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万見
- PDB-4xfj: Crystal structure of Argininosuccinate synthase from Mycobacteriu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xfj
タイトルCrystal structure of Argininosuccinate synthase from Mycobacterium thermoresistibile in complex with AMPPNP and Arginine
要素Argininosuccinate synthase
キーワードLIGASE / SSGCID / Argininosuccinate synthase / Citrulline--aspartate ligase / Mycobacterium thermoresistibile / AMPPNP / Arginine / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease
機能・相同性
機能・相同性情報


argininosuccinate synthase / argininosuccinate synthase activity / L-arginine biosynthetic process / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Single helix bin / : / : / Arginosuccinate synthase C-terminal domain / Argininosuccinate synthetase, chain A, domain 2 / Argininosuccinate synthetase, chain A, domain 2 / Argininosuccinate synthase, type 1 subfamily / Argininosuccinate synthase / Argininosuccinate synthase, conserved site / Argininosuccinate synthetase, catalytic/multimerisation domain body ...Single helix bin / : / : / Arginosuccinate synthase C-terminal domain / Argininosuccinate synthetase, chain A, domain 2 / Argininosuccinate synthetase, chain A, domain 2 / Argininosuccinate synthase, type 1 subfamily / Argininosuccinate synthase / Argininosuccinate synthase, conserved site / Argininosuccinate synthetase, catalytic/multimerisation domain body / Arginosuccinate synthase N-terminal HUP domain / Argininosuccinate synthase signature 1. / Argininosuccinate synthase signature 2. / HUPs / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold / Single alpha-helices involved in coiled-coils or other helix-helix interfaces / Alpha-Beta Complex / Up-down Bundle / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / ARGININE / Argininosuccinate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium thermoresistibile ATCC 19527 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Argininosuccinate synthase from Mycobacterium thermoresistibile in complex with AMPPNP and Arginine
著者: Abendroth, J. / Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2014年12月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月21日Group: Data collection
改定 1.22017年11月22日Group: Derived calculations / Refinement description ...Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_struct_assembly ...entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / software / struct_keywords
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_keywords.text
改定 1.32018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_beamline
改定 1.42023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Argininosuccinate synthase
B: Argininosuccinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,16315
ポリマ－90,3552
非ポリマー1,80813
水15,079837
1
A: Argininosuccinate synthase
B: Argininosuccinate synthase
ヘテロ分子

A: Argininosuccinate synthase
B: Argininosuccinate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)184,32730
ポリマ－180,7114
非ポリマー3,61626
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
Buried area32150 Å2
ΔGint-127 kcal/mol
Surface area50210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.830, 143.410, 58.030
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Argininosuccinate synthase / Citrulline--aspartate ligase


分子量: 45177.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium thermoresistibile ATCC 19527 (バクテリア)
遺伝子: argG, KEK_01915 / プラスミド: MythA.00809.a.B1 / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G7CBN9, argininosuccinate synthase

-
非ポリマー , 5種, 850分子

#2: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 837 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.07 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.76
詳細: Optimization screen: 100mM Tris pH 8.67, 200mM MgCl2, 20% PEG 8000; MythA.00809.a.B1.PW37508 at 20.mg/ml with 5mM AMPPNP, 5mM Arg, 2.5mM MgCl2; cryo: 20% EG, 2.5mM AMPPNP, 5mM Arg, 0.5mM ...詳細: Optimization screen: 100mM Tris pH 8.67, 200mM MgCl2, 20% PEG 8000; MythA.00809.a.B1.PW37508 at 20.mg/ml with 5mM AMPPNP, 5mM Arg, 2.5mM MgCl2; cryo: 20% EG, 2.5mM AMPPNP, 5mM Arg, 0.5mM MgCl2, 5mM Asp; tray 258539d3, puck yyj4-1

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月4日
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50 Å / Num. obs: 114110 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 14.9 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Rrim(I) all: 0.05 / Χ2: 0.978 / Net I/σ(I): 23.4 / Num. measured all: 558771
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.55-1.594.90.8220.4653.3141003836983600.5299.9
1.59-1.630.8840.3794.1140022814981440.42499.9
1.63-1.680.9050.3154.8939018794679440.353100
1.68-1.730.9380.2566.0337879770877070.287100
1.73-1.790.9570.2057.5636862750474960.22999.9
1.79-1.850.9740.1649.4235503724472360.18499.9
1.85-1.920.9840.12812.0734230700470000.14399.9
1.92-20.9890.10215.0832950676867610.11499.9
2-2.090.9940.07420.131505646864580.08299.8
2.09-2.190.9960.0624.0130123619061730.06899.7
2.19-2.310.9970.0528.428928592758950.05699.5
2.31-2.450.9980.04431.4927395559855740.04999.6
2.45-2.620.9980.03736.5125929527352350.04299.3
2.62-2.830.9990.03142.6424130493648820.03598.9
2.83-3.10.9990.02748.3522159453044910.0399.1
3.1-3.470.9990.02257.8220183414341120.02599.3
3.47-40.9990.01967.3117869366736620.02199.9
4-4.910.01671.2815286313931330.01899.8
4.9-6.9310.01767.8911729246424580.01999.8
6.93-5010.01572.526068144913890.01795.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX(phenix.refine: dev_1894)精密化
Cootモデル構築
PDB_EXTRACTデータ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4u7j

4u7j


解像度: 1.55→36.896 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 15.55 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.182 4897 4.3 %Random selection
Rwork0.1358 108917 --
obs0.1378 113814 99.65 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 73.94 Å2 / Biso mean: 22.417 Å2 / Biso min: 7.45 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.55→36.896 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6065 0 114 840 7019
Biso mean--34 30.99 -
残基数----792
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0096476
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2318847
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051996
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061152
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7082355
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.55-1.56760.241620.1663595375799
1.5676-1.58610.23221590.156335713730100
1.5861-1.60540.21441630.149136073770100
1.6054-1.62570.21231600.143835713731100
1.6257-1.64710.21511640.142936453809100
1.6471-1.66970.21551600.134535723732100
1.6697-1.69350.19921630.128536103773100
1.6935-1.71880.19651610.130636023763100
1.7188-1.74570.20841610.126535913752100
1.7457-1.77430.18531640.123436383802100
1.7743-1.80490.20151620.123536053767100
1.8049-1.83770.14641610.123235893750100
1.8377-1.87310.19841640.124636273791100
1.8731-1.91130.19841620.125436113773100
1.9113-1.95280.20691610.123135973758100
1.9528-1.99830.15961640.128536363800100
1.9983-2.04820.17781620.125236193781100
2.0482-2.10360.1881620.122636103772100
2.1036-2.16550.17141650.120836123777100
2.1655-2.23540.19261640.121936463810100
2.2354-2.31530.17081630.12613610377399
2.3153-2.4080.17461640.129736403804100
2.408-2.51750.19511630.135936303793100
2.5175-2.65020.17691630.13373615377899
2.6502-2.81620.18411620.14013626378899
2.8162-3.03360.18271640.14883654381899
3.0336-3.33870.1881670.14673671383899
3.3387-3.82130.15041640.133136983862100
3.8213-4.81280.15391690.134237623931100
4.8128-36.90690.19981740.16283857403199

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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