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- PDB-4x3j: Selection of fragments for kinase inhibitor design: decoration is key -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x3j
タイトルSelection of fragments for kinase inhibitor design: decoration is key
要素Angiopoietin-1 receptor
キーワードTRANSFERASE (転移酵素) / PROTEIN KINASE (プロテインキナーゼ) / INHIBITOR COMPLEX (酵素阻害剤)
機能・相同性
機能・相同性情報


Tie signaling pathway / glomerulus vasculature development / regulation of establishment or maintenance of cell polarity / regulation of endothelial cell apoptotic process / regulation of vascular permeability / endochondral ossification / heart trabecula formation / definitive hemopoiesis / 血管新生 / endothelial cell proliferation ...Tie signaling pathway / glomerulus vasculature development / regulation of establishment or maintenance of cell polarity / regulation of endothelial cell apoptotic process / regulation of vascular permeability / endochondral ossification / heart trabecula formation / definitive hemopoiesis / 血管新生 / endothelial cell proliferation / positive regulation of intracellular signal transduction / positive regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of Rac protein signal transduction / growth factor binding / positive regulation of focal adhesion assembly / 微絨毛 / centriolar satellite / negative regulation of endothelial cell apoptotic process / Tie2 Signaling / response to cAMP / positive regulation of endothelial cell proliferation / transmembrane receptor protein tyrosine kinase activity / positive regulation of endothelial cell migration / negative regulation of angiogenesis / substrate adhesion-dependent cell spreading / basal plasma membrane / cell surface receptor protein tyrosine kinase signaling pathway / 受容体型チロシンキナーゼ / response to peptide hormone / negative regulation of inflammatory response / response to estrogen / positive regulation of angiogenesis / cell-cell junction / cell-cell signaling / signaling receptor activity / heart development / RAF/MAP kinase cascade / basolateral plasma membrane / 血管新生 / positive regulation of MAPK cascade / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of ERK1 and ERK2 cascade / receptor complex / response to hypoxia / protein kinase activity / 脂質ラフト / apical plasma membrane / positive regulation of protein phosphorylation / リン酸化 / focal adhesion / negative regulation of apoptotic process / 細胞膜 / extracellular region / ATP binding / identical protein binding / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Tyrosine-protein kinase, receptor Tie-2, Ig-like domain 1, N-terminal / Tie-2 Ig-like domain 1 / Laminin-type EGF domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / フィブロネクチンIII型ドメイン / EGF様ドメイン / Fibronectin type 3 domain ...Tyrosine-protein kinase, receptor Tie-2, Ig-like domain 1, N-terminal / Tie-2 Ig-like domain 1 / Laminin-type EGF domain / Epidermal growth factor-like domain. / EGF-like domain profile. / EGF-like domain signature 2. / EGF-like domain signature 1. / フィブロネクチンIII型ドメイン / EGF様ドメイン / Fibronectin type 3 domain / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Tyrosine kinase, catalytic domain / Tyrosine protein kinases specific active-site signature. / Tyrosine-protein kinase, active site / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Immunoglobulin-like fold / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-3WR / Angiopoietin-1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Czodrowski, P. / Hoelzemann, G. / Barnickel, G. / Greiner, H. / Musil, D.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2015
タイトル: Selection of fragments for kinase inhibitor design: decoration is key.
著者: Czodrowski, P. / Holzemann, G. / Barnickel, G. / Greiner, H. / Musil, D.
履歴
登録2014年11月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02014年12月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年1月21日Group: Database references
改定 1.22024年5月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Angiopoietin-1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,2522
ポリマ－36,7941
非ポリマー4581
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.456, 62.456, 178.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Angiopoietin-1 receptor / Endothelial tyrosine kinase / Tunica interna endothelial cell kinase / Tyrosine kinase with Ig and ...Endothelial tyrosine kinase / Tunica interna endothelial cell kinase / Tyrosine kinase with Ig and EGF homology domains-2 / Tyrosine-protein kinase receptor TEK / Tyrosine-protein kinase receptor TIE-2 / hTIE2 / p140 TEK


分子量: 36794.027 Da / 分子数: 1 / 断片: Kinase domain, UNP residues 802-1122 / 変異: D964N / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TEK, TIE2, VMCM, VMCM1
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q02763, 受容体型チロシンキナーゼ
#2: 化合物 ChemComp-3WR / 1-[4-(4-amino-5-oxopyrido[2,3-d]pyrimidin-8(5H)-yl)phenyl]-3-[2-fluoro-5-(trifluoromethyl)phenyl]urea


分子量: 458.368 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H14F4N6O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.99 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Tris/HCl pH 7.0 0.05 M NaCl 0.03 M Lithiumsulfat

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2004年3月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→36 Å / Num. all: 176802 / Num. obs: 12936 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 13.7 % / Biso Wilson estimate: 66.7 Å2 / Net I/σ(I): 12.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.11.4精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
精密化解像度: 2.5→35.46 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9096 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9053 / SU R Cruickshank DPI: 0.39 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.405 / SU Rfree Blow DPI: 0.285 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.284
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2933 629 4.88 %RANDOM
Rwork0.2546 ---
obs0.2565 12878 99.61 %-
原子変位パラメータBiso mean: 75.92 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.2222 Å20 Å20 Å2
2---6.2222 Å20 Å2
3---12.4444 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.49 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.5→35.46 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1887 0 33 17 1937
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.011962HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.122662HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d668SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes47HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes281HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it1962HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.81
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.8
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion246SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2293SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.74 Å / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.313 147 4.96 %
Rwork0.2572 2814 -
all0.26 2961 -
obs--99.61 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 25.7044 Å / Origin y: 16.0967 Å / Origin z: 56.5154 Å
111213212223313233
T-0.2647 Å20.0012 Å20.009 Å2-0.0918 Å20.0823 Å2---0.3026 Å2
L1.5547 °2-0.1783 °2-0.7486 °2-1.5491 °2-0.3666 °2--4.5186 °2
S-0.1157 Å °0.0315 Å °0.056 Å °-0.1288 Å °0.2445 Å °-0.0201 Å °0.0944 Å °-0.3135 Å °-0.1288 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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