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- PDB-4xqj: Crystal structure of AgrA LytTR domain in complex with promoters -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xqj
タイトルCrystal structure of AgrA LytTR domain in complex with promoters
要素
  • Accessory gene regulator A
  • DNA (5'-D(*AP*AP*TP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*GP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*AP*CP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*AP*T)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / Protein-DNA complex / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / DNA binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
LytTr DNA-binding domain / : / LytTr DNA-binding domain / LytTr DNA-binding domain / LytTR DNA-binding domain / LytTR-type HTH domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...LytTr DNA-binding domain / : / LytTr DNA-binding domain / LytTr DNA-binding domain / LytTR DNA-binding domain / LytTR-type HTH domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHANOL / DNA / DNA (> 10) / Accessory gene regulator A
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Gopal, B. / Rajasree, K.
引用ジャーナル: Biochem Biophys Rep / 年: 2016
タイトル: Conformational features of theStaphylococcus aureusAgrA-promoter interactions rationalize quorum-sensing triggered gene expression.
著者: Rajasree, K. / Fasim, A. / Gopal, B.
履歴
登録2015年1月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Accessory gene regulator A
B: DNA (5'-D(P*AP*CP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*AP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*GP*T)-3')
D: Accessory gene regulator A
E: DNA (5'-D(P*AP*CP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*AP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,37531
ポリマ－39,0916
非ポリマー1,28425
水2,990166
1
A: Accessory gene regulator A
B: DNA (5'-D(P*AP*CP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*AP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,16215
ポリマ－19,5463
非ポリマー61712
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
D: Accessory gene regulator A
E: DNA (5'-D(P*AP*CP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*AP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*AP*TP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,21216
ポリマ－19,5463
非ポリマー66713
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)91.030, 92.870, 45.150
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.59, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21D
12C
22F

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALLYSLYSAA140 - 2361 - 97
21VALVALLYSLYSDD140 - 2361 - 97
12DADADTDTCC1 - 131 - 13
22DADADTDTFF1 - 131 - 13

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AD

#1: タンパク質 Accessory gene regulator A


分子量: 11910.455 Da / 分子数: 2 / 断片: LytTR domain (UNP RESIDUES 140-238) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain COL) (黄色ブドウ球菌)
株: COL / 遺伝子: agrA, SACOL2026 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q5HEG2

-
DNA鎖 , 2種, 4分子 BECF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*CP*AP*GP*TP*TP*AP*AP*GP*AP*AP*T)-3')


分子量: 3694.455 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*AP*TP*TP*CP*TP*TP*AP*AP*CP*TP*GP*T)-3')


分子量: 3940.595 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 4種, 191分子

#4: 化合物
ChemComp-EOH / ETHANOL


分子量: 46.068 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 166 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.05M Calcium chloride dihydrate 0.1M MES monohydrate pH 6.0 45% PEG 200

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.95372 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.95372 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→35.02 Å / Num. obs: 29281 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.4 % / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.9→2 Å / 冗長度: 4.4 % / Rmerge(I) obs: 0.662 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
SCALAデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BS1

3bs1


解像度: 1.9→35.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.959 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 3.731 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.14 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22475 1422 4.9 %RANDOM
Rwork0.18757 ---
obs0.18931 27856 99.97 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.663 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.68 Å2-0 Å21.48 Å2
2---0.58 Å2-0 Å2
3----1.47 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→35.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1645 999 80 166 2890
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0162858
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.022237
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3651.6124018
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.39635133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9995199
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.15823.4100
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.33515300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4661516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0890.2389
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022518
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02673
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3163.177790
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3023.173789
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.4564.738985
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.4554.742986
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.2754.4392068
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.2684.4392068
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.116.6273032
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.66137.96411858
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other8.6637.96411859
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A116000.1
12D116000.1
21C20660.09
22F20660.09
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.324 116 -
Rwork0.291 2054 -
obs--99.91 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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