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- PDB-4xea: Crystal structure of putative M16-like peptidase from Alicyclobac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xea
タイトルCrystal structure of putative M16-like peptidase from Alicyclobacillus acidocaldarius
要素Peptidase M16 domain protein
キーワードHYDROLASE / metallopeptidase / Structural Genomics / PSI-Biology / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG
機能・相同性
機能・相同性情報


Cytochrome Bc1 Complex; Chain A, domain 1 / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / : / Peptidase M16, C-terminal / Peptidase M16 inactive domain / Peptidase M16, N-terminal / Insulinase (Peptidase family M16) / Metalloenzyme, LuxS/M16 peptidase-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / NICKEL (II) ION / Peptidase M16 domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Michalska, K. / Tesar, C. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM094585 米国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of putative M16-like peptidase from Alicyclobacillus acidocaldarius
著者: Michalska, K. / Tesar, C. / Bearden, J. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
履歴
登録2014年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年12月25日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32024年10月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_entry_details.has_protein_modification / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidase M16 domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,1467
ポリマ－48,7621
非ポリマー3846
水2,540141
1
A: Peptidase M16 domain protein
ヘテロ分子

A: Peptidase M16 domain protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)98,29114
ポリマ－97,5242
非ポリマー76812
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_556y,x,-z+11
Buried area3720 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area35910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)127.201, 127.201, 65.991
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Peptidase M16 domain protein


分子量: 48761.777 Da / 分子数: 1 / 変異: V427L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446 (バクテリア)
遺伝子: Aaci_1020 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) Magic / 参照: UniProt: C8WVD6

-
非ポリマー , 5種, 147分子

#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

構成要素の詳細The complete sequence was the following: ...The complete sequence was the following: MHHHHHHSSGVDLGTENLYFQSNAMSDARHVSLELPFETRTWRLQNGLVVTLMPRPALHQTYAMFATRYGSVDRAFRTDG QVHEMPDGIAHFLEHKMFEDPEMDVFARFAAHGASVDAYTTFDHTAYYFSGTGEIAKHVGTLLDFVQSIHLTDENVEKEK GIIAQEIHMVNDHPDRRAYMELLRAMYHEHPVRIDIAGTVESVRAITKEQLLLCYDTFYHPSNMVLVIAGGFDADEIAHV IEENQAKKSFKEPPAIERLYPEEPPTPARSRHWMHFPVQQPRLLVGWKEANGAFGSNLIEQDTAMTILLDALFGPTSAFY QSLLDEGLVDKGFSANYQLSNTFGYTLVGGNAPHPDVLAERIQSHLARVRERGIDEEAFERARKKIMGRVLMSLDQNAFL VRNWVTYFLRGAEAFAFADVIAVLQTMTLERANARFQEHLREDNMVVSAVLPS. The protein was treated with chymotrypsin, so most likely N-terminus was truncated.
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.17 M Na acetate, 0.085 M Tris/HCl, pH 8.5, 25.5% PEG4000, 15% glycerol,chymotrypsin treated

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→30 Å / Num. obs: 40177 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.117 / Χ2: 1.577 / Net I/σ(I): 23.447 / Num. measured all: 463809
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allΧ2% possible allRrim(I) all
1.95-1.9811.402.0319730.7540.4310.833100
1.98-2.0211.519790.8330.3550.861100
2.02-2.0611.60.93119730.8610.2860.8711000.975
2.06-2.111.60.73119580.9080.2240.9191000.765
2.1-2.1511.50.63619900.9310.1960.9451000.666
2.15-2.211.60.51319880.9490.1570.9921000.537
2.2-2.2511.70.41519720.960.1271.0561000.434
2.25-2.3111.70.33819860.9710.1031.1421000.353
2.31-2.3811.70.31519910.9760.0961.2161000.33
2.38-2.4611.70.25919960.9820.0791.3881000.271
2.46-2.5411.70.21719930.9880.0661.421000.227
2.54-2.6511.70.18919920.990.0581.6031000.198
2.65-2.7711.70.16620030.9920.051.7371000.173
2.77-2.9111.70.14620060.9930.0441.9771000.153
2.91-3.0911.80.1320120.9930.0391.8881000.136
3.09-3.3311.80.11820320.9940.0361.8881000.124
3.33-3.6711.80.10720290.9960.0321.8191000.111
3.67-4.211.60.09420480.9960.0292.0431000.099
4.2-5.2811.20.08420760.9970.0262.51000.088
5.28-3010.10.121800.9920.0344.50298.50.106

