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- PDB-4x8q: X-ray crystal structure of AlkD2 from Streptococcus mutans -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x8q
タイトルX-ray crystal structure of AlkD2 from Streptococcus mutans
要素Uncharacterized protein
キーワードUNKNOWN FUNCTION / HEAT repeat / ALK motif
機能・相同性
機能・相同性情報


Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 - #70 / ARM repeat domains / DNA alkylation repair enzyme / DNA alkylation repair enzyme / Methyltransferase, Methionine Synthase (B12-binding Domains); Chain A, domain 1 / Serine Threonine Protein Phosphatase 5, Tetratricopeptide repeat / Alpha Horseshoe / Armadillo-type fold / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Phosphomethylpyrimidine kinase / :
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus mutans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.729 Å
データ登録者Mullins, E.A. / Shi, R. / Eichman, B.F.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (NSF, United States)MCB-1122098 米国
引用ジャーナル: Plos One / 年: 2015
タイトル: A New Family of HEAT-Like Repeat Proteins Lacking a Critical Substrate Recognition Motif Present in Related DNA Glycosylases.
著者: Mullins, E.A. / Shi, R. / Kotsch, L.A. / Eichman, B.F.
履歴
登録2014年12月10日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Author supporting evidence / Derived calculations ...Author supporting evidence / Derived calculations / Refinement description / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_audit_support ...entity_src_gen / pdbx_audit_support / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list / software
Item: _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization ..._entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22019年11月27日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年9月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,0405
ポリマ－24,7941
非ポリマー2464
水4,882271
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.016, 65.091, 87.497
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 24794.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus mutans (バクテリア)
株: Clarke / 遺伝子: ALKD2 / プラスミド: pBG100
詳細 (発現宿主): Derivative of pET27 encoding a Rhinovirus 3C cleavable hexahistidine tag
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta 2 / 参照: UniProt: M2G4T0, UniProt: A0A0M3KL00*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 275分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.37 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7 / 詳細: 18% (w/v) PEG 3350, 200 mM sodium phosphate, pH 4.7

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月29日
放射モノクロメーター: C(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.729→50 Å / Num. obs: 31143 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 8 % / Biso Wilson estimate: 19.51 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Χ2: 1.37 / Net I/av σ(I): 42.607 / Net I/σ(I): 11.8 / Num. measured all: 250066
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.73-1.767.40.3834.812960.73884.1
1.76-1.798.20.32715330.705100
1.79-1.838.20.27915710.736100
1.83-1.868.20.24715150.731100
1.86-1.98.20.21815540.771100
1.9-1.958.20.17615540.786100
1.95-28.20.14615390.835100
2-2.058.20.12615610.853100
2.05-2.118.20.10315540.919100
2.11-2.188.20.09115490.966100
2.18-2.268.20.07515561.057100
2.26-2.358.20.07115611.131100
2.35-2.458.20.06315711.214100
2.45-2.588.20.05915671.279100
2.58-2.758.20.05715711.434100
2.75-2.968.10.06315782.15100
2.96-3.267.80.06615843.003100
3.26-3.737.60.0615963.493100
3.73-4.697.80.04716372.73599.9
4.69-507.30.03616961.90298.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_1819)精密化
PDB_EXTRACTデータ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3L9T

3l9t


解像度: 1.729→40.153 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 16.49 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.168 1556 5.01 %Random
Rwork0.152 29528 --
obs0.1528 31084 99.78 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 88.62 Å2 / Biso mean: 28.1336 Å2 / Biso min: 10.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.729→40.153 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1735 0 13 271 2019
Biso mean--53.29 41.44 -
残基数----207
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061817
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9742445
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042257
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004309
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.483716
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7293-1.78510.2131380.17382600X-RAY DIFFRACTION99
1.7851-1.84890.1811390.16252656X-RAY DIFFRACTION100
1.8489-1.9230.21121390.16782641X-RAY DIFFRACTION100
1.923-2.01050.18071400.15722654X-RAY DIFFRACTION100
2.0105-2.11650.20531400.15212668X-RAY DIFFRACTION100
2.1165-2.24910.16921410.13942662X-RAY DIFFRACTION100
2.2491-2.42270.1561410.14882687X-RAY DIFFRACTION100
2.4227-2.66640.17561420.16292694X-RAY DIFFRACTION100
2.6664-3.05220.17491420.16462691X-RAY DIFFRACTION100
3.0522-3.84490.15521440.14552732X-RAY DIFFRACTION100
3.8449-40.16360.14791500.14292843X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.19520.0071-1.20061.3826-0.30171.8822-0.04190.50040.1049-1.12180.0265-0.1051-0.07010.2013-0.00950.7051-0.04750.12850.32610.02830.22163.739873.29484.8106
27.59431.46013.13974.17752.1956.4419-0.06850.1910.8547-0.82190.0447-0.108-0.92250.20050.0860.47340.0482-0.00640.15210.02510.2423-1.069680.678394.0375
32.53590.25950.00453.62950.41954.5528-0.04460.10360.0311-0.43880.0315-0.0730.0631-0.0261-0.01010.18850.0184-0.01590.0909-0.01310.101-1.159168.121498.0449
43.5316-0.162-2.60144.59450.185.3721-0.0321-0.01210.1761-0.22330.0631-0.0096-0.2589-0.0435-0.05240.11780.0104-0.03780.0993-0.0290.0882-1.291875.4984106.2068
56.9547-0.7256-0.51494.11410.31653.61780.08670.0303-0.32970.2375-0.09290.05850.3653-0.01340.01280.14410.0056-0.0340.107-0.04370.0846-2.078570.4421115.2777
67.26592.055-2.65724.7799-1.50286.72270.0710.07770.38830.1584-0.01280.4151-0.1992-0.6095-0.03230.09340.0184-0.0080.1546-0.04820.153-7.492182.4185117.8822
73.6133-1.481-0.03484.570.56363.22710.1450.053-0.04330.2889-0.0469-0.15910.23660.097-0.04110.1124-0.0048-0.04240.1229-0.02090.08153.616378.1328122.3755
86.3948-2.02534.09592.6335-1.17572.97730.3208-0.920.39650.5589-0.03790.20320.05810.3748-0.11440.2754-0.03450.05810.3528-0.08930.1815-0.787286.0535130.6366
96.5547-2.8991.38922.6235-2.13024.37170.1393-0.2250.2250.2933-0.033-0.460.08390.2041-0.22470.1969-0.0379-0.08450.2293-0.06530.187810.660381.6587129.2548
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 14 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 15 through 32 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 33 through 83 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 84 through 101 )A0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 102 through 128 )A0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 129 through 141 )A0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 142 through 173 )A0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 174 through 185 )A0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 186 through 206 )A0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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