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万見
- PDB-4xec: Staphylococcus aureus Dihydrofolate Reductase complexed with NADP... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xec
タイトルStaphylococcus aureus Dihydrofolate Reductase complexed with NADPH and 6-ETHYL-5-[(3R)-3-[3-METHOXY-5-(PYRIDIN-4-YL)PHENYL]BUT-1-YN-1-YL]PYRIMIDINE-2,4-DIAMINE (UCP1061)
要素Dihydrofolate reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE Inhibitor / Dihydrofolate reductase / Oxidoreductase / Methicillin-resistant Staphylococcus aureus / Antifolates / Enantiopure Inhibitors / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-06U / ACETATE ION / Chem-NDP / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.692 Å
データ登録者Reeve, S.M. / Anderson, A.C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI111957 米国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2015
タイトル: Nonracemic Antifolates Stereoselectively Recruit Alternate Cofactors and Overcome Resistance in S. aureus.
著者: Keshipeddy, S. / Reeve, S.M. / Anderson, A.C. / Wright, D.L.
履歴
登録2014年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年7月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年8月5日Group: Database references
改定 1.22017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations / カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.32018年1月31日Group: Experimental preparation / カテゴリ: exptl_crystal_grow / Item: _exptl_crystal_grow.temp
改定 1.42019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52023年9月27日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
X: Dihydrofolate reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1934
ポリマ－18,0161
非ポリマー1,1783
水68538
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1420 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area8260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.902, 78.902, 108.118
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Dihydrofolate reductase / DHFR


分子量: 18015.557 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: folA / プラスミド: pET-41a(+) / 詳細 (発現宿主): Expression Vector / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: P0A017, dihydrofolate reductase
#2: 化合物 ChemComp-06U / 6-ethyl-5-{(3R)-3-[3-methoxy-5-(pyridin-4-yl)phenyl]but-1-yn-1-yl}pyrimidine-2,4-diamine / (R)-1-(2,4-ジアミノ-6-エチルピリミジン-5-イル)-3-[3-メトキシ-5-(4-ピリジニル)フェニル](以下略)


分子量: 373.451 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H23N5O
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.38 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.25
詳細: 0.1M MES pH 6.25, 0.1M Sodium Acetate, 13% PEG 10,000, 0.5% gamma-Butrylactone

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X25 / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月24日
放射モノクロメーター: Si(111) Double Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→31.88 Å / Num. obs: 5929 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 18.2 % / Biso Wilson estimate: 36.19 Å2 / Rsym value: 0.16 / Net I/σ(I): 38.6
反射 シェル解像度: 2.69→2.96 Å / 冗長度: 17.4 % / Rmerge(I) obs: 0.48 / Mean I/σ(I) obs: 9 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX(phenix.refine: 1.9_1692)位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F0Q

3f0q


解像度: 2.692→31.88 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.35 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2327 594 10.02 %Random Selection
Rwork0.1564 ---
obs0.1641 5929 99.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.692→31.88 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1273 0 80 38 1391
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081400
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3431910
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.502513
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.232209
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005236
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.692-2.96310.28131440.19291287X-RAY DIFFRACTION100
2.9631-3.39140.25611430.18341298X-RAY DIFFRACTION100
3.3914-4.27120.22081490.13751330X-RAY DIFFRACTION100
4.2712-31.880.21021580.14591420X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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