num. measured all: 155567
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.95-1.988.80.2888692.083100
1.98-2.028.90.2698951.999100
2.02-2.0690.2398862.298100
2.06-2.18.90.2128992.295100
2.1-2.158.90.1988782.534100
2.15-2.28.90.189032.56100
2.2-2.258.80.178812.604100
2.25-2.318.90.1628922.686100
2.31-2.388.80.1448772.8599.9
2.38-2.468.70.1258872.821100
2.46-2.548.70.1249073.01100
2.54-2.658.50.1158873.336100
2.65-2.778.60.1059103.418100
2.77-2.918.60.0938963.55499.9
2.91-3.18.50.0828953.54100
3.1-3.338.40.0779003.82999.9
3.33-3.678.20.0729164.06699.9
3.67-4.28.20.0649114.08499.8
4.2-5.298.50.0599363.70999.9
5.29-508.30.0479762.40899.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
SBC-Collectデータ収集
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2p4g

2p4g


解像度: 1.95→46.806 Å / FOM work R set: 0.839 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.48 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2214 919 5.11 %
Rwork0.1782 17053 -
obs0.1804 17972 99.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 80.46 Å2 / Biso mean: 26.51 Å2 / Biso min: 10.9 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→46.806 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1858 0 103 84 2045
Biso mean--28.07 31.22 -
残基数----246
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092020
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2992753
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07320
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005349
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.693746
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.9501-2.05290.26111260.180423922518
2.0529-2.18150.22431350.176523962531
2.1815-2.34990.27181100.180924382548
2.3499-2.58640.2531340.184323942528
2.5864-2.96060.24371410.189824372578
2.9606-3.72980.21551420.173524412583
3.7298-46.81950.19141310.174425552686

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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