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- PDB-4xbd: 1.45A resolution structure of Norovirus 3CL protease complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4xbd
タイトル1.45A resolution structure of Norovirus 3CL protease complex with a covalently bound dipeptidyl inhibitor (1R,2S)-2-({N-[(benzyloxy)carbonyl]-3-cyclohexyl-L-alanyl}amino)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid (Orthorhombic P Form)
要素3C-LIKE PROTEASE
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / PROTEASE / NOROVIRUS / NORWALK VIRUS / ANTIVIRAL INHIBITORS / DIPEPTIDYL INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


calicivirin / host cell Golgi membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication ...calicivirin / host cell Golgi membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis / RNA binding / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Viral polyprotein, Caliciviridae N-terminal / Viral polyprotein N-terminal / Norovirus 3C-like protease (NV 3CLpro) domain profile. / Norovirus peptidase C37 / Southampton virus-type processing peptidase / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Trypsin-like serine proteases ...Viral polyprotein, Caliciviridae N-terminal / Viral polyprotein N-terminal / Norovirus 3C-like protease (NV 3CLpro) domain profile. / Norovirus peptidase C37 / Southampton virus-type processing peptidase / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-M40 / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Norwalk virus (ノロウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Lovell, S. / Battaile, K.P. / Mehzabeen, N. / Kankanamalage, A.C.G. / Kim, Y. / Weerawarna, P.M. / Uy, R.A.Z. / Damalanka, V.C. / Mandadapu, S.R. / Alliston, K.R. ...Lovell, S. / Battaile, K.P. / Mehzabeen, N. / Kankanamalage, A.C.G. / Kim, Y. / Weerawarna, P.M. / Uy, R.A.Z. / Damalanka, V.C. / Mandadapu, S.R. / Alliston, K.R. / Groutas, W.C. / Chang, K.-O.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structure-Guided Design and Optimization of Dipeptidyl Inhibitors of Norovirus 3CL Protease. Structure-Activity Relationships and Biochemical, X-ray Crystallographic, Cell-Based, and In Vivo Studies.
著者: Galasiti Kankanamalage, A.C. / Kim, Y. / Weerawarna, P.M. / Uy, R.A. / Damalanka, V.C. / Mandadapu, S.R. / Alliston, K.R. / Mehzabeen, N. / Battaile, K.P. / Lovell, S. / Chang, K.O. / Groutas, W.C.
履歴
登録2014年12月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年4月22日Group: Database references
改定 1.22017年11月22日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: citation / entity_src_gen ...citation / entity_src_gen / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
Item: _citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag ..._citation.journal_id_CSD / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.type / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _software.classification
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3C-LIKE PROTEASE
B: 3C-LIKE PROTEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,3034
ポリマ－40,2522
非ポリマー1,0512
水3,927218
1
A: 3C-LIKE PROTEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6522
ポリマ－20,1261
非ポリマー5261
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 3C-LIKE PROTEASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,6522
ポリマ－20,1261
非ポリマー5261
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area910 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area14470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.466, 66.907, 126.404
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 3C-LIKE PROTEASE


分子量: 20126.131 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Norwalk virus (strain GI/Human/United States/Norwalk/1968) (ウイルス)
株: GI/Human/United States/Norwalk/1968 / 遺伝子: ORF1 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q83883, calicivirin
#2: 化合物 ChemComp-M40 / (1R,2S)-2-({N-[(benzyloxy)carbonyl]-3-cyclohexyl-L-alanyl}amino)-1-hydroxy-3-[(3S)-2-oxopyrrolidin-3-yl]propane-1-sulfonic acid


分子量: 525.615 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H35N3O8S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 218 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.5 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 20% w/v PEG3350, 200 mM sodium thiocyanate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→45.94 Å / Num. obs: 57354 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 19.11 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.047 / Net I/σ(I): 18.9 / Num. measured all: 371208
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2% possible all
1.45-1.486.51.0541.81945329720.635100
7.67-45.945.60.02362.626214660.99999.6

