PDB-4xi0: MamA 41-end from Desulfovibrio magneticus RS-1

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xi0

タイトル

MamA 41-end from Desulfovibrio magneticus RS-1

要素

Magnetosome protein MamA

キーワード

PROTEIN BINDING / Magnetosome associated protein / protein-protein interaction / TPR motif

機能・相同性

機能・相同性情報

: / Tetratricopeptide repeat 2 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide repeat domain / TPR repeat region circular profile. / TPR repeat profile. / Tetratricopeptide repeats / Tetratricopeptide repeat / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat ...
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Desulfovibrio magneticus RS-1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.88 Å

データ登録者

Zarivach, R. / Zeytuni, N. / Cronin, S. / Davidov, G. / Baran, D. / Stein, T.

引用

ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: MamA as a Model Protein for Structure-Based Insight into the Evolutionary Origins of Magnetotactic Bacteria.
著者: Zeytuni, N. / Cronin, S. / Lefevre, C.T. / Arnoux, P. / Baran, D. / Shtein, Z. / Davidov, G. / Zarivach, R.

履歴

登録	2015年1月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年8月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xi0.cif.gz	427.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xi0.ent.gz	358.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xi0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4xi0_validation.pdf.gz	472.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4xi0_full_validation.pdf.gz	491.4 KB	表示
XML形式データ	4xi0_validation.xml.gz	37.2 KB	表示
CIF形式データ	4xi0_validation.cif.gz	50.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/4xi0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/4xi0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3as5S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3zzs-1 3zzs-3 2zcz-2 2ext-1 2exs-1 3zzs-2 3syy-1 3sz5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (4) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (4) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Magnetosome protein MamA

B: Magnetosome protein MamA

C: Magnetosome protein MamA

D: Magnetosome protein MamA

E: Magnetosome protein MamA

F: Magnetosome protein MamA

140 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Magnetosome protein MamA

D: Magnetosome protein MamA

E: Magnetosome protein MamA

ソフトウェアが定義した集合体
69.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Magnetosome protein MamA

C: Magnetosome protein MamA

F: Magnetosome protein MamA

ソフトウェアが定義した集合体
69.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	151.087, 151.087, 204.903
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	79
Space group name H-M	I4

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	C
4	1	D
5	1	E
6	1	F

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	1	A	41 - 214
2	1	1	1	B	41 - 214
3	1	1	1	C	41 - 214
4	1	1	1	D	41 - 214
5	1	1	1	E	41 - 214
6	1	1	1	F	41 - 214

#1: タンパク質	Magnetosome protein MamA 分子量: 23278.578 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 41-217 / 変異: M124I, E140A, K141A, E143A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Desulfovibrio magneticus RS-1 (バクテリア) 遺伝子: mamA, DMR_41160 / プラスミド: pET52b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: C4XPQ7

#1: タンパク質

Magnetosome protein MamA

分子量: 23278.578 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 41-217 / 変異: M124I, E140A, K141A, E143A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Desulfovibrio magneticus RS-1 (バクテリア)
遺伝子: mamA, DMR_41160 / プラスミド: pET52b / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: C4XPQ7

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 4.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 74.22 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.1 詳細: 0.1 M Tris pH 8.1, 0.75 M sodium potassium tartrate and 0.5% polyethylene glycol monomethyl ether 5000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.939 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月2日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.939 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.88→22 Å / Num. obs: 51648 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.2 % / R_merge(I) obs: 0.065 / Χ²: 2.455 / Net I/av σ(I): 43.89 / Net I/σ(I): 20.4 / Num. measured all: 320120

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	% possible all
2.88-2.93	6.3	0.608	2587	1.842	100
2.93-2.98	6.3	0.473	2558	1.662	100
2.98-3.04	6.3	0.397	2598	1.832	100
3.04-3.1	6.3	0.346	2571	1.768	100
3.1-3.17	6.4	0.274	2578	1.801	100
3.17-3.24	6.4	0.206	2589	1.82	100
3.24-3.32	6.4	0.16	2579	1.998	100
3.32-3.41	6.4	0.125	2581	2.071	100
3.41-3.51	6.3	0.099	2594	2.166	100
3.51-3.63	6.3	0.089	2585	2.214	100
3.63-3.75	6.3	0.078	2561	2.502	100
3.75-3.9	6.3	0.067	2597	2.561	100
3.9-4.08	6.3	0.055	2577	2.718	100
4.08-4.29	6.2	0.052	2573	2.856	100
4.29-4.56	6.2	0.05	2611	2.978	99.9
4.56-4.91	6.1	0.052	2594	3.341	100
4.91-5.4	5.8	0.054	2591	3.616	100
5.4-6.16	5.8	0.056	2594	3.685	100
6.16-7.71	5.8	0.043	2601	3.205	99.9
7.71-22	5.6	0.039	2529	2.902	96.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SCALEPACK		データスケーリング
REFMAC	5.5.0110	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
HKL-2000		データ削減
BALBES		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3AS5

