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- PDB-4xl4: Crystal structure of thiolase from Clostridium acetobutylicum in ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xl4
タイトルCrystal structure of thiolase from Clostridium acetobutylicum in complex with CoA
要素Acetyl-CoA acetyltransferase
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylornithine carbamoyltransferase activity / acetyl-CoA C-acetyltransferase / acetyl-CoA C-acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase ...Thiolase, acyl-enzyme intermediate active site / Thiolases acyl-enzyme intermediate signature. / Thiolase, conserved site / Thiolases signature 2. / Thiolase, C-terminal / Thiolase, C-terminal domain / Thiolase / Thiolase, N-terminal / Thiolase, N-terminal domain / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / acetyl-CoA C-acetyltransferase / :
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium acetobutylicum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kim, S. / Ha, S.C. / Ahn, J.W. / Kim, E.J. / Lim, J.H. / Kim, K.J.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2015
タイトル: Redox-switch regulatory mechanism of thiolase from Clostridium acetobutylicum
著者: Kim, S. / Jang, Y.S. / Ha, S.C. / Ahn, J.W. / Kim, E.J. / Hong Lim, J. / Cho, C. / Shin Ryu, Y. / Kuk Lee, S. / Lee, S.Y. / Kim, K.J.
履歴
登録2015年1月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
置き換え2015年10月7日ID: 4N46
改定 1.02015年10月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月14日Group: Derived calculations
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetyl-CoA acetyltransferase
B: Acetyl-CoA acetyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,87111
ポリマ－84,6912
非ポリマー2,1809
水11,458636
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7230 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area29540 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)204.307, 54.171, 73.112
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
詳細biological unit is the same as asym.

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要素

#1: タンパク質 Acetyl-CoA acetyltransferase


分子量: 42345.496 Da / 分子数: 2 / 変異: C378S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium acetobutylicum (strain EA 2018) (バクテリア)
株: EA 2018 / 遺伝子: CEA_G2880 / プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834
参照: UniProt: F0K5D8, UniProt: A0A0R4I970*PLUS, acetyl-CoA C-acetyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 636 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.81 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.2 / 詳細: PEG 3350, K-citrate, NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月23日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 65291 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 33.1
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 6 % / Rmerge(I) obs: 0.282 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Rejects: 0 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4N45

4n45


解像度: 1.9→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / WRfactor Rfree: 0.1776 / WRfactor Rwork: 0.1383 / FOM work R set: 0.9105 / SU B: 2.525 / SU ML: 0.075 / SU R Cruickshank DPI: 0.1177 / SU Rfree: 0.1155 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.119 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1826 3291 5.1 %RANDOM
Rwork0.142 61614 --
obs0.1441 61614 99.41 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 102.3 Å2 / Biso mean: 24.167 Å2 / Biso min: 10.98 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.73 Å20 Å2-0 Å2
2--0.5 Å2-0 Å2
3---0.23 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5784 0 138 636 6558
Biso mean--37.9 33.59 -
残基数----784
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0196040
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.025970
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8861.9928160
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.899313767
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.3035790
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.48225.625224
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.872151049
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.3321524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1210.2933
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.026822
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021228
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.942.0433154
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.942.0423153
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6973.0533946
LS精密化 シェル解像度: 1.897→1.946 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 230 -
Rwork0.172 4384 -
all-4614 -
obs--97.47 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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