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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xpu | |||||||||
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タイトル | The crystal structure of EndoV from E.coli | |||||||||
要素 | Endonuclease V | |||||||||
キーワード | HYDROLASE / endonuclease V / inosine / DNA repair / RNA cleavage | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 deoxyribonuclease V / deoxyribonuclease V activity / DNA repair / magnesium ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Escherichia coli O45:K1 (大腸菌) | |||||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å | |||||||||
データ登録者 | Xie, W. / Zhang, Z. | |||||||||
資金援助 | 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015 タイトル: Crystal structure of E. coli endonuclease V, an essential enzyme for deamination repair 著者: Zhang, Z. / Jia, Q. / Zhou, C. / Xie, W. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4xpu.cif.gz | 95.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4xpu.ent.gz | 72.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4xpu.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4xpu_validation.pdf.gz | 439.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4xpu_full_validation.pdf.gz | 446.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4xpu_validation.xml.gz | 18.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4xpu_validation.cif.gz | 25.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/4xpu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/4xpu | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4nspS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 208 / Label seq-ID: 4 - 211
NCS oper:
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23917.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Escherichia coli O45:K1 (strain S88 / ExPEC) (大腸菌) 株: S88 / ExPEC / 遺伝子: nfi, ECS88_4459 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MIY4, deoxyribonuclease V #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.72 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 26% PEG 3350, 0.05M sodium fluoride, 0.1M MES pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 180 K / Ambient temp details: native |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月1日 / 詳細: Onyx |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→62.2 Å / Num. obs: 17499 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Net I/σ(I): 9.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.669 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4NSP 解像度: 2.4→62.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 9.83 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.49 / ESU R Free: 0.281 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.212 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.4→62.19 Å
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拘束条件 |
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