PDB-4x2v: Crystal structure of the Murine Norovirus NS6 protease (inactive ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4x2v

タイトル

Crystal structure of the Murine Norovirus NS6 protease (inactive C139A mutant) with a C-terminal extension to include residue P1 prime of NS7

要素

(NS6 Protease) x 3

キーワード

HYDROLASE / Murine norovirus Protease

機能・相同性

機能・相同性情報

calicivirin / host cell mitochondrion / host cell endosome membrane / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / host cell / nucleoside-triphosphate phosphatase / RNA helicase activity / host cell perinuclear region of cytoplasm / host cell endoplasmic reticulum membrane / RNA-directed RNA polymerase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Fernandes, H. / Leen, E.N. / Curry, S.

引用

ジャーナル: Peerj / 年: 2015
タイトル: Structure determination of Murine Norovirus NS6 proteases with C-terminal extensions designed to probe protease-substrate interactions.
著者: Fernandes, H. / Leen, E.N. / Cromwell, H. / Pfeil, M.P. / Curry, S.

履歴

登録	2014年11月27日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2015年2月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2015年2月25日	Group: Database references
改定 1.2	2015年3月18日	Group: Database references
改定 1.3	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_entry_details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4x2v.cif.gz	280.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4x2v.ent.gz	231.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4x2v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/4x2v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/4x2v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4x2wC 4x2xC 4x2yC 4ashS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3nru-8 4jet-6 6p0g-d 5jun-d 2le1-d 3nm7-2 4unr-2 5gpi-3 6vik-d 5tfn-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#20 - 2001年8月ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus) 類似性 (4) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #194 - 2016年2月人工設計インスリン (Designer Insulins) 類似性 (1) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1) #259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#20 - 2001年8月
ポリオウイルスとライノウイルス (Poliovirus and Rhinovirus)
類似性 (4)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#194 - 2016年2月
人工設計インスリン (Designer Insulins)
類似性 (1)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)
#259 - 2021年7月
人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science)
類似性 (1)

登録構造単位

A: NS6 Protease

B: NS6 Protease

C: NS6 Protease

D: NS6 Protease

E: NS6 Protease

F: NS6 Protease

ヘテロ分子

78.7 kDa, 6 ポリマー
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1

A: NS6 Protease

登録者が定義した集合体
19.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: NS6 Protease

登録者が定義した集合体
19.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: NS6 Protease

登録者が定義した集合体
19.4 kDa, 1 ポリマー
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4

D: NS6 Protease

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
19.4 kDa, 1 ポリマー
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5

E: NS6 Protease

登録者が定義した集合体
593 Da, 1 ポリマー

6

F: NS6 Protease

登録者が定義した集合体
614 Da, 1 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.640, 111.860, 81.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 119.240, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ALA	ALA	GLY	GLY	A	A	1 - 173	2 - 174
2	1	ALA	ALA	GLY	GLY	B	B	1 - 173	2 - 174
1	2	VAL	VAL	GLY	GLY	A	A	3 - 173	4 - 174
2	2	VAL	VAL	GLY	GLY	C	C	3 - 173	4 - 174
1	3	VAL	VAL	HIS	HIS	A	A	3 - 172	4 - 173
2	3	VAL	VAL	HIS	HIS	D	D	3 - 172	4 - 173
1	4	VAL	VAL	GLY	GLY	B	B	3 - 173	4 - 174
2	4	VAL	VAL	GLY	GLY	C	C	3 - 173	4 - 174
1	5	VAL	VAL	HIS	HIS	B	B	3 - 172	4 - 173
2	5	VAL	VAL	HIS	HIS	D	D	3 - 172	4 - 173
1	6	VAL	VAL	HIS	HIS	C	C	3 - 172	4 - 173
2	6	VAL	VAL	HIS	HIS	D	D	3 - 172	4 - 173

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	NS6 Protease 分子量: 19368.127 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 995-1178 / 変異: C139A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1) プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus / 参照: UniProt: A0FJD7, UniProt: Q80J95*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド	NS6 Protease 分子量: 592.641 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1174-1178 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1) プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus / 参照: UniProt: Q80J95
#3: タンパク質・ペプチド	NS6 Protease 分子量: 613.749 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Murine norovirus 1 (マウスノロウイルス 1) 株: CW1 / プラスミド: pETM-11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): CodonPlus
#4: 化合物	ChemComp-IMD / IMIDAZOLE 分子量: 69.085 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₅N₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 88 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.1 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.3 詳細: 10% (v/v) poly-ethylene glycol (PEG) 10000, 20% (v/v) ethylene glycol, 0.1 M MES/Imidazole pH 6.3

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年4月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→70.93 Å / Num. obs: 34593 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 3.5 % / R_merge(I) obs: 0.084 / Net I/σ(I): 6.7
反射シェル	解像度: 2.3→2.42 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.86 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
PDB_EXTRACT	3.15	データ抽出
PHASER		位相決定
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ASH

4ash

解像度: 2.3→70.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.928 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.893 / SU B: 26.908 / SU ML: 0.313 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / ESU R: 0.708 / ESU R Free: 0.329 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2781	860	3.3 %	Random selection
R_work	0.2301	25132	-	-
obs	0.2317	25992	75.6 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso max: 224.6 Å² / B_iso mean: 77.327 Å² / B_iso min: 19.37 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-4.14 Å²	-0 Å²	1.2 Å²
2-	-	-0.79 Å²	-0 Å²
3-	-	-	2.21 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.3→70.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5247	0	5	88	5340
B_iso mean	-	-	36.73	42.02	-
残基数	-	-	-	-	714

