PDB-4xjc: dCTP deaminase-dUTPase from Bacillus halodurans

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xjc

タイトル

dCTP deaminase-dUTPase from Bacillus halodurans

要素

Deoxycytidine triphosphate deaminase

キーワード

HYDROLASE / bifunctional / TTP binding / complex

機能・相同性

機能・相同性情報

dCTP deaminase (dUMP-forming) / dCTP deaminase (dUMP-forming) activity / dUTP biosynthetic process / dCTP deaminase activity / dUMP biosynthetic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus halodurans C-125 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Oehlenschlaeger, C. / Loevgreen, M. / Willemoes, M. / Harris, P.

引用

ジャーナル: Appl.Environ.Microbiol. / 年: 2015
タイトル: Bacillus halodurans Strain C125 Encodes and Synthesizes Enzymes from Both Known Pathways To Form dUMP Directly from Cytosine Deoxyribonucleotides.
著者: Oehlenschlger, C.B. / Lvgreen, M.N. / Reinauer, E. / Lehtinen, E. / Pind, M.L. / Harris, P. / Martinussen, J. / Willemoes, M.

履歴

登録	2015年1月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年3月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年5月6日	Group: Database references
改定 1.2	2018年1月17日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xjc.cif.gz	433.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xjc.ent.gz	356.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xjc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/4xjc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/4xjc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	2qxxS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2qxx-2 6mge-d 2qxx-1 5kc6-d 1kd7-2 6fib-d 4cbc-1 4zch-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (3) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Deoxycytidine triphosphate deaminase

C: Deoxycytidine triphosphate deaminase

E: Deoxycytidine triphosphate deaminase

B: Deoxycytidine triphosphate deaminase

D: Deoxycytidine triphosphate deaminase

F: Deoxycytidine triphosphate deaminase

ヘテロ分子

123 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Deoxycytidine triphosphate deaminase

C: Deoxycytidine triphosphate deaminase

E: Deoxycytidine triphosphate deaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Deoxycytidine triphosphate deaminase

D: Deoxycytidine triphosphate deaminase

F: Deoxycytidine triphosphate deaminase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
61.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.720, 55.630, 95.600
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.36, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: MET / Beg label comp-ID: MET / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	PHE	PHE	A	A	1 - 177	1 - 177
2	1	PHE	PHE	C	B	1 - 177	1 - 177
1	2	PHE	PHE	A	A	1 - 177	1 - 177
2	2	PHE	PHE	E	C	1 - 177	1 - 177
1	3	PHE	PHE	A	A	1 - 177	1 - 177
2	3	PHE	PHE	B	D	1 - 177	1 - 177
1	4	PHE	PHE	A	A	1 - 177	1 - 177
2	4	PHE	PHE	D	E	1 - 177	1 - 177
1	5	LYS	LYS	A	A	1 - 174	1 - 174
2	5	LYS	LYS	F	F	1 - 174	1 - 174
1	6	PHE	PHE	C	B	1 - 177	1 - 177
2	6	PHE	PHE	E	C	1 - 177	1 - 177
1	7	PHE	PHE	C	B	1 - 177	1 - 177
2	7	PHE	PHE	B	D	1 - 177	1 - 177
1	8	PHE	PHE	C	B	1 - 177	1 - 177
2	8	PHE	PHE	D	E	1 - 177	1 - 177
1	9	LYS	LYS	C	B	1 - 174	1 - 174
2	9	LYS	LYS	F	F	1 - 174	1 - 174
1	10	PHE	PHE	E	C	1 - 177	1 - 177
2	10	PHE	PHE	B	D	1 - 177	1 - 177
1	11	PHE	PHE	E	C	1 - 177	1 - 177
2	11	PHE	PHE	D	E	1 - 177	1 - 177
1	12	LYS	LYS	E	C	1 - 174	1 - 174
2	12	LYS	LYS	F	F	1 - 174	1 - 174
1	13	PHE	PHE	B	D	1 - 177	1 - 177
2	13	PHE	PHE	D	E	1 - 177	1 - 177
1	14	LYS	LYS	B	D	1 - 174	1 - 174
2	14	LYS	LYS	F	F	1 - 174	1 - 174
1	15	LYS	LYS	D	E	1 - 174	1 - 174
2	15	LYS	LYS	F	F	1 - 174	1 - 174