3as5

解像度: 2.88→22 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.942 / WR_factor R_free: 0.221 / WR_factor R_work: 0.2127 / FOM work R set: 0.8408 / SU B: 24.563 / SU ML: 0.207 / SU R Cruickshank DPI: 0.4661 / SU R_free: 0.2697 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.466 / ESU R Free: 0.27 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2201	2629	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2094	48951	-	-
obs	0.2099	51648	99.38 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 163.97 Å² / B_iso mean: 67.091 Å² / B_iso min: 29.44 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.17 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.17 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.33 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.88→22 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8530	0	0	0	8530
残基数	-	-	-	-	1058

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.024	0.022	8698
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.003	0.02	6140
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.897	1.975	11701
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.145	3	14906
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.681	5	1052
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.186	23.735	431
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	21.224	15	1622
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.067	15	72
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.104	0.2	1238
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	9622
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.005	0.02	1760
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.459	1.5	5272
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.248	1.5	2122
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.063	2	8386
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.351	3	3426
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.853	4.5	3315

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 2403 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-ID	Auth asym-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.05
2	B	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
3	C	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
4	D	TIGHT POSITIONAL	0.07	0.05
5	E	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
6	F	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
1	A	TIGHT THERMAL	0.16	0.5
2	B	TIGHT THERMAL	0.13	0.5
3	C	TIGHT THERMAL	0.1	0.5
4	D	TIGHT THERMAL	0.1	0.5
5	E	TIGHT THERMAL	0.11	0.5
6	F	TIGHT THERMAL	0.11	0.5

LS精密化シェル

解像度: 2.879→2.954 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.413	205	-
R_work	0.356	3640	-
all	-	3845	-
obs	-	-	99.07 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.1944	0.1448	0.566	0.7452	0.4233	1.7354	0.0171	0.0121	-0.0347	-0.2832	0.0621	-0.3268	-0.0661	-0.0601	-0.0792	0.1776	0.0276	0.1123	0.1841	0.0392	0.2014	46.4466	47.9092	84.1337
2	0.3505	0.5314	0.3284	1.6556	0.2851	0.3638	0.0831	-0.1595	-0.0529	0.1189	-0.02	0.053	0.0527	-0.2047	-0.0631	0.136	-0.015	0.0423	0.2376	0.1145	0.1794	31.0943	31.4398	105.9765
3	1.1138	-0.8708	0.841	0.8834	-0.4851	0.7829	-0.0853	0.0658	0.1083	0.0248	0.0465	-0.1572	-0.1151	0.1251	0.0388	0.3105	-0.0864	0.1207	0.1333	0.0196	0.3331	39.8913	-7.3822	101.6774
4	0.6833	-0.7515	0.3109	3.0856	0.077	0.2212	-0.0383	0.0642	0.1502	0.2912	-0.0927	0.2836	0.0104	0.0165	0.1309	0.5663	-0.0403	0.1443	0.3054	0.0369	0.228	21.005	56.2602	54.2411
5	0.7989	-0.7783	0.7428	1.1692	-0.3964	0.9574	0.1079	0.0681	-0.1779	-0.0603	-0.1101	0.3499	0.0846	0.0078	0.0022	0.2419	-0.1018	0.0411	0.1955	-0.0577	0.46	32.2195	84.9243	79.9583
6	0.6607	-0.6971	0.284	3.9189	0.0922	0.1887	0.0453	0.127	-0.0688	-0.0495	0.0238	-0.4723	-0.0355	0.002	-0.0691	0.5658	-0.0222	0.1929	0.3398	-0.0814	0.2074	56.0102	13.5758	131.8801

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	-10 - 9999
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	-10 - 9999
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	-10 - 9999
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	-10 - 9999
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	-10 - 9999
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	-10 - 9999

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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