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万見
- PDB-4xmt: Crystal Structure of Met260Ala mutant of E. coli Aminopeptidase N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xmt
タイトルCrystal Structure of Met260Ala mutant of E. coli Aminopeptidase N in complex with L-2,3-Diaminopropionic acid
要素Aminopeptidase N
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane alanyl aminopeptidase / aminopeptidase activity / metallopeptidase activity / proteolysis / zinc ion binding / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, C-terminal domain / Aminopeptidase N, middle-beta domain / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, Ig-like fold / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, C-terminal domain superfamily / Alanyl aminopeptidase, Ig-like domain superfamily / Domain of unknown function (DUF3458) Ig-like fold / Domain of unknown function (DUF3458_C) ARM repeats / Zincin-like fold ...Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, C-terminal domain / Aminopeptidase N, middle-beta domain / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, C-terminal / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, Ig-like fold / Peptidase M1, alanyl aminopeptidase, C-terminal domain superfamily / Alanyl aminopeptidase, Ig-like domain superfamily / Domain of unknown function (DUF3458) Ig-like fold / Domain of unknown function (DUF3458_C) ARM repeats / Zincin-like fold / Zincin-like - #30 / Zincin-like / tricorn interacting facor f3 domain / Peptidase M1, alanine aminopeptidase/leukotriene A4 hydrolase / Peptidase M1, membrane alanine aminopeptidase / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain / Peptidase family M1 domain / Peptidase M1 N-terminal domain / Aminopeptidase N-like , N-terminal domain superfamliy / Neutral Protease Domain 2 / Neutral Protease; domain 2 / Peptidase M4/M1, CTD superfamily / Neutral zinc metallopeptidases, zinc-binding region signature. / Alpha Horseshoe / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIAMINOPROPANOIC ACID / MALONATE ION / Aminopeptidase N
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli K-12 (大腸菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Addlagatta, A. / Gumpena, R.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Met260Ala mutant of E. coli Aminopeptidase N in complex with L-2,3-Diaminopropionic acid
著者: Addlagatta, A. / Gumpena, R.
履歴
登録2015年1月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年3月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aminopeptidase N
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,86920
ポリマ－98,6081
非ポリマー1,26119
水19,9071105
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area33150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.473, 120.473, 170.620
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1525-

HOH

21A-1613-

HOH

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要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Aminopeptidase N / Alpha-aminoacylpeptide hydrolase


分子量: 98608.094 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 4-870 / 変異: M260A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: pepN, b0932, JW0915 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04825, membrane alanyl aminopeptidase

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非ポリマー , 6種, 1124分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-DPP / DIAMINOPROPANOIC ACID / (S)-2,3-ジアミノプロピオン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 104.108 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8N2O2
#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1105 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.92 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: Sodium malonate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年2月14日
放射モノクロメーター: Cu / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→23 Å / Num. obs: 92337 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 5 % / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 5.2
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 4.8 % / Mean I/σ(I) obs: 5.69 / % possible all: 93.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2HPO

2hpo


解像度: 2→21.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.285 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.103 / ESU R Free: 0.108 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16945 4587 5 %RANDOM
Rwork0.12814 ---
obs0.13016 87490 94.78 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.622 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→21.14 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6946 0 76 1105 8127
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.0197294
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026865
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0151.9569927
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.935315781
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1925911
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.324.286378
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.131151225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4841555
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.21101
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0218387
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021740
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9732.0913516
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9692.0913515
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.4953.1174403
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.4953.1174404
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.852.5223778
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8382.523776
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.6373.6155501
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.55219.2119352
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.21718.0768736
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.211 333 -
Rwork0.166 6246 -
obs--93.11 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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