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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xt8 | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of Rv2671 from Mycobacterium tuberculosis in complex with NADP+ and trimetrexate | |||||||||
![]() | Rv2671 | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / trimetrexate / reductase / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC | |||||||||
機能・相同性 | ![]() 5-amino-6-(5-phosphoribosylamino)uracil reductase activity / riboflavin biosynthetic process / nucleotide binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Sacchettini, J.C. / Cheng, Y.S. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural Insights into Mycobacterium tuberculosis Rv2671 Protein as a Dihydrofolate Reductase Functional Analogue Contributing to para-Aminosalicylic Acid Resistance. 著者: Cheng, Y.S. / Sacchettini, J.C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 68.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 47.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 27721.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: ribD, Rv2671, RVBD_2671, LH57_14640, P425_02787 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 91分子 ![](data/chem/img/NAP.gif)
![](data/chem/img/TMQ.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/TMQ.gif)
![](data/chem/img/PEG.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-NAP / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-TMQ / | ||||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / | #6: 化合物 | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2M sodium chloride, 25% PEG3350, 0.1M Bis-Tris pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: MAR scanner 300 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年10月20日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.98011 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 18001 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.6 % / Biso Wilson estimate: 25.95 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.08 / Χ2: 2.972 / Net I/av σ(I): 54.129 / Net I/σ(I): 15.3 / Num. measured all: 155567 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / Rejects: _
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2p4g 解像度: 1.95→46.806 Å / FOM work R set: 0.839 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.48 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 80.46 Å2 / Biso mean: 26.51 Å2 / Biso min: 10.9 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.95→46.806 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %
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