PDB-4xe7: Bacillus thuringiensis ParM in apo form

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4xe7

タイトル

Bacillus thuringiensis ParM in apo form

要素

Uncharacterized protein

キーワード

STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / BACTERIAL ACTIN-LIKE PROTEIN /

BACTERIAL CYTOSKELETON (原核生物の細胞骨格)

機能・相同性

Actin-like protein, N-terminal / Actin like proteins N terminal domain / ParM-like /

ATPase, nucleotide binding domain /

ATP binding /

: / ParM/StbA family protein

機能・相同性情報

生物種

Bacillus thuringiensis serovar kurstaki (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Jiang, S.M. / Robinson, R.C.

資金援助

シンガポール, 1件

引用

ジャーナル: to be published
タイトル: A novel plasmid-segregating actin-like protein from Bacillus thuringiensis forms dynamically unstable tubules
著者: Jiang, S.M. / Narita, A. / Popp, D. / Ghoshdastider, U. / Lee, L.J. / Srinivasan, R. / Balasubramanian, M.K. / Oda, T. / Koh, F.J. / Larsson, M. / Robinson, R.C.

履歴

登録	2014年12月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2016年3月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4xe7.cif.gz	189.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4xe7.ent.gz	149.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4xe7.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/4xe7 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xe/4xe7	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4xe8C 4xhnC 4xhoC 4xhpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	8ics-d 1zql-d 9icf-d 9ich-d 9icy-d 9ict-d 1zqj-d 8icv-d 4zgz-2 9icv-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

47.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	49.248, 116.430, 52.171
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 115.730, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

monomer

#1: タンパク質	Uncharacterized protein 分子量: 47526.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus thuringiensis serovar kurstaki (バクテリア) 株: YBT-1520 / 遺伝子: YBT1520_33546 / プラスミド: pSY5, modified / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A024E1G1, UniProt: A0A0F6FJ34*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Uncharacterized protein

分子量: 47526.719 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacillus thuringiensis serovar kurstaki (バクテリア)
株: YBT-1520 / 遺伝子: YBT1520_33546 / プラスミド: pSY5, modified / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A024E1G1, UniProt: A0A0F6FJ34*PLUS

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 330 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.84 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.66 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.2 M potassium citrate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

NSRRC

/ ビームライン: BL13B1 / 波長: 0.9792 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2008年3月6日 / 詳細: Quantum-315

放射

モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9792 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→50 Å / Num. obs: 33791 / % possible obs: 94.7 % / 冗長度: 4 % / R_merge(I) obs: 0.096 / Χ²: 4.441 / Net I/av σ(I): 27.414 / Net I/σ(I): 12.8 / Num. measured all: 136335

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	Χ²	Diffraction-ID	% possible all
2-2.03	3.7	0.317	1328	0.641	1	74.7
2.03-2.07	3.8	0.279	1600	0.859		90.2
2.07-2.11	3.9	0.246	1680	0.815		95
2.11-2.15	4	0.22	1683	0.822		93.9
2.15-2.2	4	0.198	1681	0.919		95.6
2.2-2.25	4	0.177	1673	1.012		93.3
2.25-2.31	4	0.163	1671	1.04		95.6
2.31-2.37	4	0.15	1678	1.258		93
2.37-2.44	3.9	0.136	1682	1.385		94.7
2.44-2.52	4	0.128	1662	1.71		94.1
2.52-2.61	4	0.124	1687	1.979		93.2
2.61-2.71	4	0.116	1720	2.379		96.7
2.71-2.84	4	0.111	1735	3.129		97.6
2.84-2.99	4.1	0.105	1740	3.971		98.1
2.99-3.17	4.2	0.098	1759	5.124		98.3
3.17-3.42	4.2	0.09	1760	7.148		98.7
3.42-3.76	4.2	0.083	1766	8.285		98.4
3.76-4.31	4.2	0.079	1734	10.183		97.2
4.31-5.43	4.2	0.077	1759	11.345		97.4
5.43-50	4.2	0.09	1793	18.673		98

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.5 Å	35.29 Å
Translation	2.5 Å	35.29 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.4_1496)	精密化
PHASER	2.3.0	位相決定
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→25.319 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.45 / 位相誤差: 24.2 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2333	3902	5.97 %	Random selection
R_work	0.1856	61460	-	-
obs	0.1885	65362	92.4 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 153.73 Å² / B_iso mean: 37.608 Å² / B_iso min: 12.82 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→25.319 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3309	0	0	330	3639

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	3363
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.147	4526
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	500
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	590
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.749	1282

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 28

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.0221	0.3101	87	0.2432	1383	1470	60
2.0221-2.0476	0.2781	135	0.236	1823	1958	77
2.0476-2.0746	0.2648	141	0.2291	2189	2330	92
2.0746-2.103	0.2466	124	0.2259	2189	2313	92
2.103-2.133	0.3182	138	0.2258	2194	2332	91
2.133-2.1648	0.2874	129	0.2194	2201	2330	92
2.1648-2.1986	0.2644	149	0.2151	2138	2287	93
2.1986-2.2347	0.2681	125	0.2109	2233	2358	91
2.2347-2.2732	0.277	142	0.2144	2132	2274	92
2.2732-2.3145	0.2882	131	0.2087	2185	2316	92
2.3145-2.359	0.2526	133	0.2076	2198	2331	90
2.359-2.4071	0.2323	145	0.2067	2164	2309	92
2.4071-2.4594	0.2742	139	0.1977	2144	2283	89
2.4594-2.5165	0.2639	130	0.1931	2164	2294	93
2.5165-2.5794	0.2441	142	0.201	2187	2329	91
2.5794-2.6491	0.2995	137	0.1932	2180	2317	93
2.6491-2.7269	0.2211	165	0.2035	2268	2433	94
2.7269-2.8148	0.2519	139	0.1904	2216	2355	97
2.8148-2.9153	0.226	143	0.1956	2318	2461	96
2.9153-3.0319	0.2346	151	0.1919	2352	2503	99
3.0319-3.1696	0.2447	154	0.193	2346	2500	98
3.1696-3.3364	0.2304	144	0.1852	2316	2460	98
3.3364-3.5449	0.2346	151	0.1831	2347	2498	98
3.5449-3.8177	0.2578	153	0.1739	2305	2458	98
3.8177-4.2003	0.2127	136	0.163	2307	2443	97
4.2003-4.8045	0.1933	154	0.1435	2301	2455	97
4.8045-6.0396	0.1926	136	0.1657	2316	2452	97
6.0396-25.3211	0.1738	149	0.1687	2364	2513	99

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -16.3737 Å / Origin y: -17.0246 Å / Origin z: -5.6562 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1631 Å²	0.0047 Å²	-0.0024 Å²	-	0.1619 Å²	0.0236 Å²	-	-	0.1655 Å²
L	0.267 °²	-0.1685 °²	-0.0807 °²	-	0.4488 °²	0.2558 °²	-	-	0.4331 °²
S	-0.0102 Å °	-0.0073 Å °	-0.0451 Å °	-0.0303 Å °	-0.0046 Å °	0.0396 Å °	0.0378 Å °	0.0085 Å °	0.0101 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 419
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	S	1 - 330

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