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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xf5
タイトルCrystal structure of a TRAP periplasmic solute binding protein from Chromohalobacter salexigens DSM 3043 (Csal_0678), Target EFI-501078, with bound (S)-(+)-2-Amino-1-propanol.
要素Twin-arginine translocation pathway signal
キーワードTRANSPORT PROTEIN / TRAP PERIPLASMIC SOLUTE BINDING FAMILY / ENZYME FUNCTION INITIATIVE / EFI / Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


: / transmembrane transport
類似検索 - 分子機能
Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / TRAP transporter solute receptor DctP / TRAP transporter solute receptor DctP superfamily / Bacterial extracellular solute-binding protein, family 7 / Twin arginine translocation (Tat) signal profile. / Twin-arginine translocation pathway, signal sequence / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(2S)-2-aminopropan-1-ol / Twin-arginine translocation pathway signal
類似検索 - 構成要素
生物種Chromohalobacter salexigens (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. ...Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R.D. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of a TRAP periplasmic solute binding protein from Chromohalobacter salexigens DSM 3043 (Csal_0678), Target EFI-501078, with bound (S)-(+)-2-Amino-1-propanol.
著者: Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R. ...著者: Vetting, M.W. / Al Obaidi, N.F. / Toro, R. / Morisco, L.L. / Benach, J. / Wasserman, S.R. / Attonito, J.D. / Scott Glenn, A. / Chamala, S. / Chowdhury, S. / Lafleur, J. / Love, J. / Seidel, R.D. / Whalen, K.L. / Gerlt, J.A. / Almo, S.C. / Enzyme Function Initiative (EFI)
履歴
登録2014年12月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年10月7日Group: Experimental preparation
改定 1.22023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Twin-arginine translocation pathway signal
B: Twin-arginine translocation pathway signal
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,7738
ポリマ－79,4812
非ポリマー2926
水9,476526
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5190 Å2
ΔGint-75 kcal/mol
Surface area23020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)122.605, 51.154, 111.943
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.960, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-521-

HOH

詳細biological unit is a monomer

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要素

#1: タンパク質 Twin-arginine translocation pathway signal


分子量: 39740.363 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 27-350 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chromohalobacter salexigens (strain DSM 3043 / ATCC BAA-138 / NCIMB 13768) (バクテリア)
株: DSM 3043 / ATCC BAA-138 / NCIMB 13768 / 遺伝子: Csal_0678 / プラスミド: pET / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q1QZR9
#2: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物 ChemComp-2A1 / (2S)-2-aminopropan-1-ol / (S)-2-アミノ-1-プロパノ-ル


分子量: 75.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H9NO
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 526 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.05 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: Protein (60.0 mg/ml, 10 mM HEPES pH 7.5, 5 mM DTT, 10 mM S-Alaninol); Reservoir (MCSG1(C6), 0.2 M Magnesium Chloride, 0.1 M HEPES pH 7.5, 30 %(v/v) PPG P 400); Cryoprotection (Reservoir Solution)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2014年11月12日 / 詳細: MIRRORS
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→100.65 Å / Num. obs: 99699 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 2.9 % / Biso Wilson estimate: 14.68 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.032 / Net I/σ(I): 12 / Num. measured all: 292987 / Scaling rejects: 40
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) all% possible all
1.45-1.4720.5571.5564928920.6410.46453.1
7.94-100.653.30.02432.123086950.9980.01594.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.1.27データスケーリング
PHENIX1.8.1_1168精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4UAB

