PDB-4x6y: Human soluble epoxide hydrolase in complex with a cyclopropyl ure...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4x6y

タイトル

Human soluble epoxide hydrolase in complex with a cyclopropyl urea derivative

要素

Bifunctional epoxide hydrolase 2

キーワード

HYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / hydrolase / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

lipid-phosphate phosphatase / 10-hydroxy-9-(phosphonooxy)octadecanoate phosphatase activity / stilbene catabolic process / phospholipid dephosphorylation / lipid phosphatase activity / Biosynthesis of maresins / soluble epoxide hydrolase / epoxide metabolic process / lysophosphatidic acid phosphatase activity / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Chiyo, N. / Takai, K. / Ishii, T.

引用

ジャーナル: Bioorg.Med.Chem.Lett. / 年: 2015
タイトル: Three-dimensional rational approach to the discovery of potent substituted cyclopropyl urea soluble epoxide hydrolase inhibitors.
著者: Takai, K. / Chiyo, N. / Nakajima, T. / Nariai, T. / Ishikawa, C. / Nakatani, S. / Ikeno, A. / Yamamoto, S. / Sone, T.

履歴

登録	2014年12月9日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2015年4月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年4月15日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月5日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy カテゴリ: citation / diffrn_source ...citation / diffrn_source / entity_src_gen / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site ..._citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4x6y.cif.gz	268.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4x6y.ent.gz	215.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4x6y.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/4x6y ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x6/4x6y	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4x6xC 3ansS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4c4z-d 3ans-d 4jnc-1 6yl4-1 6hgw-1 3ant-d 4x6x-d 4mlg-4 6hgx-1 6i5g-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (6) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional epoxide hydrolase 2

B: Bifunctional epoxide hydrolase 2

ヘテロ分子

78 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	129.228, 80.722, 87.326
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 126.220, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

詳細

biological unit is the same as asym.

#1: タンパク質	Bifunctional epoxide hydrolase 2 分子量: 38646.422 Da / 分子数: 2 / 断片: hydrolase domain, UNP residues 230-555 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPHX2 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P34913, soluble epoxide hydrolase
#2: 化合物	ChemComp-S94 / 4-phenoxy-N-[(1S,2R)-2-phenylcyclopropyl]piperidine-1-carboxamide 分子量: 336.427 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₄N₂O₂
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.41 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.3 / 詳細: 20%(w/v) PEG8000, 200mM sodium iodide

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2009年10月14日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 43406 / % possible obs: 78.4 % / 冗長度: 1.6 % / R_merge(I) obs: 0.041 / R_pim(I) all: 0.041 / R_rim(I) all: 0.058 / Χ²: 1.308 / Net I/av σ(I): 16.025 / Net I/σ(I): 12.5 / Num. measured all: 106198

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique all	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.1-2.14	1.3	0.19	2420	0.819	0.189	0.268	0.694	55.6
2.14-2.18	1.3	0.184	2498	0.829	0.184	0.26	0.716	58.7
2.18-2.22	1.3	0.168	2548	0.852	0.168	0.238	0.71	60.7
2.22-2.26	1.3	0.162	2703	0.867	0.162	0.229	0.801	63
2.26-2.31	1.4	0.14	2783	0.902	0.14	0.198	0.87	65.3
2.31-2.37	1.4	0.131	2857	0.923	0.131	0.185	0.872	67.6
2.37-2.42	1.4	0.126	2978	0.933	0.126	0.179	0.86	70.2
2.42-2.49	1.4	0.11	3099	0.959	0.109	0.155	0.869	72.6
2.49-2.56	1.5	0.104	3129	0.954	0.104	0.147	0.927	73.6
2.56-2.65	1.5	0.091	3296	0.961	0.091	0.129	0.95	77.4
2.65-2.74	1.5	0.085	3437	0.971	0.085	0.12	1.069	80.9
2.74-2.85	1.6	0.078	3526	0.973	0.078	0.111	1.222	82.1
2.85-2.98	1.6	0.075	3559	0.973	0.075	0.106	1.561	84.4
2.98-3.14	1.7	0.065	3726	0.977	0.065	0.092	1.699	88.1
3.14-3.33	1.7	0.056	3925	0.984	0.056	0.079	1.786	91.8
3.33-3.59	1.8	0.045	3998	0.99	0.045	0.063	1.644	94.4
3.59-3.95	1.8	0.036	4105	0.993	0.036	0.051	1.541	96
3.95-4.52	1.9	0.029	4060	0.996	0.029	0.041	1.466	95.9
4.52-5.7	1.9	0.027	4142	0.996	0.027	0.038	1.423	97.4
5.7-50	1.9	0.024	3955	0.996	0.024	0.034	1.244	92.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ANS

