PDB-4x43: Structure of proline-free E. coli Thioredoxin

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4x43

タイトル

Structure of proline-free E. coli Thioredoxin

要素

Thioredoxin-1

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Protein folding / THIOREDOXIN FOLD / PROTEIN DISULFIDE OXIDOREDUCTASE ACTIVITY / REDOX PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

DNA polymerase processivity factor activity / protein-disulfide reductase activity / cell redox homeostasis / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Scharer, M.A. / Glockshuber, R.

資金援助

スイス, 2件

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2015
タイトル: Acceleration of protein folding by four orders of magnitude through a single amino acid substitution.
著者: Roderer, D.J. / Scharer, M.A. / Rubini, M. / Glockshuber, R.

履歴

登録	2014年12月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年6月24日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年7月8日	Group: Database references
改定 2.0	2017年9月6日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Refinement description カテゴリ: atom_site / pdbx_audit_support ...atom_site / pdbx_audit_support / pdbx_validate_close_contact / software Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2
改定 2.1	2017年10月11日	Group: Data collection / カテゴリ: reflns_shell / Item: _reflns_shell.percent_possible_all
改定 2.2	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.3	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4x43.cif.gz	143.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4x43.ent.gz	112 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4x43_validation.pdf.gz	424 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4x43_full_validation.pdf.gz	424.6 KB	表示
XML形式データ	4x43_validation.xml.gz	15.9 KB	表示
CIF形式データ	4x43_validation.cif.gz	23.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/4x43 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/4x43	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4hu7S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5jy5-2 5j7d-1 1ti3-d 6q6v-1 5j7d-2 5nyl-2 5dqy-d 6q6v-2 2lrc-d 5ykw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#91 - 2007年7月チミン２量体 (Thymine Dimers) 類似性 (5) #233 - 2019年5月 S-ニトロシル化ヘモグロビン (S-Nitrosylated Hemoglobin) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Thioredoxin-1

B: Thioredoxin-1

C: Thioredoxin-1

34.7 kDa, 3 ポリマー
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1

A: Thioredoxin-1

登録者が定義した集合体
11.6 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Thioredoxin-1

登録者が定義した集合体
11.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Thioredoxin-1

登録者が定義した集合体
11.6 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	34.670, 48.570, 89.940
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 101.010, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Thioredoxin-1 / Trx-1 / Trx0P 分子量: 11557.201 Da / 分子数: 3 / 変異: P34A, P40A, P64A, P68A, P76A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 遺伝子: trxA, fipA, tsnC, b3781, JW5856 / プラスミド: pTRX0P / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AA25
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 284 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.14 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.63 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10% (w/v) PEG 1000, 10% (w/v) PEG 8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SLS

/ ビームライン: X06DA / 波長: 0.97941 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月26日

放射

モノクロメーター: BARTELS MONOCHROMATOR WITH DUAL CHANNEL CUT CRYSTALS
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97941 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→44.1 Å / Num. obs: 35498 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 12.3 % / B_iso Wilson estimate: 20.83 Å² / R_merge F obs: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.139 / R_rim(I) all: 0.145 / Χ²: 0.93 / Net I/σ(I): 14.04 / Num. measured all: 437002

反射シェル

Diffraction-ID: 1 / Rejects: _

解像度 (Å)	最高解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.65-1.69		0.4	2.031	1.14	30727	2588	2577	2.12	99.6
1.69-1.74		0.494	1.736	1.36	30993	2573	2572	1.811	100
1.74-1.79		0.635	1.416	1.73	30010	2443	2448	1.476	100
1.79-1.84		0.748	1.149	2.18	29445	2409	2402	1.199	99.7
1.84-1.91		0.822	0.915	2.82	28445	2312	2316	0.954	100
1.91-1.97		0.884	0.677	3.73	26038	2268	2261	0.708	99.7
1.97-2.05		0.932	0.532	4.93	26753	2216	2219	0.556	100
2.05-2.13		0.954	0.443	6.3	27447	2094	2094	0.461	100
2.13-2.22		0.976	0.33	8.28	26040	2004	2000	0.344	99.8
2.22-2.33		0.981	0.258	10.54	24772	1920	1921	0.268	100
2.33-2.46		0.99	0.212	12.46	23520	1835	1838	0.22	100
2.46-2.61		0.993	0.17	15.17	21393	1732	1728	0.178	99.8
2.61-2.79		0.993	0.138	17.75	18609	1624	1625	0.144	100
2.79-3.01		0.997	0.101	24.27	18879	1554	1552	0.105	99.9
3.01-3.3		0.999	0.073	33.76	18277	1398	1398	0.076	100
3.3-3.69		0.999	0.056	43.63	16193	1268	1268	0.058	100
3.69-4.26		0.999	0.042	52.91	14382	1160	1161	0.044	100
4.26-5.22		0.999	0.036	56.58	10583	940	937	0.037	99.7
5.22-7.38		0.999	0.04	54.36	9225	756	755	0.042	99.9
	7.38	1	0.026	77.57	5271	430	427	0.027	99.3