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

#1: タンパク質	Deoxycytidine triphosphate deaminase / dCTP deaminase 分子量: 19916.785 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus halodurans C-125 (バクテリア) 遺伝子: dcd, BH0368 / 発現宿主: Bacillus halodurans C-125 (バクテリア) / 参照: UniProt: Q9KFV3, dCTP deaminase
#2: 化合物	ChemComp-TTP / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dTTP 分子量: 482.168 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₇N₂O₁₄P₃
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.35 %
結晶化	温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 200 mM lithium citrate, 20% PEG4000 / PH範囲: 6.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-2 / 波長: 1.03796 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2010年9月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→95 Å / Num. obs: 40236 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.27 % / R_merge(I) obs: 0.164 / Net I/σ(I): 8.87
反射シェル	解像度: 2.35→2.64 Å / R_merge(I) obs: 0.761

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2QXX

2qxx

解像度: 2.35→94.81 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.929 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 19.354 / SU ML: 0.239 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.915 / ESU R Free: 0.282 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24385	2013	5 %	RANDOM
R_work	0.20716	-	-	-
obs	0.20901	38223	98.84 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.59 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.97 Å²	0 Å²	1.29 Å²
2-	-	-2.73 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.42 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→94.81 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8359	0	187	353	8899

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.019	8729
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.008	0.02	8366
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.625	2.001	11895
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.41	3	19301
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.392	5	1047
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	35.572	24.075	373
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.566	15	1483
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.014	15	54
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.081	0.2	1360
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	9546
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	1888
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.192	1.507	4209
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.191	1.507	4208
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.981	2.254	5249
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.981	2.254	5250
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.611	1.764	4520
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.61	1.764	4520
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.595	2.576	6647
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.181	13.219	9826
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.145	13.103	9744
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	10691	0.08
1	2	C	10691	0.08
2	1	A	10575	0.09
2	2	E	10575	0.09
3	1	A	10683	0.07
3	2	B	10683	0.07
4	1	A	10584	0.09
4	2	D	10584	0.09
5	1	A	10225	0.08
5	2	F	10225	0.08
6	1	C	10567	0.09
6	2	E	10567	0.09
7	1	C	10538	0.09
7	2	B	10538	0.09
8	1	C	10657	0.1
8	2	D	10657	0.1
9	1	C	10222	0.09
9	2	F	10222	0.09
10	1	E	10710	0.08
10	2	B	10710	0.08
11	1	E	10551	0.09
11	2	D	10551	0.09
12	1	E	10385	0.07
12	2	F	10385	0.07
13	1	B	10659	0.08
13	2	D	10659	0.08
14	1	B	10297	0.07
14	2	F	10297	0.07
15	1	D	10345	0.08
15	2	F	10345	0.08

LS精密化シェル

解像度: 2.35→2.411 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.343	157	-
R_work	0.324	2624	-
obs	-	-	93.42 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5485	-0.0686	-0.3223	0.8308	0.0481	1.4688	-0.0841	-0.148	-0.0483	-0.0236	0.028	-0.0499	0.2224	0.2491	0.0561	0.0578	0.0689	0.0313	0.3062	0.0146	0.0269	32.674	-9.575	18.062
2	1.4419	-0.1611	-0.4006	0.8812	-0.3585	1.3157	0.0646	-0.0869	0.2699	-0.0146	0.0187	-0.0386	-0.0938	0.1669	-0.0833	0.029	-0.0188	0.0353	0.2583	-0.0487	0.0786	27.881	12.81	18.057
3	1.2658	-0.497	-0.2404	1.2379	0.0393	1.4527	-0.0221	-0.0408	0.0195	-0.0153	0.0475	0.1119	0.0878	-0.099	-0.0254	0.0213	-0.0001	0.0138	0.2648	0.0216	0.035	11.029	-2.72	20.914
4	0.8908	0.0241	-0.2179	0.8027	0.082	2.7346	-0.0552	0.0445	-0.1089	0.0476	-0.0167	0.0369	0.2394	-0.0105	0.0719	0.0421	0.0087	0.0277	0.2154	-0.0098	0.03	26.779	-16.825	-23.785
5	1.6177	-0.2819	-1.4514	1.5422	0.3855	2.5075	0.2335	0.3574	0.2211	0.038	-0.1492	0.0991	-0.3273	-0.6276	-0.0843	0.0518	0.0831	0.0214	0.4551	-0.0079	0.1044	8.612	-3.313	-27.467
6	0.9185	0.0484	-0.6839	0.9168	0.4054	2.4201	0.2195	0.0549	0.185	-0.0076	-0.0318	0.0722	-0.6298	0.0643	-0.1877	0.1785	-0.012	0.0668	0.2504	0.0074	0.0474	30.437	4.812	-29.416

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 177
2	X-RAY DIFFRACTION	2	C	1 - 177
3	X-RAY DIFFRACTION	3	E	1 - 177
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	1 - 177
5	X-RAY DIFFRACTION	5	D	1 - 177
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	1 - 174

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)