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- PDB-4xpu: The crystal structure of EndoV from E.coli -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xpu
タイトルThe crystal structure of EndoV from E.coli
要素Endonuclease V
キーワードHYDROLASE / endonuclease V / inosine / DNA repair / RNA cleavage
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxyribonuclease V / deoxyribonuclease V activity / RNA endonuclease activity producing 5'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / single-stranded RNA binding / DNA repair / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Endonuclease V / Endonuclease V / archaeoglobus fulgidus dsm 4304 fold / archaeoglobus fulgidus dsm 4304 superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Escherichia coli O45:K1 (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Xie, W. / Zhang, Z.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Sciences Foundation of China31100579 中国
Guangdong Innovative Research Team Program2011Y038 中国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Crystal structure of E. coli endonuclease V, an essential enzyme for deamination repair
著者: Zhang, Z. / Jia, Q. / Zhou, C. / Xie, W.
履歴
登録2015年1月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年9月2日Group: Data collection
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endonuclease V
B: Endonuclease V


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,8352
ポリマ－47,8352
非ポリマー00
水1,982110
1
A: Endonuclease V


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9181
ポリマ－23,9181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Endonuclease V


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9181
ポリマ－23,9181
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.892, 84.783, 91.507
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 1 - 208 / Label seq-ID: 4 - 211

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(0.577404, -0.477791, -0.662058), (-0.780248, -0.0841, -0.61979), (0.240451, 0.874439, -0.421355)74.63783, 114.93846, -88.11996

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要素

#1: タンパク質 Endonuclease V / Deoxyinosine 3'endonuclease / Deoxyribonuclease V / DNase V


分子量: 23917.693 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O45:K1 (strain S88 / ExPEC) (大腸菌)
株: S88 / ExPEC / 遺伝子: nfi, ECS88_4459 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MIY4, deoxyribonuclease V
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.72 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 26% PEG 3350, 0.05M sodium fluoride, 0.1M MES pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 180 K / Ambient temp details: native
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: OXFORD DIFFRACTION ENHANCE ULTRA / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月1日 / 詳細: Onyx
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→62.2 Å / Num. obs: 17499 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.157 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.669 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
CrysalisProデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NSP

4nsp


解像度: 2.4→62.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.938 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 9.83 / SU ML: 0.216 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.49 / ESU R Free: 0.281 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25512 887 5.1 %RANDOM
Rwork0.19484 16581 --
obs0.19791 16581 99.23 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 27.212 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.54 Å20 Å20 Å2
2---0.42 Å20 Å2
3---0.95 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.4→62.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3242 0 0 110 3352
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0193322
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0170.023245
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6661.9784512
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89537466
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3935416
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.42722.388134
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.20315554
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.031530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2500
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213694
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02736
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6262.5771670
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.6242.5761669
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6633.8592084
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.6623.8612085
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9482.8241652
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9482.8241652
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.2424.1282429
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.4920.7393726
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.43420.7183710
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Ens-ID: 1 / 数: 3229 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Auth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
Amedium positional0.480.5
Bmedium thermal3.672
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.462 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.369 66 -
Rwork0.271 1201 -
obs--99.84 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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