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- PDB-4x36: Crystal structure of the autolysin LytA from Streptococcus pneumo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x36
タイトルCrystal structure of the autolysin LytA from Streptococcus pneumoniae TIGR4
要素Autolysin
キーワードHYDROLASE / Autolysin / amidase
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / establishment of competence for transformation / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase activity / sporulation resulting in formation of a cellular spore / peptidoglycan catabolic process / cell wall organization / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cholin Binding / left handed beta-beta-3-solenoid / Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat ...Cholin Binding / left handed beta-beta-3-solenoid / Lysozyme-like / Peptidoglycan recognition protein-like / Ami_2 / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase domain / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase/PGRP domain superfamily / Choline-binding repeat / Putative cell wall binding repeat / Cell wall/choline-binding repeat / Cell wall-binding repeat profile. / Ribbon / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLINE ION / Autolysin
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus pneumoniae TIGR4 (肺炎レンサ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.101 Å
データ登録者Cheng, W. / Li, Q. / Zhou, C.Z. / Chen, Y.X.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology of China2013CB835300 and 2014CB910100 中国
National Natural Science Foundation of China31270781 and U1332114 中国
Fundamental Research Funds for the Central Universities 中国
Program for Changjiang Scholars and Innovative Research Team in University 中国
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2015
タイトル: Full-length structure of the major autolysin LytA.
著者: Li, Q. / Cheng, W. / Morlot, C. / Bai, X.H. / Jiang, Y.L. / Wang, W. / Roper, D.I. / Vernet, T. / Dong, Y.H. / Chen, Y. / Zhou, C.Z.
履歴
登録2014年11月28日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02015年5月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月24日Group: Database references
改定 1.22024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity_src_gen / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / pdbx_struct_oper_list / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_alt_source_flag / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Autolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,05313
ポリマ－36,9151
非ポリマー1,13912
水4,342241
1
A: Autolysin
ヘテロ分子

A: Autolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,10726
ポリマ－73,8292
非ポリマー2,27824
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_554y,x,-z-11
単位格子
Length a, b, c (Å)101.282, 101.282, 119.577
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number96
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Autolysin / Cell wall hydrolase / Mucopeptide aminohydrolase / Murein hydrolase / N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase


分子量: 36914.523 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus pneumoniae TIGR4 (肺炎レンサ球菌)
遺伝子: lytA, SP_1937 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: P06653, N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-CHT / CHOLINE ION / コリン


分子量: 104.171 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H14NO
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.65 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Bis-tris propane pH 7.0, 1.3 M ammonium tartrate dibasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月19日
放射モノクロメーター: Si(lll) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 36872 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.089 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.469 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(phenix.refine: 1.7.1_743)精密化
HKL-2000データ削減
SCALAデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化解像度: 2.101→46.632 Å / SU ML: 0.61 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.04 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.199 1841 5 %
Rwork0.1828 --
obs0.1836 36808 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.83 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 38.531 Å2 / ksol: 0.363 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.2994 Å20 Å2-0 Å2
2--5.2994 Å2-0 Å2
3----10.5988 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.101→46.632 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2588 0 72 241 2901
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082753
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0843732
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.082982
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.076358
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005472
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.101-2.17610.26451800.24973426X-RAY DIFFRACTION100
2.1761-2.26320.26371710.23673448X-RAY DIFFRACTION100
2.2632-2.36620.26851770.23633437X-RAY DIFFRACTION100
2.3662-2.49090.25281870.21183463X-RAY DIFFRACTION100
2.4909-2.6470.24432050.21753436X-RAY DIFFRACTION100
2.647-2.85130.23961710.20623484X-RAY DIFFRACTION100
2.8513-3.13820.19271780.17673511X-RAY DIFFRACTION100
3.1382-3.59220.20081880.17763517X-RAY DIFFRACTION100
3.5922-4.52520.14632070.14343524X-RAY DIFFRACTION100
4.5252-46.64310.20551770.17273721X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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