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation3.99 Å45.94 Å
Translation3.99 Å45.94 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.1.27データスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.45→35.654 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.84 / 位相誤差: 18.21 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1993 2905 5.07 %RANDOM
Rwork0.1725 54369 --
obs0.1738 57274 99.97 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 72.85 Å2 / Biso mean: 24.3087 Å2 / Biso min: 9.16 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.45→35.654 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2416 0 58 218 2692
Biso mean--25.43 32.05 -
残基数----329
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082572
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.023507
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.084407
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008438
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.652929
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 21 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
1.45-1.47380.30431210.273225432664
1.4738-1.49920.25511240.241525982722
1.4992-1.52650.23881430.22925042647
1.5265-1.55580.24081470.209725702717
1.5558-1.58760.20381340.207625272661
1.5876-1.62210.24151500.20525572707
1.6221-1.65980.21941480.184825482696
1.6598-1.70130.24181130.183726052718
1.7013-1.74730.17761430.174325252668
1.7473-1.79870.22161420.169325792721
1.7987-1.85680.19331370.165525862723
1.8568-1.92320.20251370.162325512688
1.9232-2.00020.21061420.159425672709
2.0002-2.09120.18321190.158926272746
2.0912-2.20140.18741560.156425612717
2.2014-2.33930.17771340.157125992733
2.3393-2.51990.1831450.169225972742
2.5199-2.77340.1961370.176826062743
2.7734-3.17450.20931330.179326542787
3.1745-3.99870.18961390.169726692808
3.9987-35.66460.19681610.164927962957
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.3964-0.0283-0.20971.8459-0.45252.70.0358-0.06150.0113-0.0575-0.0063-0.07590.0058-0.0534-0.02430.097-0.01080.00520.08580.00630.1011-7.65269.1816-24.6387
26.20672.14073.49582.27851.07485.1277-0.272-0.42490.6375-0.0113-0.0003-0.1588-0.7176-0.08250.2670.2773-0.02110.02810.2189-0.07690.2771-2.542623.8232-18.9753
35.42360.06932.28770.85080.82564.5091-0.140.21980.7353-0.03550.2008-0.059-0.88990.38510.02590.2917-0.07710.06840.15870.01030.2877-0.294520.5469-28.888
45.33381.3474-0.69867.1796-2.65084.24240.1214-0.5134-0.14350.1352-0.1566-0.32860.01470.56920.01960.1108-0.01180.00220.20970.00190.16223.68439.5733-19.4826
51.21730.33690.18051.1178-0.79433.27270.10210.2887-0.0184-0.14460.0410.0140.0653-0.2576-0.16020.19510.0060.0010.17530.00790.1773-11.37865.8472-32.0654
61.58110.10290.14071.1409-0.02462.62270.09390.21690.1816-0.19570.09880.1134-0.0658-0.5239-0.17740.20260.02560.00230.26590.01640.147-16.546511.5448-38.2916
74.68741.7627-1.13753.4706-0.024.16180.0335-0.19950.1796-0.4231-0.190.5733-0.4754-0.63010.09780.23430.0685-0.02120.30890.00870.1929-14.997314.8198-40.1428
82.8074-0.4419-0.17453.83650.20663.2040.01890.3368-0.1519-0.1369-0.03180.02910.2639-0.236-0.01340.1412-0.00680.00620.1285-0.00580.0935-12.60737.9819-33.8498
91.3484-0.1275-0.00391.08250.00233.09960.0064-0.04380.0455-0.00720.0628-0.02820.0078-0.1919-0.06910.1255-0.0188-0.01480.12250.03850.1576-16.9542.6524-7.7372
105.265-2.4294-0.46713.3586-0.99410.6853-0.2828-0.2461.1880.3561-0.04080.5747-0.7721-0.67490.37910.35230.0818-0.03230.2801-0.05640.5487-23.751914.9737-3.4768
116.9338-2.53773.46552.5386-2.10644.5128-0.3292-0.71380.4110.46890.19020.2684-0.4261-0.85820.11410.23560.04820.03370.3507-0.01640.2504-25.43725.74921.3985
124.2998-1.126-1.63522.61910.19551.80820.09910.08810.17-0.19230.04450.4030.0661-0.729-0.05650.1264-0.0377-0.05170.29470.06610.2236-27.4432.0789-13.502
131.2190.1531-0.54841.4224-0.98992.50860.0558-0.1827-0.32470.1231-0.0340.00720.4093-0.03090.02940.2182-0.0324-0.03950.14210.05490.194-11.0822-5.0786-4.9668
140.4780.011-0.0360.0952-0.14351.57840.067-0.2941-0.02690.145-0.133-0.13410.11830.36660.06220.2790.017-0.02250.21650.06620.2139-6.9803-4.74783.2654
152.4183-1.01-0.5282.70241.5513.0026-0.075-0.11550.08410.5115-0.0032-0.02020.0507-0.24780.05930.29510.0165-0.01260.2520.10450.2163-10.0576-3.38747.7845
163.18950.6674-0.42434.09490.05622.2166-0.0607-0.0566-0.3768-0.0991-0.0065-0.17090.44440.18540.02570.21440.0044-0.01370.13450.0510.1724-8.4375-4.5903-4.8798
173.36150.0986-0.16934.03790.93773.6064-0.0752-0.4984-0.11040.0936-0.0116-0.10160.47370.01710.04740.2058-0.006-0.02020.15520.08560.1493-10.1398-4.11161.2073
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -1 through 31 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 32 through 43 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 44 through 59 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 60 through 69 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 70 through 93 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 94 through 111 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 112 through 121 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 122 through 173 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 0 through 31 )B0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 32 through 43 )B0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 44 through 60 )B0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 61 through 70 )B0
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 71 through 93 )B0
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 94 through 111 )B0
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 112 through 121 )B0
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 122 through 149 )B0
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 150 through 173 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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