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万見
- PDB-4x2b: K20A RNA dependent RNA polymerase mutant from Foot-and-Mouth dise... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4x2b
タイトルK20A RNA dependent RNA polymerase mutant from Foot-and-Mouth disease Virus complexed with an RNA
要素
  • RNA dependent RNA polymerase
  • RNA primer
  • RNA template
キーワードTRANSFERASE / Nuclear Signal Localization / Picornavirus / Foot-and-Mouth disease / Virus / RNA dependent RNA polymerase / 3D polymerase
機能・相同性
機能・相同性情報


L-peptidase / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / picornain 3C / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / regulation of translation / monoatomic ion transmembrane transport ...L-peptidase / symbiont-mediated perturbation of host chromatin organization / picornain 3C / ribonucleoside triphosphate phosphatase activity / T=pseudo3 icosahedral viral capsid / host cell cytoplasmic vesicle membrane / nucleoside-triphosphate phosphatase / channel activity / regulation of translation / monoatomic ion transmembrane transport / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / RNA helicase activity / host cell endoplasmic reticulum membrane / viral protein processing / induction by virus of host autophagy / RNA-directed RNA polymerase / viral RNA genome replication / cysteine-type endopeptidase activity / RNA-dependent RNA polymerase activity / DNA-templated transcription / host cell nucleus / virion attachment to host cell / structural molecule activity / proteolysis / RNA binding / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type ...Peptidase C28, foot-and-mouth virus L-proteinase / Foot-and-mouth virus L-proteinase / Aphthovirus leader protease (L(pro)) domain profile. / Foot-and-mouth disease virus VP1 coat / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A - #20 / Capsid protein VP4, Picornavirus / Viral protein VP4 subunit / Mitochondrial Import Receptor Subunit Tom20; Chain A / Capsid protein VP4 superfamily, Picornavirus / Helicase/polymerase/peptidase polyprotein, Calicivirus-type / Picornavirus coat protein / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Peptidase C3A/C3B, picornaviral / 3C cysteine protease (picornain 3C) / Picornavirales 3C/3C-like protease domain / Picornavirales 3C/3C-like protease domain profile. / Picornavirus capsid / picornavirus capsid protein / Helicase, superfamily 3, single-stranded RNA virus / Superfamily 3 helicase of positive ssRNA viruses domain profile. / Helicase, superfamily 3, single-stranded DNA/RNA virus / RNA helicase / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Picornavirus/Calicivirus coat protein / Viral coat protein subunit / RNA-directed RNA polymerase, C-terminal domain / Viral RNA-dependent RNA polymerase / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / Alpha-Beta Plaits / RNA-directed RNA polymerase, catalytic domain / RdRp of positive ssRNA viruses catalytic domain profile. / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / DNA/RNA polymerase superfamily / Up-down Bundle / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / Genome polyprotein
類似検索 - 構成要素
生物種Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.94 Å
データ登録者Verdaguer, N. / Ferrer-Orta, C.
引用ジャーナル: J.Virol. / 年: 2015
タイトル: Multifunctionality of a picornavirus polymerase domain: nuclear localization signal and nucleotide recognition.
著者: Ferrer-Orta, C. / de la Higuera, I. / Caridi, F. / Sanchez-Aparicio, M.T. / Moreno, E. / Perales, C. / Singh, K. / Sarafianos, S.G. / Sobrino, F. / Domingo, E. / Verdaguer, N.
履歴
登録2014年11月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBE
改定 1.02015年5月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年5月13日Group: Database references
改定 1.22015年6月17日Group: Database references
改定 1.32024年1月10日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA dependent RNA polymerase
B: RNA template
C: RNA primer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,2194
ポリマ－58,1953
非ポリマー241
水25214
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3870 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area21500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.222, 94.222, 121.515
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 RNA dependent RNA polymerase


分子量: 54052.238 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1858-2327 / 変異: E20A / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: This protein is the mutant K20A
由来: (組換発現) Foot-and-mouth disease virus (口蹄疫ウイルス)
株: isolate -/Spain/S8c1SantaPau/1970 serotype C / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P03311, RNA-directed RNA polymerase
#2: RNA鎖 RNA template


分子量: 2236.395 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: RNA鎖 RNA primer


分子量: 1906.205 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.59 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.6 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30% PEG 4000, 0.2M MES pH 6.0, 0.1 M Mg(COO3)2

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.979469 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979469 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.94→47.11 Å / Num. obs: 12228 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 2.94→3.09 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.652 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 97.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0069精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMACRigid body refinement位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1U09

1u09


解像度: 2.94→47.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.935 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.913 / SU B: 42 / SU ML: 0.398 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.456 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25858 583 4.8 %RANDOM
Rwork0.21508 ---
obs0.21722 11606 99.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 47.11 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.15 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.15 Å2-0 Å2
3----0.31 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.94→47.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3753 280 1 14 4048
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0194155
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023739
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7631.8895690
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.67338606
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.2085476
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.28823.407182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.35915632
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.4061527
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0490.2618
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0214540
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02991
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.7864.8281907
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.7844.8281906
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4197.2422382
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.4197.2432383
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.6845.5372248
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.6845.5352247
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.1898.3323308
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.51943.9294684
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.51743.9444683
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.936→3.012 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 38 -
Rwork0.327 815 -
obs--96.17 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.4543-1.4005-0.11650.97740.20021.0550.20.16230.0202-0.3417-0.0874-0.0844-0.12480.0638-0.11260.2337-0.08590.03490.21950.02990.02622.129725.793830.9347
200000000000000-00.2177000.217700.2177000
300000000000000-00.2177000.217700.2177000
400000000000000-00.2177000.217700.2177000
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 477
2X-RAY DIFFRACTION2C1 - 103
3X-RAY DIFFRACTION3D511 - 514
4X-RAY DIFFRACTION4B1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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