3ans

解像度: 2.1→50 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / WR_factor R_free: 0.2534 / WR_factor R_work: 0.1958 / FOM work R set: 0.8282 / SU B: 13.448 / SU ML: 0.166 / SU R Cruickshank DPI: 0.2903 / SU R_free: 0.2194 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.29 / ESU R Free: 0.219 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2442	1781	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1977	33454	-	-
obs	0.2	33454	79.91 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 120.29 Å² / B_iso mean: 46.685 Å² / B_iso min: 23.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.08 Å²	-0 Å²	0.04 Å²
2-	-	-0.08 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.03 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.1→50 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5094	0	50	88	5232
B_iso mean	-	-	53.98	41.17	-
残基数	-	-	-	-	632

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.019	5302
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	4912
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.256	1.96	7194
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.781	3	11348
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.149	5	630
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.332	23.934	244
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.772	15	884
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	15.468	15	28
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.07	0.2	738
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	5990
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1274
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.031	2.6	2526
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.031	2.599	2525
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.794	3.895	3154

LS精密化シェル

解像度: 2.072→2.126 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.315	76	-
R_work	0.286	1449	-
all	-	1525	-
obs	-	-	46.69 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.4769	-0.4533	-0.1276	2.229	0.5494	1.2706	-0.0351	-0.106	-0.1127	0.1976	-0.0076	0.0033	0.0412	-0.1115	0.0427	0.156	0.0034	-0.0014	0.1551	0.0107	0.105	6.7091	-6.4235	24.4039
2	1.7932	1.0671	-0.3635	4.6582	-0.3096	2.3806	0.139	-0.2046	0.3702	0.568	-0.1226	0.5699	-0.2406	-0.404	-0.0164	0.2263	0.1394	0.0478	0.254	-0.0571	0.1997	-10.3623	9.4191	27.8115
3	2.4274	-0.132	-0.2869	1.8716	0.4266	1.3886	-0.0204	-0.3023	0.1852	0.2652	-0.0074	-0.0265	-0.0515	-0.0335	0.0278	0.1787	0.0416	-0.0078	0.153	-0.0293	0.0551	4.4663	3.9876	30.3573
4	1.3153	-0.033	-0.4121	2.2996	0.5527	1.5379	0.0001	0.1451	-0.0359	-0.1125	0.0403	-0.218	-0.0135	0.0588	-0.0404	0.0916	0.0101	0.018	0.1314	-0.0108	0.1882	22.5594	-16.736	3.5389
5	2.5113	1.4562	0.1899	3.4868	-1.0426	3.5719	-0.0859	0.4855	-0.4591	-0.8859	0.0262	-0.3801	0.408	0.1786	0.0597	0.3026	0.0191	0.1068	0.2116	-0.1786	0.2094	20.7797	-31.6598	-14.4321
6	1.7144	0.019	0.0538	2.7681	0.033	1.5599	0.0081	0.1932	-0.2768	-0.2348	0.0152	-0.4345	0.2864	0.1155	-0.0233	0.0922	0.029	0.0692	0.0953	-0.0639	0.2163	26.9908	-27.4426	-0.6264

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	230 - 368
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	369 - 430
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	431 - 545
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	230 - 368
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	369 - 429
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	430 - 545

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)