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- PDB-4xeu: Crystal structure of a transketolase from Pseudomonas aeruginosa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xeu
タイトルCrystal structure of a transketolase from Pseudomonas aeruginosa
要素Transketolase
キーワードTRANSFERASE / structural genomics / National Institute for Allergy and Infectious Diseases / NIAID / thiamine pyrophosphate / TPP / calcium / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


transketolase / transketolase activity / pentose-phosphate shunt / metal ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transketolase, bacterial-like / Transketolase family / : / Transketolase-like TK C-terminal domain / Transketolase, N-terminal / : / Transketolase, thiamine diphosphate binding domain / Transketolase signature 1. / Transketolase binding site / Transketolase signature 2. ...Transketolase, bacterial-like / Transketolase family / : / Transketolase-like TK C-terminal domain / Transketolase, N-terminal / : / Transketolase, thiamine diphosphate binding domain / Transketolase signature 1. / Transketolase binding site / Transketolase signature 2. / Transketolase, C-terminal domain / Rossmann fold - #920 / Transketolase-like, pyrimidine-binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase, pyrimidine binding domain / Transketolase C-terminal/Pyruvate-ferredoxin oxidoreductase domain II / Thiamin diphosphate (ThDP)-binding fold, Pyr/PP domains / Thiamin diphosphate-binding fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a transketolase from Pseudomonas aeruginosa
著者: Edwards, T.E. / Dranow, D.M. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
履歴
登録2014年12月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年1月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_prerelease_seq / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transketolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)73,4724
ポリマ－73,3291
非ポリマー1423
水7,296405
1
A: Transketolase
ヘテロ分子

A: Transketolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)146,9438
ポリマ－146,6592
非ポリマー2846
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-x+y,-z+1/31
Buried area8190 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area39380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.150, 76.150, 193.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-830-

HOH

21A-865-

HOH

31A-870-

HOH

41A-884-

HOH

51A-887-

HOH

61A-895-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transketolase


分子量: 73329.320 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: tktA / プラスミド: BG1861 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I5Y8, transketolase
#2: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 405 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.34 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PsaeA.01294.a.B1 at 20 mg/mL against MCSG 1 screen condition E9, 0.2 M CaCl2, 25% PEG 3350 supplemented with 20% EG as cryo-protected

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. obs: 48109 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.2 % / Biso Wilson estimate: 31.517 Å2 / Rmerge F obs: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rrim(I) all: 0.076 / Χ2: 0.965 / Net I/σ(I): 18.55 / Num. measured all: 296240
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)最高解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge F obsRmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsRrim(I) all% possible all
1.95-26.20.8680.563.4721893353835370.61100
2-2.060.9130.4464.3821266342834260.48699.9
2.06-2.120.9470.3415.6320654333233290.37299.9
2.12-2.180.9610.2796.6620139324832470.304100
2.18-2.250.9750.2258.2319586315931580.245100
2.25-2.330.980.1879.6218785303030290.204100
2.33-2.420.9870.15811.4218327295529490.17299.8
2.42-2.520.9910.13213.1117768286428570.14499.8
2.52-2.630.9930.11415.1717024275327450.12499.7
2.63-2.760.9950.09418.0216122260825950.10299.5
2.76-2.910.9960.07721.3815276247924680.08499.6
2.91-3.080.9970.06524.7114647238523670.07199.2
3.08-3.30.9980.05328.9613750225122350.05899.3
3.3-3.560.9990.04434.9112556206720480.04899.1
3.56-3.90.9990.03739.6211539193119050.04198.7
3.9-4.360.9990.03344.3610535176217370.03698.6
4.36-5.040.9990.0346.859290157615460.03398.1
5.04-6.170.9990.03144.597837134513050.03497
6.17-8.720.9990.02847.976086107310330.0396.3
8.720.9990.02550.8531606555930.02790.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XSCALEデータスケーリング
BALBES位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2R8O

2r8o


解像度: 1.95→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / WRfactor Rfree: 0.1852 / WRfactor Rwork: 0.1533 / FOM work R set: 0.8663 / SU B: 6.535 / SU ML: 0.094 / SU R Cruickshank DPI: 0.1484 / SU Rfree: 0.133 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1987 2363 4.9 %RANDOM
Rwork0.164 45738 --
obs0.1657 45738 99.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 80.15 Å2 / Biso mean: 29.27 Å2 / Biso min: 14.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3 Å20.15 Å2-0 Å2
2--0.3 Å20 Å2
3----0.96 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4765 0 6 405 5176
Biso mean--37.74 35.19 -
残基数----632
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0194890
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024508
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4311.9416653
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.843310310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.7025632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.39723.911225
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.24415721
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3251531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2724
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0215726
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021165
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.4862.1152528
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.4832.1142527
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.2223.1593154
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.271 194 -
Rwork0.223 3341 -
all-3535 -
obs--99.97 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 5.8298 Å / Origin y: 18.1743 Å / Origin z: 30.0821 Å
111213212223313233
T0.0147 Å2-0.0311 Å2-0.0037 Å2-0.0881 Å20.0083 Å2--0.0493 Å2
L0.2873 °20.0484 °20.2226 °2-0.2298 °2-0.0552 °2--0.2813 °2
S-0 Å °0.0478 Å °0.0622 Å °0.0036 Å °0.0074 Å °0.0716 Å °-0.0115 Å °0.0887 Å °-0.0074 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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