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

Model details: Phaser MODE: MR_AUTO

	最高解像度	最低解像度
Rotation	2.63 Å	44.14 Å
Translation	2.63 Å	44.14 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
Coot		モデル構築
PDB_EXTRACT	3.14	データ抽出
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4hu7

4hu7

解像度: 1.65→44.1 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 24.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2179	924	2.6 %
R_work	0.1758	34574	-
obs	0.1769	35498	99.95 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 89.92 Å² / B_iso mean: 28.9816 Å² / B_iso min: 12.29 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→44.1 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2416	0	0	284	2700
B_iso mean	-	-	-	34.26	-
残基数	-	-	-	-	321

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	2505
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.016	3392
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	400
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	432
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	12.377	889

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all
1.6501-1.7371	0.346	108	0.2883	4924	5032
1.7371-1.8459	0.286	118	0.2579	4889	5007
1.8459-1.9885	0.2473	144	0.2168	4899	5043
1.9885-2.1886	0.2222	132	0.1946	4927	5059
2.1886-2.5052	0.2374	141	0.1861	4939	5080
2.5052-3.1562	0.2478	144	0.177	4953	5097
3.1562-44.1585	0.1671	137	0.1352	5043	5180

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.4009	0.9619	-2.3118	5.5041	-0.1873	6.983	0.1599	-0.2695	-0.0945	0.3757	-0.504	0.6185	0.4368	-1.0092	0.1802	0.2138	-0.1116	0.0365	0.3856	-0.0583	0.2457	-22.3966	-2.6857	-21.9685
2	3.8047	0.5321	0.1551	3.8429	-1.4049	6.5172	0.1433	-0.2613	0.0156	0.1994	-0.0841	0.0178	0.1575	-0.1585	-0.0418	0.1485	-0.023	0.0001	0.1286	-0.0179	0.1138	-12.3714	-0.0658	-20.8245
3	7.3101	3.3964	-6.1394	6.5965	-3.3074	6.8367	0.0263	-0.1182	-0.5027	-0.0382	-0.1618	-0.3751	0.8844	0.1273	0.0696	0.3274	-0.0307	-0.0614	0.2077	-0.0384	0.1957	-7.0743	-8.3314	-24.2994
4	4.7856	2.6137	4.0607	9.4977	4.9814	6.421	-0.2862	-0.0679	0.3275	-0.0066	-0.0932	0.306	-0.6135	-0.1425	0.39	0.2485	0.0113	-0.0019	0.1606	-0.0163	0.2062	-14.8064	7.7336	-26.664
5	3.8301	1.142	-0.8722	5.0263	-4.2896	7.527	0.0248	0.0964	-0.0696	-0.2378	-0.0222	-0.1394	0.852	0.1312	0.0184	0.3429	0.0241	-0.0237	0.2517	0.0156	0.1654	-3.2785	-6.2293	-14.2199
6	4.4873	1.299	-1.5574	3.1458	1.3239	5.6638	-0.048	-0.0849	-0.1241	0.2124	-0.0011	-0.1991	0.2974	0.1234	0.0642	0.1342	0.0136	-0.0166	0.0894	0.0152	0.2569	1.9527	-20.6076	-38.552
7	5.6708	0.7805	2.7243	4.3857	2.4255	4.1809	0.1434	-0.1548	0.0365	0.1369	-0.146	-0.0797	0.091	-0.205	-0.0108	0.0687	-0.0158	0.0207	0.096	0.0179	0.1638	0.9472	-10.1053	-39.3123
8	5.4835	-1.8511	1.4963	3.492	-0.8875	3.4326	-0.1111	0.4009	0.1163	-0.2794	-0.0353	-0.1736	0.0464	0.1597	0.1372	0.1476	-0.0324	0.0357	0.1168	-0.0414	0.2707	6.0083	-9.2428	-48.4455
9	5.2115	-0.832	0.9418	8.7138	4.039	3.9757	0.0045	-0.2157	0.1568	0.0639	-0.1449	0.8627	-0.2508	-0.4268	0.1349	0.1614	0.0183	0.0581	0.1624	0.0097	0.2671	-9.4361	-11.3388	-38.2209
