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万見
- PDB-4x2y: Crystal structure of a chimeric Murine Norovirus NS6 protease (in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x2y
タイトルCrystal structure of a chimeric Murine Norovirus NS6 protease (inactive C139A mutant) in which the P4-P4 prime residues of the cleavage junction in the extended C-terminus have been replaced by the corresponding residues from the NS2-3 junction.
要素NS6 Protease,NS6 Protease
キーワードVIRAL PROTEIN / Murine norovirus / Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


calicivirin / host cell mitochondrion / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / host cell endosome membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity ...calicivirin / host cell mitochondrion / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / host cell endosome membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA-directed RNA polymerase / cysteine-type endopeptidase activity / viral RNA genome replication / RNA-directed RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / proteolysis / RNA binding / extracellular region / ATP binding / metal ion binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Viral polyprotein, Caliciviridae N-terminal / Viral polyprotein N-terminal / Norovirus 3C-like protease (NV 3CLpro) domain profile. / Norovirus peptidase C37 / Southampton virus-type processing peptidase / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Trypsin-like serine proteases ...Viral polyprotein, Caliciviridae N-terminal / Viral polyprotein N-terminal / Norovirus 3C-like protease (NV 3CLpro) domain profile. / Norovirus peptidase C37 / Southampton virus-type processing peptidase / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Beta Barrel / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.417 Å
データ登録者Leen, E.N. / Pfeil, M.-P. / Fernandes, H. / Curry, S.
引用
ジャーナル: Peerj / 年: 2015
タイトル: Structure determination of Murine Norovirus NS6 proteases with C-terminal extensions designed to probe protease-substrate interactions.
著者: Fernandes, H. / Leen, E.N. / Cromwell, H. / Pfeil, M.P. / Curry, S.
#1: ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2012
タイトル: Structure of a murine norovirus NS6 protease-product complex revealed by adventitious crystallisation.
著者: Leen, E.N. / Baeza, G. / Curry, S.
履歴
登録2014年11月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年2月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年2月25日Group: Database references
改定 1.22015年3月18日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NS6 Protease,NS6 Protease
B: NS6 Protease,NS6 Protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,6492
ポリマ－37,6492
非ポリマー00
水1,928107
1
A: NS6 Protease,NS6 Protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8251
ポリマ－18,8251
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: NS6 Protease,NS6 Protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8251
ポリマ－18,8251
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)35.520, 47.320, 53.070
Angle α, β, γ (deg.)104.450, 91.530, 110.610
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 NS6 Protease,NS6 Protease


分子量: 18824.516 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 998-1173,UNP residues 338-340 / 変異: C139A,C139A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q80J95
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 107 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.26 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M KSCN, 0.1 M Bis-Tris propane pH 6.5-7.5, 20% w/v PEG 3350, cryo 30% (v/v) PEG 3350
PH範囲: 6.5 - 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.417→19.273 Å / Num. obs: 10817 / % possible obs: 91.14 % / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.093 / Net I/σ(I): 6.7
反射 シェル解像度: 2.417→2.503 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.271 / Mean I/σ(I) obs: 2.31 / % possible all: 66.47

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.15データ抽出
PHASER位相決定
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ASH

4ash


解像度: 2.417→19.273 Å / FOM work R set: 0.8164 / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 25.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2616 538 5 %Random selection
Rwork0.2104 10231 --
obs0.2129 10769 90.74 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 54.93 Å2 / Biso mean: 28.3 Å2 / Biso min: 20.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.417→19.273 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2562 0 0 107 2669
Biso mean---28.25 -
残基数----347
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0032625
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6733572
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046408
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003448
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.543888
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 4

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4171-2.65980.31681200.27522269238981
2.6598-3.04330.33861330.25162605273893
3.0433-3.82940.26151410.2072668280994
3.8294-19.27370.20761440.17332689283395

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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