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- PDB-4xq2: Ensemble refinement of cystathione gamma lyase (CalE6) D7G from M... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xq2
タイトルEnsemble refinement of cystathione gamma lyase (CalE6) D7G from Micromonospora echinospora
要素CalE6
キーワードLYASE / NATURAL PRODUCT BIOSYNTHESIS / NATPRO / Structural Genomics / PSI-Biology / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


carbon-sulfur lyase activity / homocysteine desulfhydrase / transsulfuration / pyridoxal phosphate binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex ...Cys/Met metabolism, pyridoxal phosphate-dependent enzyme / Cys/Met metabolism PLP-dependent enzyme / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase, domain 1 / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, small domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / Alpha-Beta Complex / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FORMIC ACID / homocysteine desulfhydrase
類似検索 - 構成要素
生物種Micromonospora echinospora (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wang, F. / Yennamalli, R.M. / Singh, S. / Tan, K. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N. / Enzyme Discovery for Natural Product Biosynthesis (NatPro)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of cystathione gamma lyase (CalE6) from Micromonospora echinospora
著者: Yennamalli, R.M. / Tan, K. / Wang, F. / Bigelow, L. / Jedrzejczak, R. / Babnigg, G. / Bingman, C.A. / Joachimiak, A. / Kharel, M.K. / Singh, S. / Thorson, J.S. / Phillips Jr., G.N.
履歴
登録2015年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02025年4月2日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / entity_src_gen / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_oper_list / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_symm_contact
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight ..._chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CalE6
B: CalE6
C: CalE6
D: CalE6
E: CalE6
F: CalE6
G: CalE6
H: CalE6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)335,20059
ポリマ－330,4968
非ポリマー4,70451
水26,1761453
1
A: CalE6
B: CalE6
C: CalE6
D: CalE6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,61230
ポリマ－165,2484
非ポリマー2,36426
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24400 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area46790 Å2
手法PISA
2
E: CalE6
F: CalE6
G: CalE6
H: CalE6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,58829
ポリマ－165,2484
非ポリマー2,34025
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area24190 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area46570 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)146.855, 146.981, 349.905
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
モデル数10

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
CalE6


分子量: 41312.000 Da / 分子数: 8 / 変異: D7G / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micromonospora echinospora (バクテリア)
遺伝子: calE6 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8KNG3

-
非ポリマー , 5種, 1504分子

#2: 化合物
ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#3: 化合物...
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 28 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1453 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.13 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES, 12%(w/v)20,000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→33.97 Å / Num. obs: 219087 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.14 / Net I/σ(I): 12.23
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 7.3 % / Rmerge(I) obs: 0.72 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 10831 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(PHENIX.ENSEMBLE_REFINEMENT: DEV_1839)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
HKL-3000位相決定
精密化解像度: 2.1→33.97 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.14
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.183 11002 5.02 %Random selection
Rwork0.143 ---
obs0.145 219086 100 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→33.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22606 0 285 1453 24344
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.342
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.28
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0993-2.12320.24374050.17666773X-RAY DIFFRACTION99
2.1232-2.14820.22723500.17646818X-RAY DIFFRACTION100
2.1482-2.17440.22413850.16976872X-RAY DIFFRACTION100
2.1744-2.20190.22153360.1596966X-RAY DIFFRACTION100
2.2019-2.23080.21363620.15686854X-RAY DIFFRACTION100
2.2308-2.26140.21573350.15676967X-RAY DIFFRACTION100
2.2614-2.29370.20273870.15766851X-RAY DIFFRACTION100
2.2937-2.32790.21193790.15376856X-RAY DIFFRACTION100
2.3279-2.36430.20953830.14996944X-RAY DIFFRACTION100
2.3643-2.4030.22123650.15066855X-RAY DIFFRACTION100
2.403-2.44450.20653950.14446880X-RAY DIFFRACTION100
2.4445-2.48890.20864000.14346863X-RAY DIFFRACTION100
2.4889-2.53680.20463630.14516925X-RAY DIFFRACTION100
2.5368-2.58850.19173370.13556857X-RAY DIFFRACTION100
2.5885-2.64480.19273480.13366981X-RAY DIFFRACTION100
2.6448-2.70630.20673840.13956857X-RAY DIFFRACTION100
2.7063-2.77390.19433560.13926963X-RAY DIFFRACTION100
2.7739-2.84890.19873620.14336888X-RAY DIFFRACTION100
2.8489-2.93270.19363530.14756972X-RAY DIFFRACTION100
2.9327-3.02730.19633520.14816941X-RAY DIFFRACTION100
3.0273-3.13540.18383530.14886969X-RAY DIFFRACTION100
3.1354-3.26090.17623740.14076920X-RAY DIFFRACTION100
3.2609-3.40910.17183160.1396980X-RAY DIFFRACTION100
3.4091-3.58870.17933890.13796963X-RAY DIFFRACTION100
3.5887-3.81330.16163540.13946947X-RAY DIFFRACTION100
3.8133-4.10720.15263750.13297002X-RAY DIFFRACTION100
4.1072-4.51970.14923980.12566997X-RAY DIFFRACTION100
4.5197-5.17170.14363660.12767023X-RAY DIFFRACTION100
5.1717-6.50830.18913520.15367107X-RAY DIFFRACTION100
6.5083-33.97430.15683880.14027293X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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