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SBC-Collectデータ収集
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
HKL-3000データスケーリング
MLPHARE位相決定
HKL-3000位相決定
ARPモデル構築
SHELX位相決定
直接法位相決定
HKL-3000データ削減
WARPモデル構築
SHELXモデル構築
直接法モデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.95→29.29 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.97 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 8.38 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.136 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGEN ATOMS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES : WITH TLS ADDED. THE NI ION HAS BEEN MODELED PRIMIARILY BASED ON X-RAY FLUORESCENCE SPECTRUM AS ITS COORDINATION SPHERE IS NOT WELL-DEFINED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.214 1075 2.7 %RANDOM
Rwork0.1815 38910 --
obs0.1824 39985 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 133.99 Å2 / Biso mean: 47.605 Å2 / Biso min: 30.39 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.81 Å20 Å20 Å2
2---0.81 Å20 Å2
3---1.62 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→29.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3386 0 22 141 3549
Biso mean--75.9 54.6 -
残基数----423
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0223521
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022384
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3661.9444775
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.86835759
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1115428
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.00423.26181
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.62115573
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1491530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0920.2514
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0213975
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02767
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.711.52135
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2141.5855
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.27123439
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.25431386
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.4754.51336
LS精密化 シェル解像度: 1.947→1.997 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 70 -
Rwork0.27 2843 -
all-2913 -
obs--99.73 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0897-0.5892-0.65783.18290.34311.18330.15320.3013-0.314-0.3092-0.42090.5216-0.2287-0.18760.26770.15980.1041-0.12810.1265-0.12870.150432.36728.872418.7079
274.1533-10.0269-6.549512.9496-9.725747.51440.06142.84590.2197-1.3454-0.60810.54290.1418-1.07050.54670.81650.4153-0.20580.4555-0.06880.181727.043320.77951.4309
34.5672-0.9043-1.10942.9970.71131.34950.13010.52390.0313-0.5027-0.38360.6434-0.5018-0.57440.25350.29210.2254-0.19650.2881-0.12920.231825.465217.218113.3665
414.11464.45274.74265.857613.531934.2923-0.36220.95272.0584-1.0715-0.31160.5965-2.7743-0.91060.67381.06440.2568-0.17680.36460.35250.593142.240129.42878.917
52.57510.1860.64933.91152.10096.2525-0.11280.09060.854-0.5096-0.08990.1342-0.9371-0.21640.20270.2588-0.0172-0.0890.11450.05530.307549.64524.297826.1379
63.7369-0.3682-0.99832.05840.5121.41280.1660.8481-0.275-0.6093-0.3790.4592-0.2856-0.33450.2130.28570.164-0.17110.2752-0.14470.183233.13877.502810.5324
73.54790.90190.05152.71530.87991.9555-0.1097-0.3040.50520.2202-0.05870.254-0.1261-0.12650.16840.10440.0424-0.0720.1303-0.03810.155345.170319.995239.505
85.091-4.46891.921828.297-9.70157.6239-0.2117-0.86220.62431.70930.0114-0.5784-0.48360.37580.20020.25960.0351-0.1270.4116-0.1590.210549.801522.871851.9452
92.3978-0.73810.09771.66030.71613.0234-0.2188-0.523-0.49030.5743-0.00690.68990.01540.02730.22570.26090.02380.17890.1984-0.02990.392930.53938.396339.5547
104.04272.826-0.877310.3432-3.13493.7591-0.0062-0.5910.15970.713-0.04360.16010.1607-0.06410.04980.16840.0489-0.04490.2131-0.03690.080848.494713.816544.3619
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A7 - 74
2X-RAY DIFFRACTION2A75 - 79
3X-RAY DIFFRACTION3A80 - 128
4X-RAY DIFFRACTION4A129 - 145
5X-RAY DIFFRACTION5A146 - 178
6X-RAY DIFFRACTION6A179 - 235
7X-RAY DIFFRACTION7A236 - 329
8X-RAY DIFFRACTION8A330 - 347
9X-RAY DIFFRACTION9A348 - 402
10X-RAY DIFFRACTION10A403 - 429

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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