4uab


解像度: 1.45→27.559 Å / FOM work R set: 0.8668 / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 20.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.191 4973 4.99 %
Rwork0.1639 94695 -
obs0.1653 99668 90.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 73.84 Å2 / Biso mean: 23 Å2 / Biso min: 7.98 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→27.559 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5126 0 14 526 5666
Biso mean--15.78 30.08 -
残基数----634
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.015307
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2577223
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074753
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008936
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.0181888
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.45-1.46650.3345980.27391802190052
1.4665-1.48370.29721080.26831971207957
1.4837-1.50180.28981220.25732235235764
1.5018-1.52080.29331100.24572379248969
1.5208-1.54080.27281220.24092662278475
1.5408-1.5620.29321380.22362900303884
1.562-1.58430.22491740.21153019319386
1.5843-1.60790.23551560.20643104326089
1.6079-1.6330.23181700.20123177334791
1.633-1.65980.22561490.19223187333691
1.6598-1.68840.20281920.19043214340693
1.6884-1.71910.2451610.19443285344694
1.7191-1.75220.22651610.18893318347994
1.7522-1.78790.2211580.17773305346395
1.7879-1.82680.23851770.17583380355796
1.8268-1.86930.18191800.17383405358597
1.8693-1.9160.22821830.17453409359298
1.916-1.96780.19561980.16673475367398
1.9678-2.02570.19371760.16273408358499
2.0257-2.09110.21051750.16153494366999
2.0911-2.16580.17451910.15313443363499
2.1658-2.25250.19921720.15443461363399
2.2525-2.35490.20121830.1543491367499
2.3549-2.4790.19042010.15173464366599
2.479-2.63420.19631860.15653442362898
2.6342-2.83740.18691930.1573448364198
2.8374-3.12260.17461740.15633432360697
3.1226-3.57360.17112010.1523401360296
3.5736-4.49920.15261810.13643434361596
4.4992-27.56420.15681830.15643550373397
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4928-0.10910.03590.555-0.01270.50950.0382-0.12620.14340.08870.0458-0.0988-0.20060.3216-0.06580.1733-0.09110.01010.1737-0.06140.163413.03215.608432.8671
20.5709-0.049-0.02320.50040.02941.05950.04930.0814-0.0633-0.04830.0185-0.0986-0.01160.4284-0.03190.1282-0.03970.00220.2833-0.03510.153318.2282-2.736820.9185
30.64460.1694-0.38290.86440.80531.4427-0.00440.16440.04540.0034-0.0781-0.003-0.17220.12660.02250.2299-0.16750.03550.3757-0.01420.235422.507710.65214.5199
40.5378-0.0154-0.13190.43790.00730.42650.0250.02550.1340.01280.0564-0.0566-0.13940.3174-0.06660.1397-0.0740.00490.2176-0.0230.151713.29944.897522.3234
50.73530.1052-0.13190.63510.47441.75650.0028-0.01740.09450.03170.08670.0319-0.09860.0759-0.08550.1238-0.0290.00880.10350.00070.14661.31113.916428.1246
60.4727-0.16280.40790.8915-0.49781.25880.00790.1959-0.1238-0.15330.0752-0.01580.22990.2536-0.08170.17360.030.01010.3014-0.04260.178116.5232-9.941311.7212
73.2940.40091.3560.79530.17751.26220.03940.0701-0.2666-0.0857-0.0051-0.02590.24740.132-0.02080.16640.0313-0.00960.1113-0.02710.19068.9497-18.030724.1195
81.5505-0.756-0.56871.8530.14841.05920.0195-0.23250.08140.20810.0534-0.08750.0337-0.168-0.08830.14250.00860.01120.22180.04640.1343-16.6181-2.024242.6054
91.68010.5383-0.16851.75750.43221.22270.0133-0.3420.08620.19630.0706-0.055-0.0138-0.0144-0.05970.18210.02770.00180.2373-0.00280.1332-10.88192.930147.1707
100.7805-0.0081-0.02690.660.25550.6266-0.0291-0.20880.06490.0442-0.00340.1484-0.0358-0.42460.02230.13270.02740.01490.28510.04070.1763-26.4983-0.387134.9094
110.88020.15670.09780.5822-0.11470.42020.0250.09280.0024-0.01240.0167-0.027-0.0308-0.1177-0.05210.126-0.0229-0.00150.10150.03890.1187-12.7636-2.704219.1069
120.579-0.14530.01740.55090.11960.66920.0065-0.0098-0.0041-0.01350.08110.12470.0262-0.2688-0.00220.1242-0.0424-0.01940.11190.05440.1698-18.188-4.737925.0363
130.55460.060.10530.72020.04590.63980.04530.1279-0.1994-0.08420.12460.09260.2279-0.2165-0.060.1845-0.1686-0.04770.30590.06190.2115-25.7228-19.011619.6156
140.71460.59080.50.75780.95341.50970.1172-0.0883-0.10520.1607-0.0231-0.02210.2554-0.1830.05870.2677-0.1524-0.02740.37860.14520.2516-25.3347-2033.231
150.3229-0.16280.22080.38040.15770.39630.0598-0.0583-0.18890.00370.05510.14670.2408-0.19650.03640.2592-0.1448-0.06310.12180.12840.273-16.7315-22.646530.8665
160.9177-0.2995-0.09772.170.97641.4975-0.0297-0.07430.1097-0.01570.11350.0765-0.1722-0.2123-0.08440.1340.01820.01580.14610.04810.1447-17.49692.290731.4954
170.8229-0.2589-0.12891.32130.71681.03030.0311-0.0703-0.01690.04020.042-0.01130.0019-0.0226-0.06440.1273-0.01060.00370.08160.02020.1413-5.5631-3.90933.1489
180.5861-0.33050.10440.8415-0.30180.86330.08940.2024-0.1336-0.0778-0.02810.00270.2518-0.1627-0.07990.205-0.0762-0.03520.22540.02560.2172-17.7388-16.767813.5732
193.3221-0.1847-0.00020.4887-0.0431.39970.01030.36360.0287-0.05660.10990.101-0.0454-0.0118-0.12060.1478-0.0389-0.01530.18050.04690.1345-10.7939-1.98210.3143
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 32 through 132 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 133 through 189 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 190 through 207 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 208 through 257 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 258 through 289 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 290 through 320 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 321 through 348 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 32 through 51 )B0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 52 through 71 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 72 through 107 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 108 through 132 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 133 through 167 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 168 through 189 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 190 through 206 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 207 through 234 )B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 235 through 257 )B0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 258 through 289 )B0
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 290 through 320 )B0
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 321 through 348 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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