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.019	5393
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.007	0.02	5195
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.605	1.931	7330
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.329	3	11911
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.793	5	712
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.254	22.872	188
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.073	15	816
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.415	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.098	0.2	834
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.021	6154
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.007	0.02	1254
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.277	2.055	2854
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.277	2.054	2853
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.154	3.071	3558

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	8914	0.12
1	2	B	8914	0.12
2	1	A	8973	0.1
2	2	C	8973	0.1
3	1	A	8930	0.12
3	2	D	8930	0.12
4	1	B	9093	0.12
4	2	C	9093	0.12
5	1	B	8953	0.11
5	2	D	8953	0.11
6	1	C	8807	0.12
6	2	D	8807	0.12

LS精密化シェル

解像度: 2.305→2.365 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.235	4	-
R_work	0.297	215	-
all	-	219	-
obs	-	-	8.7 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.1732	-0.6217	3.6873	4.3188	-0.4569	7.7785	0.2096	0.0535	0.2421	0.0911	-0.5508	0.1125	0.165	-0.924	0.3411	0.3377	-0.0179	0.0534	0.2856	-0.088	0.0498	-48.576	6.481	82.491
2	31.2433	-25.4933	3.266	90.4351	33.1294	18.8236	-2.4823	-1.3082	2.167	0.0568	2.0716	-1.125	-1.2243	0.0709	0.4108	1.0692	0.0003	-0.0712	1.5074	0.177	0.8328	-51.881	20.199	98.229
3	10.7368	1.2142	0.8379	11.6374	-0.7436	10.3201	0.1419	-0.9583	0.5834	0.5789	-0.6726	-0.2856	-0.1762	-0.3184	0.5307	0.461	-0.0416	0.0129	0.1831	-0.066	0.0703	-41.16	7.776	93.844
4	5.2784	0.4689	-1.1194	3.9245	0.2679	7.8749	-0.008	0.7472	0.2485	-0.0807	-0.2467	-0.8572	0.714	1.9788	0.2547	0.4239	0.2771	0.0301	0.8294	0.2322	0.2381	-14.562	-2.922	81.232
5	4.0601	-3.2099	-2.5666	66.9968	22.3921	8.8225	-0.5332	0.225	-1.2587	0.4278	0.4234	-0.8065	0.6493	0.6799	0.1098	0.7869	0.1332	-0.0988	0.7498	0.0109	0.6673	-16.118	-15.976	97.09
6	4.6537	-5.3894	3.8689	6.9119	-3.3665	6.1761	0.0553	0.3305	0.4228	0.1998	-0.4409	-0.6259	0.5967	0.8339	0.3856	0.8995	0.0647	-0.0179	0.4074	0.1962	0.1297	-20.143	-6.378	94.577
7	3.2505	-0.8527	0.1784	8.9621	-3.339	6.3684	-0.317	-0.4639	-0.5181	1.399	0.1648	0.8163	0.4938	-0.4629	0.1522	0.9275	0.0632	0.1931	0.1245	0.0318	0.1771	-33.909	-20.626	124.961
8	4.6677	-2.0328	0.355	9.4573	0.0086	11.6146	-0.3261	0.3316	-0.0163	0.3937	-0.0156	-0.2815	-0.2732	0.425	0.3416	0.5261	0.0237	-0.0389	0.0886	0.0159	0.0247	-29.974	-7.736	113.458
9	10.9368	4.5279	-3.1526	14.9421	-0.5243	8.2726	-0.2405	0.4157	-0.2933	0.054	-0.0545	-0.3833	0.4148	0.5136	0.295	0.5052	0.0494	-0.0535	0.118	0.02	0.0326	-28.825	-12.635	112.29
10	4.3801	-0.3937	0.0742	7.9094	3.7325	11.8577	-0.7541	-1.0466	0.6945	1.187	-0.1723	0.0525	-2.4128	-0.8287	0.9264	1.933	0.4376	-0.4621	0.4241	-0.2668	0.2061	-38.18	17.73	128.442
11	93.2858	-26.8154	-12.9583	16.6777	3.2132	1.834	-0.4229	0.181	-0.6352	0.6515	0.4706	2.3025	0.115	-0.0704	-0.0478	1.7708	0.0377	-0.3127	1.3017	-0.1675	0.7094	-50.302	19.358	112.459
12	10.6909	-3.5229	-0.3889	13.3125	1.9354	14.9604	-0.5099	0.0138	0.2263	0.1839	-0.3619	0.7111	-0.9713	-1.1245	0.8718	0.9355	0.2684	-0.1635	0.2093	-0.125	0.1145	-40.182	10.377	116.611

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	1 - 103
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	104 - 115
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	116 - 174
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	0 - 101
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	102 - 115
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	116 - 184
7	X-RAY DIFFRACTION	7	C	3 - 79
8	X-RAY DIFFRACTION	8	C	80 - 150
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	151 - 174
10	X-RAY DIFFRACTION	10	D	3 - 101
11	X-RAY DIFFRACTION	11	D	102 - 113
12	X-RAY DIFFRACTION	12	D	114 - 173

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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