10	2.9024	-0.026	0.7352	3.9254	-1.8666	6.9687	-0.073	0.0496	0.2571	-0.1953	0.1558	-0.078	0.0602	0.0284	-0.0731	0.1237	-0.0227	0.0027	0.0924	-0.0014	0.2138	10.4815	-2.7867	-42.162
11	2.4604	0.5135	2.2725	8.4603	0.8939	9.1373	-0.2675	0.3395	-0.0317	-0.9529	0.2152	-0.5848	-0.3673	0.5242	0.1722	0.3467	-0.0559	0.0422	0.3409	-0.0003	0.2543	0.5422	18.3584	-18.1936
12	7.5374	-0.055	1.3234	2.8721	-1.2326	2.753	0.0825	0.1465	-0.1118	-0.1404	-0.1048	0.1157	0.1222	-0.1124	0.0299	0.2477	-0.0242	-0.0336	0.2203	-0.056	0.1413	-3.4794	14.6399	-9.4436
13	2.3836	-0.5888	0.5375	1.3117	0.1618	1.9948	-0.0626	-0.2754	0.2083	0.0587	0.0271	-0.0579	-0.1974	-0.0094	0.0656	0.2664	-0.0215	-0.0131	0.2332	-0.0337	0.1857	-0.0019	22.0594	-2.9055
14	6.4987	-3.6218	0.9096	7.1581	0.4893	6.7031	-0.1194	0.2469	-0.0187	0.4214	-0.1527	0.2159	-0.0621	-0.7659	0.3069	0.2346	-0.0019	-0.0366	0.2793	-0.074	0.1753	-12.3603	14.1112	-14.5362
15	7.4389	2.301	4.9173	6.5929	-0.6409	4.7248	0.2988	-0.2828	-0.3446	0.3571	-0.0254	-0.4225	0.4553	0.008	-0.2556	0.3074	-0.0344	-0.0454	0.2154	0.0003	0.1369	2.3054	13.0629	1.4653

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 21 )	A	0
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 22 through 30 or resid 54 through 60 or resid 75 through 91)	A	22
3	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 22 through 30 or resid 54 through 60 or resid 75 through 91)	A	54
4	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 22 through 30 or resid 54 through 60 or resid 75 through 91)	A	75
5	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 31 through 53 )	A	0
6	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 61 through 74 )	A	0
7	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 92 through 108 )	A	0
8	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 1 through 21 )	B	0
9	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 22 through 30 or resid 54 through 60 or resid 75 through 91)	B	22
10	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 22 through 30 or resid 54 through 60 or resid 75 through 91)	B	54
11	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 22 through 30 or resid 54 through 60 or resid 75 through 91)	B	75
12	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 31 through 53 )	B	0
13	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 61 through 74 )	B	0
14	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 92 through 108 )	B	0
15	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 2 through 21 )	C	0
16	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 22 through 30 or resid 54 through 60 or resid 75 through 91)	C	22
17	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 22 through 30 or resid 54 through 60 or resid 75 through 91)	C	54
18	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 22 through 30 or resid 54 through 60 or resid 75 through 91)	C	75
19	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'C' and (resid 31 through 53 )	C	0
20	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'C' and (resid 61 through 74 )	C	0
21	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 92 through 108 )	C	0

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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