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万見
- PDB-4xe8: Bacillus thuringiensis ParM with ADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xe8
タイトルBacillus thuringiensis ParM with ADP
要素Uncharacterized protein
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / BACTERIAL ACTIN-LIKE PROTEIN / BACTERIAL CYTOSKELETON
機能・相同性ParM-like / Actin like proteins N terminal domain / ATPase, nucleotide binding domain / nucleotide binding / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Bacillus thuringiensis serovar kurstaki (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.381 Å
データ登録者Jiang, S.M. / Robinson, R.C.
資金援助 シンガポール, 1件
組織認可番号国
Agency for Science, Technology and Research (A*STAR)12302FG012 シンガポール
引用ジャーナル: to be published
タイトル: A novel plasmid-segregating actin-like protein from Bacillus thuringiensis forms dynamically unstable tubules
著者: Jiang, S.M. / Narita, A. / Popp, D. / Ghoshdastider, U. / Lee, L.J. / Srinivasan, R. / Balasubramanian, M.K. / Oda, T. / Koh, F.J. / Larsson, M. / Robinson, R.C.
履歴
登録2014年12月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02016年3月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)47,9303
ポリマ－47,4791
非ポリマー4522
水2,396133
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)55.657, 73.032, 114.269
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
詳細monomer

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 47478.523 Da / 分子数: 1 / 変異: M356D, F360D / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis serovar kurstaki (バクテリア)
株: YBT-1520 / 遺伝子: YBT1520_33546 / プラスミド: pSY5, modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A024E1G1, UniProt: A0A140UH76*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ADP / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE / ADP


分子量: 427.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O10P2 / コメント: ADP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 133 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.71 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Bis-Tris, pH 6.5, 0.2 M ammonium acetate, 25% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年10月10日 / 詳細: Quantum-315
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→20 Å / Num. obs: 19222 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.046 / Χ2: 0.942 / Net I/av σ(I): 38.626 / Net I/σ(I): 16.2 / Num. measured all: 132900
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.38-2.425.90.428240.83186.6
2.42-2.466.70.3979290.85699
2.46-2.516.90.3539520.88499.5
2.51-2.567.10.3019500.875100
2.56-2.627.20.2699650.869100
2.62-2.6870.2759341.293100
2.68-2.757.10.2079511.006100
2.75-2.827.20.1479700.87699.9
2.82-2.97.20.1159450.9299.9
2.9-37.20.0949510.953100
3-3.17.10.0769690.95399.7
3.1-3.237.20.0569550.953100
3.23-3.377.10.0459660.978100
3.37-3.556.90.0459701.053100
3.55-3.7770.0329730.84399.8
3.77-4.066.90.0319750.71799.6
4.06-4.4770.039730.904100
4.47-5.16.80.0410061.00399.6
5.1-6.396.50.0359971.12199.4
6.39-206.30.02710670.93199.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.53 Å28.08 Å
Translation2.53 Å28.08 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHASER2.3.0位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.4_1496)精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.381→19.934 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 28.82 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 1972 10.02 %Random selection
Rwork0.2185 17710 --
obs0.2243 19682 54.7 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 103.47 Å2 / Biso mean: 39.0925 Å2 / Biso min: 10.95 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.381→19.934 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2813 0 28 133 2974
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0022885
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7323887
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.026433
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002498
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.481085
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.381-2.44090.3153820.242574382532
2.4409-2.50670.34361000.221589999939
2.5067-2.58030.3251170.23651054117146
2.5803-2.66340.30661330.24951193132651
2.6634-2.75840.31671320.25711186131852
2.7584-2.86850.28581360.24611222135853
2.8685-2.99870.30961340.24441213134753
2.9987-3.15620.32571370.24771238137553
3.1562-3.35310.30471440.22281281142556
3.3531-3.61060.26711380.21551250138854
3.6106-3.97130.21841420.21292143455
3.9713-4.540.24851760.18041517169366
4.54-5.69770.26821840.18581651183571
5.6977-19.93450.2562170.23411971218885
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -46.8842 Å / Origin y: -55.2855 Å / Origin z: 122.5053 Å
111213212223313233
T0.1637 Å20.0148 Å20.0318 Å2-0.0846 Å20.0379 Å2--0.124 Å2
L2.455 °20.0391 °20.1247 °2-1.4394 °20.4802 °2--1.7424 °2
S0.0686 Å °-0.0253 Å °0.1879 Å °0.0313 Å °-0.0325 Å °-0.0714 Å °0.1068 Å °-0.0058 Å °-0.0155 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA8 - 501
2X-RAY DIFFRACTION1allS1 - 133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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