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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4xd0 | ||||||
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タイトル | X-ray structure of the N-formyltransferase QdtF from Providencia alcalifaciens | ||||||
![]() | TDP-3-aminoquinovose-N-formyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / formyltransferase / ankyrin repeat / lipopolysaccharide / deoxy sugar | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Thoden, J.B. / Woodford, C.R. / Holden, H.M. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: New Role for the Ankyrin Repeat Revealed by a Study of the N-Formyltransferase from Providencia alcalifaciens. 著者: Woodford, C.R. / Thoden, J.B. / Holden, H.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 112.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 81.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.3 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 20.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 31.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 48163.750 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: qdtf / プラスミド: pJ411 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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-非ポリマー , 6種, 345分子 ![](data/chem/img/T3F.gif)
![](data/chem/img/FON.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/FON.gif)
![](data/chem/img/K.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-FON / | #4: 化合物 | ChemComp-K / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-CL / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.73 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 5-7 % PEG 8000, 100 mM HEPPS, 200 mM sodium chloride, 200 mM potassium chloride, 5 mM TDP, 5 mM N5-THF |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: Bruker Platinum 135 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月13日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 42223 / Num. obs: 42223 / % possible obs: 95.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.2 % / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rsym value: 0.081 / Net I/σ(I): 11.9 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.85 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.385 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 89.7 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB entry 4XCZ 解像度: 1.8→34.97 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 3.815 / SU ML: 0.111 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 24.549 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.8→34.97 Å
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拘束条件 |
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