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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xij
タイトルCrystal Structure of a Shikimate 5-dehydrogenase from Mycobacterium fortuitum Determined by Iodide SAD Phasing
要素Shikimate 5-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / SSGCID / Mycobacterium fortuitum / Shikimate 5-dehydrogenase / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


shikimate dehydrogenase (NADP+) / shikimate 3-dehydrogenase (NADP+) activity / shikimate metabolic process / chorismate biosynthetic process / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Shikimate dehydrogenase, AroM-type / Shikimate dehydrogenase family / SDH, C-terminal / Shikimate 5'-dehydrogenase C-terminal domain / Shikimate dehydrogenase substrate binding, N-terminal / Shikimate dehydrogenase substrate binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily ...Shikimate dehydrogenase, AroM-type / Shikimate dehydrogenase family / SDH, C-terminal / Shikimate 5'-dehydrogenase C-terminal domain / Shikimate dehydrogenase substrate binding, N-terminal / Shikimate dehydrogenase substrate binding domain / Leucine Dehydrogenase, chain A, domain 1 / Aminoacid dehydrogenase-like, N-terminal domain superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Shikimate 5-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium fortuitum subsp. fortuitum DSM 46621 (バクテリア)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of a Shikimate 5-dehydrogenase from Mycobacterium fortuitum Determined by Iodide SAD Phasing
著者: SSGCID / Dranow, D.M. / Abendroth, J. / Fairman, J.W. / Lorimer, D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2015年1月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年2月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Shikimate 5-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9628
ポリマ－28,3911
非ポリマー5707
水7,584421
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area11990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.860, 93.860, 53.080
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number170
Space group name H-MP65
詳細biological unit is a monomer

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要素

#1: タンパク質 Shikimate 5-dehydrogenase


分子量: 28391.168 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium fortuitum subsp. fortuitum DSM 46621 (バクテリア)
遺伝子: aroE, MFORT_30634 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: K0V1M6, shikimate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 421 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.38 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.26 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: at 47.4mg/ml, mixed 1:1 with MCSG1(e1): 0.1M HEPES: NaOH, pH=7.5, 2M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2015年1月2日
放射モノクロメーター: Rigaku Varimax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
Reflection数: 184794 / Rmerge(I) obs: 0.041 / Χ2: 2.5 / D res high: 2 Å / Num. obs: 35184 / % possible obs: 99.5
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)Num. obsIDRmerge(I) obs
6.328.9472110.033
5.166.3294910.035
4.475.16109410.033
44.47127110.032
3.654139910.033
3.383.65149710.034
3.163.38160410.034
2.983.16175310.038
2.832.98182510.042
2.72.83192310.045
2.582.7201810.047
2.482.58208910.049
2.392.48220010.05
2.312.39223210.056
2.242.31231610.064
2.172.24244510.066
2.112.17242610.068
2.052.11258810.073
22.05244410.074
反射解像度: 1.45→50 Å / Num. obs: 46557 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 11.61 Å2 / Rmerge F obs: 1 / Rmerge(I) obs: 0.038 / Rrim(I) all: 0.04 / Χ2: 0.956 / Net I/σ(I): 34.12 / Num. measured all: 436211
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.45-1.492.60.7370.4572.167632348429740.54885.4
1.49-1.530.8430.4123.4113949341532800.46896
1.53-1.570.8860.3414.515051328232040.38597.6
1.57-1.620.9220.286.1617631321331930.3199.4
1.62-1.670.9660.2348.9322350311731150.25399.9
1.67-1.730.9860.18111.425442301130110.193100
1.73-1.80.9920.14614.1925928291929190.155100
1.8-1.870.9950.1216.5325923277627760.127100
1.87-1.960.9970.09522.4426278271326950.199.3
1.96-2.050.9980.06930.3326145255025490.072100
2.05-2.160.9990.05637.3526010243624360.059100
2.16-2.290.9990.05443.9324976233023070.05699
2.29-2.450.9990.04252.2224779217021680.04499.9
2.45-2.6510.03660.8724189203120310.037100
2.65-2.910.03168.9823714187418740.033100
2.9-3.2410.02685.7323380169216920.027100
3.24-3.7410.024105.6923559150115010.025100
3.74-4.5910.021135.2425695126712660.02299.9
4.59-6.4810.022135.8222084100210020.022100

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
ARPモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.45→40.643 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.63 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1768 2310 4.96 %
Rwork0.1372 44244 -
obs0.1393 46554 98.32 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 53.16 Å2 / Biso mean: 16.112 Å2 / Biso min: 6.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→40.643 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1925 0 32 423 2380
Biso mean--36.4 29.59 -
残基数----268
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0152097
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5892883
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078332
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009383
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.069770
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.4499-1.47950.26491120.2092216232883
1.4795-1.51170.29061490.20272475262495
1.5117-1.54690.19741110.16212592270397
1.5469-1.58560.20521370.14862565270298
1.5856-1.62840.19341350.135326182753100
1.6284-1.67640.21081140.122326672781100
1.6764-1.73050.17061350.114726262761100
1.7305-1.79230.151370.116926332770100
1.7923-1.86410.18961150.129626722787100
1.8641-1.94890.20451410.13922602274399
1.9489-2.05170.17691640.119926282792100
2.0517-2.18020.1751540.123226272781100
2.1802-2.34850.16441470.13572626277399
2.3485-2.58480.18371340.132226312765100
2.5848-2.95880.18611090.145427032812100
2.9588-3.72730.14561580.13326602818100
3.7273-40.65850.16551580.143327032861100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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